ニューヨーク。並外れて整った容姿と、卓越した戦闘力を持つ少年・アッシュ・リンクスは、17歳にしてストリート・ギャングをまとめ上げていた。 ある夜、アッシュは自身の手下によって銃撃された男からある住所とともに「バナナフィッシュ」という言葉を伝えられる。 それは廃人同然の兄・グリフィンがしばしば口にする言葉だった。 時を同じくして、カメラマンのアシスタントとしてやってきた日本人の少年・奥村英二と出会う。

オーサーの仲間に連れ去られてしまったスキップと英二。 2人を助けに向かったアッシュは、オーサーと手を組んだゴルツィネの部下・マービンに捕まってしまう。 アッシュの機転で逃げ出そうとする3人。さらにショーター達も現れ、乱闘が始まる。 逃げるマービンを追うアッシュだったが、部屋に入ると意外な光景を目にすることに──。

アッシュから頼まれてメレディスの医院を訪れた英二の前に現れたのはオーサー達だった。 しかし、医院の奥の部屋から出てきたグリフィンを見たエイブラハムが途端に混乱し、グリフィンを撃ってしまう。 英二はグリフィンがエイブラハムのことを「バナナフィッシュ」と呼んでいたことから、彼のことではないかと推測するが、伊部に日本に帰国するよう告げられてしまう。

ジェンキンズの計らいにより、保釈されることになったアッシュ。 グリフィンが死んだことを知ったアッシュは1人でゴルツィネの元へ向かおうとする。しかし、英二はグリフィンが殺されたのは自分のせいだと言い張り、アッシュに無理矢理ついていくことに。

グリフィンが「バナナフィッシュ」の資料や写真を残しているのではないかと考えたアッシュ達は、アッシュの故郷であるケープ・コッドへ向かった。 アッシュの家に着くも、父・ジムには冷たくあしらわれてしまう。 アッシュを追い出そうとするジムに、英二とマックスが理由を問い詰めると…。

ゴルツィネの追手から逃れ「ウエストウッド42－102」の住所を頼りに、ロスアンジェルスに向かうアッシュ達。 マックスの元妻・ジェシカと息子・マイケルが住む家に立ち寄った後、謎の住所の屋敷を訪れるが、屋敷内から叫び声が！

何者かに襲われてしまったジェシカとマイケル。アッシュとマックスは2人を助けに向かい、英二、ショーター、伊部はアッシュ達の帰りを待っていた。 しかし、月龍の企みによって英二は連れさられてしまう。異変に気付いたアッシュは屋敷に戻るが――。

ゴルツィネ邸に連れて来られた英二とショーターだったが、ショーターはゴルツィネの手下に拘束されてしまう。 一方、アッシュ達もゴルツィネ邸に向かっていた。 そして、ゴルツィネ邸の実験室ではエイブラハムが何やら実験の準備をしていて…。

ショーターの死にショックを受けるアッシュ。 外ではアッシュとショーターを助けるため、シンとアレックス達が作戦を立てていた。 そんな中、ゴルツィネはオーサーを連れて出かけてしまう。 それを見た月龍は何かに気付き行動に出る。

ゴルツィネ邸から逃走したアッシュ達。 屋敷を燃やされ、アッシュに逃げられたゴルツィネは怒りを露わにする。 アジトに戻ってきたアッシュは英二との穏やかな時間を過ごしながらも、次の行動に出るのだった

ウーキーを皮切りに次々とアッシュの手によって部下が倒され、追い詰められていくオーサー。 アッシュは部下たちにオーサーに手を貸しているグループをマンハッタンから追い出すように指示を出す一方で、英二を日本に帰す準備をしていた。

オーサーとの決着をつけるためにアッシュは指定された場所へ向かう。 残された英二が目が覚めると、日本に帰るように、というアッシュの伝言を仲間達から伝えられる。 しかし、アッシュがオーサーとの戦うことを知り、仲間達を振り切って彼の元へ向かうのだった。

オーサーに刺され重傷を負ったアッシュは病院に搬送された。 空港で英二を待っていたマックスと伊部だったが、ニュースで事態を知り、チャーリーに連絡を取るのだった。 他のギャング達と一緒に留置所へ入れられてしまった英二は、アッシュにかけられた言葉の意味を考えていた。

アッシュが死亡したというニュースが信じられない英二は、月龍を人質に屋敷を抜け出す。 月龍を置いて去ろうとする英二に、月龍は自分を殺せと告げる。 一方、精神衛生センターに向かったマックス達は病理解剖されるアッシュの死体を目撃する。

部屋に来た警備員からIDを奪ったアッシュは部屋からの脱走に成功し、ドースンを連れ出す。 警備員達はアッシュが逃げたことに気付くも、捕まえられずにいた。 見学客を装い精神衛生センターに来ていたマックスと伊部は騒ぎに紛れ、アッシュを助けに向かう。

精神衛生センターから脱出したアッシュはシンのアジトへ向かい、英二と再会する。 ショーターが殺された理由を知ったシンは仲間に話そうとするが、アッシュに止められ、二人は対立してしまう。 その頃、ゴルツィネは華龍に呼ばれ李家の屋敷に出向くも、そこにいたのは月龍で…。

キッパードの元から帰ってきたアッシュに英二は甲斐甲斐しく世話を焼いていた。 マックスと外出したアッシュはホルストック死亡のニュースを目にして、キッパードとホルストックは誰かに殺されたのではないかと推測する。 それはアッシュにとって認めたくない人物だった。

月龍との取引によりゴルツィネの手に落ちたアッシュ。 英二はアッシュが戻らないことに月龍が関係しているのではないかと考え、情報を得るためシンの元へ向かう。 その頃、月龍はゴルツィネとの契約を終えたブランカに自分と契約するよう持ち掛けるのだった。

ゴルツィネが開催するパーティーにアッシュが出席することを知り、英二はシン、ケイン、アレックス達と共に乗り込むことに。 月龍と一緒にパーティーに参加をしていたブランカは、薬の影響で目が見えなくなっているアッシュに密かに声をかける。

ゴルツィネ・月龍から逃れることに成功したアッシュ達の元へ傷だらけのシンが戻ってきた。 アッシュとケインは、月龍に捕まってしまったシンの仲間たちを助ける作戦を立てる。 一方、月龍はラオや捕虜たちを前に何か企んでいるようで…。

マックス達を人質にとられてしまったアッシュはフォックスの前に姿を現すが、マックス達は国立精神衛生センターに連れていかれることに。 英二とシンは、ケインと共にアッシュを助けに向かい、アレックスはマックス達が乗っている車を追いかけることに。

ユンに撃たれ病院に運ばれる英二についていこうとするアッシュを止めたのはブランカだった。 傷の手当てしようとするブランカにアッシュは銃を向ける。 一方、自身の仲間が英二とアッシュを撃ったことに責任を感じたシンはある決意をする。

ゴルツィネを人質に捕虜たちの解放を求めたアッシュだったが、フォックスの裏切りにより、アッシュはフォックスの手におちてしまう。 ケイン、シン、ブランカはアッシュと捕虜を助けるために動き出す。 英二は病院で日本への帰国を決めるが、アッシュのことが気掛かりで…。