뉴욕의 갱단을 이끄는 어린 보스 애시. 어느 날 뒷골목에서 죽어가는 남자를 마주하고, 의문의 주소를 건네받는다. 게다가 그는 자꾸만 '바나나 피쉬'라는 단어를 읊조리는데.

갱단 구성원 스킵과 초보 기자 에이지가 오서에게 납치당했다. 이들을 돕기 위해 적진에 가는 애시. 하지만 스킵과 에이지를 구하려던 중 애시가 붙잡히고, 상황은 더욱 악화된다.

감옥에서 공격을 받은 애시는 같은 감방에 갇혀 있는 전직 기자 맥스가 바나나 피쉬를 조사한 적이 있다는 사실을 알게 된다. 이후 애시는 에이지에게 메시지를 전달한다.

비밀의 물질을 찾던 에이지를 오서가 가로막는다. 그러나 두 사람이 만나고 얼마 지나지 않아 그리핀이 갑작스럽게 등장하면서 총격전이 벌어진다.

보석으로 풀려난 애시는 그리핀의 죽음에 대한 복수를 결심한다. 그리핀의 죽음에 다소 책임을 느끼던 에이지는 혼자 길을 나선 애시를 한사코 따라나선다.

그리핀이 남겨 놓은 정보를 살펴보던 애시의 일행은 바나나 피쉬와 애시가 건네받은 주소에 관한 엄청난 사실을 알아낸다.

고르치네의 부하들을 따돌린 애시와 일행들은 로스앤젤레스의 주소로 떠난다. 이들이 목적지에 도착하자 비명 소리가 들려온다.

애시와 맥스는 맥스의 전처와 아이를 구하기 위해 일행과 갈라진다. 맥스와 애시가 없는 동안, 웨룽은 쇼터에게 에이지의 납치를 돕도록 강요한다.

고르치네의 저택에 붙잡힌 쇼터와 에이지는 바나나 피쉬를 처음 만든 이를 마주한다. 하지만 그는 실험을 시작하고자 준비 중인데.

웨룽 덕분에 풀려난 애시. 지원군들이 도착하자, 일행들과 전열을 가다듬는다. 이후 에이지의 위치를 알아낸 애시는 쇼터의 시체를 수습하고 뒤틀릴 대로 뒤틀린 에이브러햄을 처리한다.

고르치네의 저택을 파괴한 후 맨해튼으로 돌아온 애시. 이후 애시와 에이지는 이미 힘이 약해진 적을 망가뜨리기 위해 새로운 작전을 시작한다.

한때는 고르치네에게 충성을 다한 갱단 구성원이 하나둘 애시에게 제거되기 시작하자, 오서는 궁지에 몰린다. 애시는 에이지를 일본으로 돌려보내기 위한 준비를 시작한다.

심각한 부상을 입고 병원에 입원한 애시. 다른 갱단원들과 함께 갇혀 버린 에이지는 애시가 한 말의 의미를 곰곰이 생각한다.

애시의 죽음을 믿을 수 없던 에이지는 감금 상태에서 탈출한다. 한편, 맥스는 조작된 듯한 부검을 목격한다.

애시는 맥스와 이베의 도움을 받아 긴장증을 앓고 있는 도슨과 함께 아슬아슬하게 국립정신위생센터에서 탈출한다. 그리고 마침내 자유의 몸이 되자, 에이지를 찾아 나선다.

애시가 쇼터를 죽여야만 했던 이유를 알게 된 후, 신은 애시에게 손을 내밀지만 애시는 이를 거부한다. 한편, 웨룽은 나름의 동맹을 결성하고자 적극적으로 나선다.

에이지가 팔에 총을 맞자, 애시는 어려운 결정을 마주하게 되고 마침내 자신을 쫓는 인물의 정체를 알게 된다. 앞으로 48시간. 그 안에 최후통첩의 조건을 완수해야 한다.

모든 카드를 손에 쥐고 있는 고르치네를 대신해 움직이도록 강요받는 애시. 그런데 상황이 예상치 못한 방향으로 흘러가기 시작한다. 한편, 에이지는 신과 케인을 구하기 위한 계획을 세운다.

성공적으로 애시를 구해낸 에이지 일행. 하지만 그 과정에서 다른 갱단원들이 붙잡히고 만다. 애시와 그의 동맹은 협상을 통해 거래를 성사시켜야 한다.

상처를 입은 채 돌아온 신은 아직도 자신의 갱단원들이 웨룽에게 붙잡혀 있다는 이야기를 듣는다. 애시와 케인이 갱단원들을 구출하러 가지만, 모든 게 이상하리만치 수월하게 흘러간다.

맥스와 일행들은 붙잡힌 뒤 국립정신위생센터로 끌려간다. 에이지와 중국 단원들은 애시를 구하고자 하지만, 분열이 시작된다.

에이지는 병원으로 옮겨지지만 애시는 에이지에게 갈 수가 없다. 이후 맥스가 조사한 내용이 언론에 폭로되고, 애시는 인질 바꿔치기를 시도하지만 결과가 좋지 않다.

이베와 함께 집으로 돌아갈 준비를 하던 에이지는 애시에게 진심 어린 편지를 남긴다. 한편, 여전히 분노로 가득한 라오는 마침내 복수할 수 있다는 기대에 부푼다.