世界帝による独裁により、世界中の人々は自由を奪われ圧政に苦しめられていた。独裁への抵抗を続けるレジスタンスも、圧倒的戦力差を前に、絶望的な状況にあったが、あるとき骨董品として残されていた古銃から「貴銃士」たちが呼び覚まされ奇跡の力を発揮する。貴銃士たちはレジスタンスの一筋の希望の光となっていた、そんなある日。ブラウン・ベス、シャルルヴィル、スプリングフィールド、ケンタッキーら「アメリカ独立戦争」グループの新人貴銃士4人は、初めての本格的な作戦に参加することに。

先の任務中に「絶対高貴」を発動した貴銃士ブラウン・べスだったが、無我夢中のなかでのことであり、まだ自分のものにしたという確信が持てずにいた。そこで、シャルルヴィルやスプリングフィールドやケンタッキーとともに、すでに「絶対高貴」に目覚めている他の貴銃士たちに、どうすれば「絶対高貴」になれるかアドバイスを貰おうとするが…。

ブラウン・ベスが絶対高貴に目覚めたことを聞いたシャスポーが何かと突っかかる物言いをしてしまうことで、「アメリカ独立戦争」グループの4人と一触即発に。とある地域に古城を発見したという情報を得たナポレオンは、そこにまだ見ぬ古銃が眠っているかも知れないと考え、「アメリカ独立戦争」グループ4人とドライゼ、シャスポー、タバティエール、ローレンツの「ドイツ統一戦争」グループ4人のメンバー合同で古銃探索の任務を命ずる。

マフムトとアリ・パシャはとある街のリーダーであるオニールという人物に接触を試み、レジスタンスへの協力を要請する。オニールはその要請に対し協力を約束するが、代わりにレジスタンスの若い連中を何人か貸して欲しいという条件を出してくる。そのメンバーに選ばれたのは、ブラウン・べス、シャルルヴィル、スプリングフィールド、ケンタッキーという4人。そしてブラウン・ベスたちはオニールから意外な仕事の依頼を受ける。

街での任務を無事果たし、基地へと戻る事になったアレクサンドルとエカチェリーナ。豪華列車による優雅な帰還の旅となるはずが、途中停まった駅でエカチェリーナが世界帝軍の一団に捕まってしまう。一団の中には敵の貴銃士もおり、絶体絶命のピンチに。残されたアレクサンドルは果たして無事にエカチェリーナを奪還することが出来るのか!?

貴銃士として呼び覚まされて日が浅いゲベールは、生来の不器用さと短気な性格もあって、なかなかレジスタンスの生活と仲間たちに馴染めないでいた。そんな時、ゲベールが屋根の上で不貞腐れていると、自他ともにスターと認めるホールが現れてゲベールに話しかけてくる。街へ向かうホールの行動が気になったゲベールは後をつけるが、ホールの向かった場所は意外なところで…。

マルガリータとレオポルト、そしてキセルが、新たな仲間となる古銃を探索する任務を進めていると、世界帝軍ともつながりを持つとされる豪商ローガンなる人物が、数多くの古銃を収集しているとの噂を突き止める。レオポルトが貴銃士の援軍を要請すると、現れたのはナポレオンとシャルルヴィル。彼らは大胆不敵な作戦のもと、古銃を手に入れるべく奮戦する!!

ナポレオンが任務により留守にしているため、寂しさのあまりいたずらしてまわる二コラとノエル。苦情が殺到しラップが2人を咎めると、二コラとノエルは「陛下を迎えにいく」との書置きを残して出ていってしまう。今まで外の世界にから出たことがない二コラとノエルの初めての旅には、想像をはるかに超えた事態が待ち受けていた…!!

新たにカール、エンフィールドら4名の貴銃士が仲間に加わった。カールは冷静な判断能力と緻密な作戦立案能力を発揮し、アジトのメンバーを感嘆させる。一方でニコラ、ノエルがケインから受け取り持ち帰った情報は、かつて世界帝が大粛清に使用した新型兵器「ミルラ」が、ふたたび準備されているらしいというものだった。緊張が走るアジトで、カールは驚くべき提案をする。

天才・カールのひらめきにより敵の標的がマスターにあることを見抜き、世界帝軍の軍勢をアジト周辺にて待ち伏せ、迎え撃つレジスタンス。絶対高貴になれる貴銃士が全員出撃し、敵の貴銃士ベルガー、エフに率いられた世界帝軍と総力戦を展開する。カールの作戦をもとにブラウン・ベスをはじめとする貴銃士たちが奮戦するなか、一発の銃声が響く。現れたのは…。

圧倒的な強さを誇る敵の貴銃士アインスにより、次々と傷つき倒れていく貴銃士たち。なかでも、レジスタンスの初期メンバーであったナポレオン、イエヤス、アレクサンドル、ホール、フルサトの5人はアインスの登場に激しく動揺する。怒りに我を忘れ無謀な攻撃を繰り返すナポレオンたち。そこにはブラウン・ベスたちの知らない過去のできごとがあった。一方、マスターの部屋の前にいたシャルルヴィルは…。

激戦のあと、瀕死の傷をいやすアジトの貴銃士たち。そのときケインがアジトに帰還しもたらした情報は、「ミルラ」が帝都に運び込まれたというもの。カールの推論から、「ミルラ」はすでにマスターへと標準を定め、このアジトへと発射されているとわかる。着弾まであとわずかな時間しかなく、なにも打つ手がない絶望的な状況のなかでブラウン・ベスは――。