Nach den Angriffen im explosiven Finale der fünften Staffel muss das Team nun versuchen zu verstehen, warum sie angegriffen wurden und ob es einen größeren Plan gibt. Währenddessen muss Nolan seine letzte Schicht vor seiner Hochzeit mit Bailey überstehen.

Das Team kommt zusammen, um die Hochzeit von John und Bailey zu feiern. Währenddessen entdeckt Celina eine Unstimmigkeit in ihrem Fall, die zu einer neuen Entdeckung führt. An anderer Stelle wird die Beziehung von Lucy und Tim auf die Probe gestellt.

Die Flitterwochen von Nolan und Bailey sind eher ein Albtraum als ein Traum, als sie sich in einen aktiven Tatort verwandeln. Währenddessen tun sich Tim und Celina zusammen und müssen die Identität von John Doe aufdecken.

Es ist der erste Tag, an dem Officer Aaron Thorsen seit dem Angriff zurück ist, und er wird mit einer Reihe von stressigen Fällen betraut, um festzustellen, ob er bereit ist zu arbeiten. An anderer Stelle untersucht das Team einen Mordfall mit einer möglichen Verbindung zum Pentagramm-Killer.

Als ein Kleinkind am Tatort eines Verbrechens gefunden wird, müssen John und Bailey entscheiden, ob sie das Kind für die Nacht in ein Heim geben oder sich selbst um es kümmern sollen. Währenddessen verschwindet Tim, als jemand aus seiner Vergangenheit zurückkehrt, und lässt Lucy im Ungewissen.

Nach ihrer Zeit als Pflegeeltern hat Bailey beschlossen, dass sie ein Baby haben möchte, und zwingt John, ihre Entscheidung, keine Kinder zu haben, zu überdenken. In der Zwischenzeit entdecken John und Celina eine Gefängnisausbrecherin, von der sie befürchten, dass sie auf Rache aus ist, und machen sich auf die Suche nach ihr, bevor es zu spät ist.

Nach einem von der Mafia verursachten Massensterben wird das Team beauftragt, den Frieden im Krankenhaus zu wahren. Lucy und Celina arbeiten zusammen, um die Verdächtigen hinter dem Angriff zu ermitteln. In der Zwischenzeit begeben sich Tim und Aaron auf einen Metro-Ops-Einsatz.

Officer Nolan and Celina take on a special case; meanwhile, Monica enlists help to identify her attackers. Elsewhere, Lopez and Harper discover a connection to the trail of crimes.

Sgt. Grey helps the team prepare for their biggest mission yet. Meanwhile, Aaron, Lopez, Celina, Tim and Smitty discover a surprising connection in their case.