W następstwie ataków, które miały miejsce w wybuchowym finale piątego sezonu, zespół musi teraz spróbować zrozumieć, dlaczego stali się celem i czy istnieje większy plan. Tymczasem Nolan musi przetrwać ostatnią zmianę przed ślubem z Bailey.

Zespół spotyka się, aby uczcić ślub Johna i Baileya. Tymczasem Celina odkrywa rozbieżność w swojej sprawie, co prowadzi do nowego odkrycia. W międzyczasie związek Lucy i Tima zostaje wystawiony na próbę.

Miesiąc miodowy Nolana i Baileya okazuje się bardziej koszmarem niż snem, gdy zamienia się w miejsce zbrodni. Tim i Celina łączą siły i muszą odkryć tożsamość Johna Doe.

To pierwszy dzień Thorsena od czasu napaści, ma on za zadanie poprowadzić serię stresujących spraw, aby ustalić, czy jest gotowy do pracy. W międzyczasie zespół bada sprawę morderstwa, która może mieć związek z zabójcą z pentagramem.

Kiedy na miejscu zbrodni zostaje znalezione małe dziecko, John i Bailey muszą zdecydować, co z nim zrobić. Tymczasem gdy ktoś z przeszłości powraca, Tim znika i zostawia Lucy.

When two teenagers go missing, it is up to the entire team to find the girls and uncover the truth about their disappearance. Meanwhile, Lopez and Harper are on a different kind of investigation – the search for the perfect nanny.

After a mafia-related mass casualty, the team is tasked to keep the peace at the hospital. Lucy and Celina work together to investigate the suspects behind the attack. Meanwhile, Tim and Aaron embark on a metro ops mission.

Officer Nolan and Celina take on a special case; meanwhile, Monica enlists help to identify her attackers. Elsewhere, Lopez and Harper discover a connection to the trail of crimes.

Sgt. Grey helps the team prepare for their biggest mission yet. Meanwhile, Aaron, Lopez, Celina, Tim and Smitty discover a surprising connection in their case.