In de nasleep van de aanvallen in de explosieve finale van seizoen vijf moet het team nu proberen te begrijpen waarom ze het doelwit waren en of er een groter plan is. Ondertussen moet Nolan zijn laatste dienst vóór zijn huwelijk met Bailey overleven.

Het team komt samen om de bruiloft van John en Bailey te vieren; Ondertussen ontdekt Celina een discrepantie in haar zaak, wat leidt tot een nieuwe ontdekking. Elders wordt de relatie tussen Lucy en Tim op de proef gesteld.

De huwelijksreis van Nolan en Bailey is meer een nachtmerrie dan een droom wanneer deze verandert in een actieve plaats delict. Ondertussen werken Tim en Celina samen en moeten ze de identiteit van John Doe ontdekken.

Het is agent Aaron Thorsen's eerste dag terug sinds de aanval, en hij moet een reeks stressvolle zaken afhandelen om te bepalen of hij klaar is om te werken. Elders onderzoekt het team een ​​moordzaak die mogelijk verband houdt met de pentagrammoordenaar.

Wanneer een peuter wordt gevonden op de plaats van een misdrijf, moeten John en Bailey beslissen of ze het kind voor de nacht naar een opvangcentrum laten gaan of zelf voor haar zorgen. Ondertussen, wanneer iemand uit zijn verleden terugkeert, verdwijnt Tim en laat hij Lucy in het donker achter.

Wanneer twee tieners vermist raken, is het aan het hele team om de meisjes te vinden en de waarheid over hun verdwijning te achterhalen. Ondertussen zijn Lopez en Harper bezig met een ander soort onderzoek: de zoektocht naar de perfecte oppas.

Na een maffia-gerelateerd massaslachtoffer krijgt het team de opdracht de vrede in het ziekenhuis te bewaren. Lucy en Celina werken samen om de verdachten achter de aanval te onderzoeken. Ondertussen beginnen Tim en Aaron aan een metromissie.

Agent Nolan en Celina pakken een speciaal geval aan; Ondertussen roept Monica hulp in om haar aanvallers te identificeren. Elders ontdekken Lopez en Harper een verband met het spoor van misdaden.

Sergeant Gray helpt het team bij de voorbereiding op hun grootste missie tot nu toe; Aaron, Lopez, Celina, Tim en Smitty ontdekken een verrassend verband in hun zaak.