Durante una colluttazione tra Zeke e Jared, Michaela viene ferita gravemente. Poco prima aveva avuto una visione in cui si trovava sul volo 828 e Cal le diceva di salvare i passeggeri. Una volta guarita, lei e Ben decidono di cercare tutti i passeggeri per salvarli, anche se non sanno da cosa debbano salvarli. Zeke, che era scappato dopo l'incidente, decide di costituirsi e si fa arrestare. Ben nota la presenza di un furgone fuori casa, ma nel momento in cui si avvicina viene rapito.

Michaela ha una nuova partner, il detective Mikami. Insieme si occuperanno dell'omicidio di Frannie, una giovane studentessa d'arte, il cui corpo viene misteriosamente ritrovato da uno dei passeggeri del volo 828. Grace sta per sottoporsi al test del DNA per scoprire la paternita' del bambino che aspetta e in quel momento sente una "chiamata". Saanvi allora cerca di capire se le "chiamate" si possono trasmettere geneticamente avvalendosi di un sequenziatore di DNA.

Ben e Vance non hanno detto a Saanvi che viene spiata perche' vogliono scoprire chi siala talpa. Ma Ben glielo confessa. A quel punto Saanvi architetta una trappola grazie a cui si scopre che il Maggiore e' la sua psicanalista. Michaela cerca di far in modo che Zeke esca di prigione perche' si e' trattato di un incidente e ci riesce grazie ad una avvocatessa sua amica. Olivia inizia a frequentare la chiesa di Adrian senza dirlo ai suoi genitori. Grace ha una Chiamata che le ordina di aprire gli occhi a una donna che ha conosciuto in palestra.

Saanvi cerca in tutti i modi di mantenere segreta la sua ricerca nonostante venga spiata dal Maggiore. Un passeggero dell'828 tenta una rapina in una banca per poter accedere alla sua stessa cassetta di sicurezza; si scopre poi che il fratello gli negava la chiave convinto che fosse un impostore. Jared frequenta un bar dove lavora Tamara: il vedersi tutti i giorni fa nascere una simpatia tra i due. Quando va a salutare il padre, Olivia incontra TJ; si erano conosciuti quando era ancora una bambina prima che lui si imbarcasse sul volo 828.

Un gruppo di teppisti fa irruzione nella chiesa di Adrian e distrugge tutto, mentre un camion va di proposito addosso all'auto di Grace, che finisce in ospedale. Le aggressioni ai passeggeri sono sempre piu' frequenti, ma non ci sono mai testimoni disposti a parlare. Michaela riesce ad inchiodare un testimone oculare dell'aggressione in chiesa che le confessa dove si riuniscono gli Xiani, ma arrivata sul posto non c'e' nessuno, probabilmente erano stati avvisati. Olive confessa ai genitori di frequentare la chiesa di Adrian.

Olive e TJ decidono di andare in un locale a divertirsi. Ben, nel tentativo di comprendere il significato di una chiamata che hanno avuto numerosi passeggeri, chiede ad Adrian d'incontrarlo. L'appuntamento e' nello stesso locale dove sono andati Olive e TJ: Ben si rende conto che li' ci sono molti passeggeri del volo 828, compresa Michaela. Quando alcuni cominciano a stare male e scoppia un incendio, Ben capisce che si tratta di una trappola, che qualcuno voleva uccidere il maggior numero possibile di passeggeri.

Michaela scopre che Jared e' coinvolto con un gruppo di fanatici che vogliono eliminare i passeggeri dell'828, e potrebbe essere responsabile dell'incendio del locale dove erano stati riuniti tutti. Viene rinvenuto un corpo carbonizzato che sembra essere quello di TJ. Ben comincia a sentire un canto misterioso e insieme a Olive lo seguira' arrivando a fare una scoperta sorprendente.

Zeke si rivolge a Saanvi che dice di aver trovato una cura per cancellare le chiamate e annullare la Data di Morte: la trova in uno stato confusionale dopo aver testato la cura su se stessa. Zeke preoccupato si rivolge alla ex di Saanvi. Cal ha una Chiamata in cui vede una enorme ragnatela che cerca in tuti i modi di ricostruire. Michaela denuncia agli Affari interni il probabile collegamento fra Jared e gli Ixiani, ma durante il colloquio si ritrova ad essere lei sotto accusa. Olive e TJ continuano a studiare il diario di Al-Zuras nella convinzione che la soluzione vada cercata tra quelle pagine.

Con un'operazione tanto coraggiosa quanto rischiosa, Jared riesce a smascherare il gruppo di fanatici che vogliono eliminare i passeggeri dell'828, e a salvare Zeke. Per seguire una Chiamata insieme a Ben, Grace scivola sulla riva di un fiume e le si rompono prematuramente le acque. Per salvare la sua bambina, bisogna intervenire chirurgicamente con un'operazione molto rischiosa.

Zeke si cura con la terapia sperimentale di Saanvi, ma senza grossi risultati. Michela, partendo da un piccolo furto in un negozio, scopre per caso un grosso traffico di anfetamina. Intanto Cal, Ben e TJ cominciano ad avere delle visioni diverse dal solito: una fenice. Un mosaico che la rappresenta si trova in una stazione della metropolitana: recandosi li' salvano la vita a un uomo che sta per suicidarsi.

Dopo il rapimento di Cal, Michaela decide di restituire la droga agli spacciatori perche' venga liberato, ma durante lo scambio qualcosa va storto. I rapitori portano Cal in una baita sperduta e Zeke, Ben e Michaela si mettono sulle sue tracce seguendo una chiamata. Con l'aiuto di Vance, Saanvi rintraccia il Maggiore e cerca di farsi dire da lei come curare i passeggeri dell'828.

Dopo il rapimento di Cal, Michaela decide di restituire la droga agli spacciatori perche' venga liberato, ma durante lo scambio qualcosa va storto. I rapitori portano Cal in una baita sperduta e Zeke, Ben e Michaela si mettono sulle sue tracce seguendo una chiamata. Con l'aiuto di Vance, Saanvi rintraccia il Maggiore e cerca di farsi dire da lei come curare i passeggeri dell'828.