Etter å ha vært på ferie på Jamaica må Stone-familien ta to ulike fly hjem til New York. Når det seneste flyet lander, blir passasjerene forvirret når de finner ut at er gått fem og et halvt år.

Passasjerene fra flight 828 granskes av regjeringen mens de prøver å gjenoppta livet. Michaela må ta innover seg at Jared er gift med hennes tidligere bestevenninne.

Når en mystisk beskjed fører Saanvi til flyverten på 828-flighten, ber hun Ben om hjelp til å avsløre en hemmelighet om flyet. Michaela begynner å tvile på hva kallet dreier seg om, når noe går forferdelig galt.

Vi ser historiene til de etterlatte i kjølvannet av flight 828s forsvinning. Samtidig, i nåtiden, tar Cal med seg Ben på et mystisk eventyr som åpner Bens øyne for sønnens uforklarlige evner.

Når Cal våkner med en livstruende feber, blir Grace bekymret for at det er en bieffekt av hans eksperimentelle kreftbehandling, men Michaela og Ben mistenker at Cals tilstand har noe å gjøre med en mystisk passasjer fra flight 828.

Ben utnytter en gammel venn for å finne ut hvor de tilbakeholdte passasjerene ble ført, nå som han vet at de ble utsatt for smertefulle eksperimenter, og at Cals helsetilstand kan knyttes til disse.

Ben inngår et uventet samarbeid med NSA-direktør Vance i et risikofylt kappløp for å lokalisere de savnede passasjerene fra Flight 828. Michaela hjelper en suicidal passasjer som tror han er Dødens engel. Cal begynner på skolen igjen.

Når Ben og Michaela satser alt for å redde de andre savnede passasjerene, går ting forferdelig galt, og det er ikke alle som kommer seg ut i live. Det knusende resultatet er traumatisk for Ben og Grace.

Michaelas mystiske, videre kall gjør at forholdet hennes til Jared tilspisser seg. Ben er fast bestemt på å beskytte familien sin, så han utforsker en alternativ mening med Michaelas kall, og det fører ham mot en ny allianse.

Ben tar notis av Cals bønn om å hjelpe kaptein Daly med å renvaske navnet sitt etter det som skjedde med Flight 828, og reisen avdekker en tilsynelatende konspirasjon som stammer helt tilbake til den dagen flyet forsvant.

Når det blir oppdaget at Cal ikke er på soverommet sitt, starter Grace og Ben en fortvilt jakt som fører dem til de fjerne fjellene nord i delstaten New York. Et fristende spor fører dem til en forbløffende oppdagelse som snur opp ned på alt.

Michaela prøver fortsatt å komme seg etter sjokket fra Cals kall og graver dypere i forbindelsen hun har med en mystisk fremmed. Etter en litt for nær kontakt med majorens håndlangere står Ben overfor en ny, skremmende trussel som øker i omfang.

Når Saanvi forsvinner, mistenker Ben en fanatisk gruppe som har blitt besatt av passasjerene fra Flight 828. Michaela må ta konsekvensene av sin gjenforening med Jared. Zeke vender tilbake til New York og får et illevarslende kall.

Når Michaela møter den mystiske James Griffin under en politietterforskning, finner passasjerene ut hva som skjer når kallene havner i gale hender. Jared får vite om Zeke, og han blir uenig med Michaela og hennes tillit til kallene.

Ben og Michaela står overfor en skjebnesvanger trussel mot passasjerenes sikkerhet når Griffin planlegger å gå offentlig ut med kallene. Gnisningene mellom Jared og Zeke når kokepunktet. Ben, Grace og Olive gjør en knusende oppdagelse.