El Dr. Allen Hynek, astrofísico del estado de Ohio, es reclutado por la Fuerza Aérea en su programa de alto secreto que investiga ovnis llamado Proyecto Blue Book (Libro Azul). En asociación con el capitán Michael Quinn, investigan el caso de un piloto militar que sobrevivió a una escaramuza con una nave alienígena. Basado en el caso "Gorman Dogfight".

El Dr. Hynek y el Capitán Quinn investigan el caso de una mujer y sus dos hijos en Virginia Occidental que fueron testigos de la caída de un platillo volante cerca de su granja y de que un extraterrestre emergió del ardiente escenario; Basado en el caso Flatwoods Monster.

Cuando los ciudadanos de Lubbock, Texas, presencian una misteriosa nave en forma de V en el cielo nocturno, Hynek y Quinn son llevados a investigar el masivo avistamiento.

Un extraño encuentro OVNI con un avión comercial lleva a Hynek y Quinn hasta un programa de alto secreto que involucra a ex científicos nazis en Huntsville, Alabama, conocido como Operación Paperclip, que tiene su propia y misteriosa agenda.

Hynek y Quinn siguen una serie de extrañas pistas que los llevan a un grupo secreto que no solo dice haber sido testigo de extrañas luces durante el combate llamado "Foo Fighters", sino que también dice que sabe cómo contactarlos.

Después de que las misteriosas bolas de fuego verdes casi causan un desastre nuclear durante una prueba de armas, Hynek y Quinn deben investigar cómo pudo haber ocurrido esto, cada uno con alteraciones de las teorías sobre lo que realmente está sucediendo.

Después de que un jefe de exploradores desaparece, cuando él y su tropa son testigos de una extraña embarcación que flota en el bosque, Hynek es enviado a investigar para el Proyecto Blue Book (Libro Azul), mientras que Quinn se ve envuelto en una misión deshonesta del General Harding.

Cuando surge una película que documenta un pelotón del Ejército bajo un ataque OVNI, los Generales envían a Hynek y Quinn a investigar, donde encuentran que los soldados no solo sufren los efectos físicos de la guerra, sino también los psicológicos.

Washington D.C. está invadido por ovnis, y Hynek y Quinn deben descubrir la verdadera naturaleza de la amenaza antes de que sea demasiado tarde.