El Dr. Allen Hynek, astrofísico del estado de Ohio, es reclutado por la Fuerza Aérea en su programa de alto secreto que investiga ovnis llamado Proyecto Blue Book (Libro Azul). En asociación con el capitán Michael Quinn, investigan el caso de un piloto militar que sobrevivió a una escaramuza con una nave alienígena. Basado en el caso "Gorman Dogfight".

El Dr. Hynek y el Capitán Quinn investigan el caso de una mujer y sus dos hijos en Virginia Occidental que fueron testigos de la caída de un platillo volante cerca de su granja y de que un extraterrestre emergió del ardiente escenario; Basado en el caso Flatwoods Monster.

Cuando los ciudadanos de Lubbock, Texas, presencian una misteriosa nave en forma de V en el cielo nocturno, Hynek y Quinn son llevados a investigar el masivo avistamiento.

Un extraño encuentro OVNI con un avión comercial lleva a Hynek y Quinn hasta un programa de alto secreto que involucra a ex científicos nazis en Huntsville, Alabama, conocido como Operación Paperclip, que tiene su propia y misteriosa agenda.

Hynek y Quinn siguen una serie de extrañas pistas que los llevan a un grupo secreto que no solo dice haber sido testigo de extrañas luces durante el combate llamado "Foo Fighters", sino que también dice que sabe cómo contactarlos.

Después de que las misteriosas bolas de fuego verdes casi causan un desastre nuclear durante una prueba de armas, Hynek y Quinn deben investigar cómo pudo haber ocurrido esto, cada uno con alteraciones de las teorías sobre lo que realmente está sucediendo.

Después de que un jefe de exploradores desaparece, cuando él y su tropa son testigos de una extraña embarcación que flota en el bosque, Hynek es enviado a investigar para el Proyecto Blue Book (Libro Azul), mientras que Quinn se ve envuelto en una misión deshonesta del General Harding.

Cuando surge una película que documenta un pelotón del Ejército bajo un ataque OVNI, los Generales envían a Hynek y Quinn a investigar, donde encuentran que los soldados no solo sufren los efectos físicos de la guerra, sino también los psicológicos.

Hynek se ve envuelto en un caso del que, literalmente, no puede escapar cuando un hombre llega a la sede de Blue Book (Libro Azul) con su esposa. El hombre afirma que fue secuestrado por extraterrestres, y planea mantener a Hynek y Quinn como rehenes hasta que se descubra la verdad.

Washington D.C. está invadido por ovnis, y Hynek y Quinn deben descubrir la verdadera naturaleza de la amenaza antes de que sea demasiado tarde.

Quinn y Hynek visitan Roswell, NM, con el general Harding como ciudadano local desconocido, amenaza con revelar la evidencia asociada con un aterrizaje forzoso extraterrestre que tuvo lugar hace seis años y dar a conocer su existencia al mundo.

Quinn y Hynek casi alcanzan a un posible culpable, que podría llevarlos a donde necesitan estar para descubrir la verdad detrás del famoso incidente de Roswell.

Hynek y Quinn investigan los informes de un soldado que presuntamente fue llevado dentro de un platillo volador en una base militar remota en Nevada, donde posteriormente se enteraron de las diversas razones por las cuales los secretos contenidos en el Área 51 no deberían ser revelados.

Un supuesto extraterrestre invade una casa rural en Kentucky, lo que lleva a la CIA a dar acceso a Hynek y Quinn a su programa de alto secreto conocido como MK Ultra, que afirma que el ataque extraterrestre tiene el potencial de ser el comienzo de un plan más amplio.

El misterioso Hombre de Negro secuestra a Hynek, que envía a Quinn en una misión con la CIA para seguirlo y rescatar a Hynek.

Mientras recuerda su participación en el set de «Encuentros cercanos del tercer tipo», Hynek relata sus experiencias en el famoso Panel Robertson comandado por la CIA y un grupo de científicos y de la que Hynek afirma que intentaron cerrarle toda su investigación.

Hynek y Quinn visitan un rancho en Utah para aprender más sobre las afirmaciones peculiares de una joven familia sobre un fenómeno inconcebible y potencialmente dañino.

Cuando roban material sensible de los generales Harding y Valentine, Hynek y Quinn se darán cuenta de que su culpable no solo se encuentra mucho más cerca de lo que podrían imaginar, sino que también lo hace la evidencia innegable de una conspiración de ovnis.

Cuando un extraño avión desaparece en el desierto canadiense, Hynek y Quinn se ponen en marcha para encontrar y recuperar su carga perdida, pero encuentran varios peligros en el camino de garantizar que la carga nunca sea encontrada por personas externas.

Este cierre de temporada será de otro caso memorable de múltiples encuentros de ovnis que tuvieron lugar no en tierra, sino sobre el Océano Atlántico, durante una serie de ensayos militares de la OTAN en septiembre de 1952 llamada Operación Mainbrace.