Nadat Cliff Steele's lichaam tijdens een auto-ongeluk is vernietigd, neemt Dr. Niles Caulder hem mee naar huis en bouwt een nieuw lichaam voor hem. Wanneer Niles op expeditie gaat, besluit de groep een dagtocht naar de stad te maken, maar de dingen gaan niet zoals gepland.

Rita en Larry verlaten Cliff om uit te zoeken wat de oorzaak was van de vernietiging van Cloverton en de verdwijning van Niles.

De groep trekt per bus naar Paraguay. Flit teleporteert Larry en Cliff naar Paraguay, daar ontmoeten ze de man die verantwoordelijk is voor de transformatie van Morden.

Wanneer hij ontdekt dat het ongeschreven boek op het punt staat te worden gelezen en de wereld ten einde kan komen, komt Willoughby Kipling in actie en gaat op zoek naar Niles.

Jane, Larry en Rita bezoeken een school waar de originele Doom Patrol van hun pensioen genieten.

Na een gewelddadige uitbarsting van Cliff neemt het team deel aan een soort zelfgeleide groepstherapie. Kunnen ze als groep zo dichterbij elkaar komen?

Een geslachtsloze teleporterende straat met een bewustzijn, genaamd Danny, wordt opgejaagd door het geheime Bureau of Normalcy. Danny heeft de hulp nodig van Niles, maar krijgt in plaats daarvan Vic en Larry op bezoek.

Jane trekt zich terug in The Underground, een verraderlijke plek diep in haar eigen bewustzijn, waar ze haar vele persoonlijkheden tegenkomt en donkere trauma's uit haar verleden zijn weggestopt.

Vic en Rita worden geconfronteerd met een gevaarlijke man genaamd The Beard Hunter, die door het Bureau of Normalcy is geactiveerd om Niles Caulder te vinden.

Terwijl Larry zijn oude liefde John bezoekt, reizen Cliff en Rita naar Gator Country om in contact te komen met Clara, de dochter van Cliff. Ondertussen maakt Vic zich zorgen over zijn besturingssysteem.

Vic is gevangen genomen door het Bureau of Normalcy en wordt vastgehouden op de Ant Farm. Zijn vader, Silas Stone, bedenkt een plan om hem uit te breken samen met de rest van de Doom Patrol, maar niet alles verloopt volgens plan.

De Doom Patrol probeert de herinneringen en vaardigheden van Flex Mentallo te herstellen, terwijl Rita worstelt met haar zelfvertrouwen en Larry beseft hoe gebonden hij is aan de Negative Spirit.

De Doom Patrol kan de Chief eindelijk redden uit de klauwen van Mr. Nobody. Met hulp van Flex Mentallo en Danny the Street komt de groep de White Space binnen, waar Mr. Nobody hen de kans biedt om opnieuw te beginnen.

Na de onthulling van de Chief gaan de leden van de Doom Patrol hun eigen weg. Wanneer Mr. Nobody een nieuw plan uitbrengt, moet het team zich herenigen om de Chief te helpen met een nieuwe, onverwachte - en rare - bedreiging voor de wereld.