警隊授勳典禮舉行在即，歹徒傳來訊息要脅受勳者高逸泰裸跑，否則引爆炸彈。在飛虎隊的協助下，最終救出高逸泰，可惜沒能揪出主謀。高家俊調查黑幫社團鴻圖時，發現他們將與泰國毒販進行交易，行動時展開了激烈槍戰。

高家俊插手飛虎的行動，高家朗挺身保護，最終疑犯逃脫，高家俊後因私自行動而被轉為文職。Kenny接觸社團老大可樂，指能替他找出臥底。Ｏ記聶宇航與臥底黃榮賢見面時被Kenny發現，可樂家法處置黃榮賢。

雷焯鋒救出重傷的黃榮賢，然而他卻在醫院被Kenny殺害。雷焯鋒拿到黃榮賢手機，聽到他許多錄音，對於自己多年來一直誤解他深感愧疚。高家朗看到盧曼娜的攤子被毀，上前仗義幫助，又帶她看醫生和請她吃飯，二人關係要好

高家俊在拘捕可樂的行動中搜到新型毒品，推測殺臥底案涉及第三方勢力。Kenny透過林梓堯傳話，威逼利誘高逸泰在警方當臥底，高逸泰為了保密殺林梓堯滅口。高家朗根據書中暗藏的代碼翻查報紙，發現是跟聯運有關的新聞。

聶宇航去抓可樂，可樂卻慘遭滅口，高逸泰下令結案，但聶宇航仍暗中調查，高家俊表示會全力配合。Kenny派人給聶宇航一個教訓，高逸泰再次勸他別再調查。高家朗問起母親自己出生的事，隨後又問聶宇航自己是否收養的。

高家俊天天帶隊掃蕩黑社會場子，令各社團老大不滿，Kenny表示他自會處理。自父親死後，威廉情緒一直不穩定，雷焯鋒帶他去看心理醫生，自己也慢慢走出陰影。此時威廉卻被Kenny綁架，並要求高家俊獨自開車到觀塘繞道

高家俊獨自前往拯救威廉，卻被反鎖在車內。盧國斌威脅高逸泰答應協助，讓俊脫險，泰最終答應，但到車上炸彈爆炸前十秒，俊為拯救威廉仍不肯離開…高家朗對自己身世感疑惑，潛入檔案室，發現與當年一個臥底行動有關。

為了阻止間諜與黑幫U384交易，聶宇航帶隊行動，混亂之中搶得載有中情局機密的箱子而被歹徒追殺。為了奪回箱子，盧國斌要脅高逸泰配合，加上Kenny的偽造影片，使得所有人以為聶宇航與恐怖組織有聯繫，把他重重包圍。

韓哲琛妻子被槍殺，高家朗為了幫聶宇航洗脫罪名違抗命令，二人一方面要找證據，另一方面要逃避警方的追捕和U384的追殺。三方在商場展開混戰，飛虎隊員阿豹於槍戰中被殺。聶宇航成功取得影片，並找鄭英豪協助…

聶宇航通知高家俊來抓Kenny，高逸泰先下手把人救走。高家朗稱願用Kenny手機交換一千萬，而高逸泰竟銷毀得手的假手機，聶宇航很震驚。警隊全面戒備，誓要在72小時內找回箱子，以防資料落在恐怖分子手上。

高家俊提議把聶宇航的妻女送往安全屋，高逸泰堅決反對。高家朗協助聶宇航逃跑，與飛虎隊發生衝突，被視為變節。高家俊發現最近的案子都跟高逸泰有間接關係，對他起了疑心，故接受聶宇航的提議，設局測試他是否內奸。

高家俊暗中支援聶宇航的行動。高逸泰脅持聶的妻女，威脅聶交出箱子。二人見面時高逸泰發現高家朗暗中協助，最終聶帶走了箱子，並與恐怖分子展開追逐戰。箱子輾轉到了高逸朗手上，在恐襲發生前數分鐘與恐怖分子對峙…

高逸泰被高家俊親手抓住，並被定罪。然而由於二人的父子關係，警方亦視俊為嫌犯，多番對他進行內部調查，俊為證明自己清白，決意找出幕後黑手的真正身分。高家朗回歸飛虎隊，受到同僚歡迎，與戴以菲的感情也越來越好

一眾飛虎隊員跟蹤高家朗與戴以菲約會期間，意外發現雷焯鋒和心理治療師張慧珊約會，二人大為尷尬。Kenny為了搶佔毒品市場，向警方告發競爭對手運毒，Ｏ記根據線報趕到現場，與毒販展開槍戰，戴以菲在支援期間受傷。

高家俊繼續以臥底身分調查富家子那邊，文洛主動接近，對他似乎頗有興趣。盧曼娜獲取李英蘭信任，兩人關係日益親密，與此同時，高家朗和戴以菲的感情也進一步發展。盧曼娜去探監，高逸泰驚訝之餘，陳年往事浮現腦海。

高家俊認為上環屍體發現案跟漁船一案有關，所以找莊雅璇幫忙打聽。透過中情局的Michelle，聶宇航得知香港成為恐怖分子集資的基地之一，而盧曼娜極有可能就是關鍵人物。凌文洛終於知道高家俊的身分，並答應找出莊家。

恐怖分子把黑市資金經過不同地區進行轉換，再分散到各地的恐怖組織，盧曼娜被懷疑是香港區的關鍵人物，韓哲琛想高家朗做臥底去調查盧曼娜，但遭聶宇航反對…高家俊繼續打擊新型軟性毒品案件，但調查手法受眾人非議。

戴以菲從雷焯鋒口中得知高家朗是擅自決定離開警隊的，她四出尋找朗的下落，但朗為了任務只能忍痛不見她。盧曼娜銳意重振聯運，並安排朗為下一任主事人，朗為了取得信任亦四出搶地盤，卻在此時偶遇菲。

盧國斌逼高家朗殺死雷焯鋒，朗為了保住鋒的性命，事先通知聶宇航他的計劃。另一方面，高家俊為了打擊聯運，掃蕩了Kenny的製毒工場，令聯運損失慘重，斌大怒，揚言要殺俊。朗去探望鋒時遇戴以菲，朗向菲提出分手…

聶宇航提醒高家俊小心被利用，師徒矛盾愈加激烈。凌文洛終於向高家俊吐露心聲，雙方關係更進一步。高逸泰表示只要保證妻子安全，會全力協助警方。聶宇航要高家朗勿忘自己警察身分，高家朗想起往事，百般滋味。

盧國斌要Kenny殺了凌文洛，Kenny沒有下手，反而要她帶著載有毒氣的行李箱進入警署。高家朗要聯運跟星國開戰，警察傾巢而出，傷亡才得以減少。盧國斌確信高家朗是臥底，為煽動高家俊，放出高家朗有份策劃襲擊的消息。

毒氣事件後，聶宇航要求高家俊休假，並親自負責調查工作。高家俊得悉雷焯鋒中槍一事另有內情，遂向鋒之心理治療師張慧珊求證，珊懷疑俊患了躁鬱症。Kenny繼續懷疑高家朗是臥底，朗極力否認，並向盧曼娜表示不滿。

盧國斌和高家朗綁架了余慧貞，要脅警方釋放Kenny，聶宇航反對，高家俊卻堅持要交換人質，結果Kenny遭航擊斃，貞卻遭朗槍傷，俊感自責。另外朗積極培訓新血，終令斌釋除疑慮。貞難以接受自己癱瘓一事，航加以開解。

紅狼要盧曼娜做誘餌，轉資十億，吸引全世界注意，同時高家俊又死咬著聯運不放，於是盧曼娜抓走李英蘭，想趁機解決高家俊，高家朗知道後，焦急萬分，急忙想辦法救人。飽受心理折磨的戴以菲決定辭職，雷焯鋒挽留不果。

高家俊透過監控鏡頭鎖定U384的基地。聶宇航想在案子結束後讓高家朗回歸，但韓哲琛以要他接近紅狼為由拒絕。Ｏ記與飛虎隊展開聯合行動搗破U384，一輪槍戰後，盧國斌逃脫。在高家朗的遊說下，盧曼娜投降並轉為污點證人

高家朗為誤擊乾媽而內疚，聶宇航安慰二人，但乾媽對朗仍充滿戒心。高家俊主動接觸張慧珊處理自己的心理問題，珊為俊進行催眠，最終找出病因。盧國斌主動接觸高家朗，威脅朗若不釋放盧曼娜就會在市中心引爆毒氣炸彈。

紅狼在歐洲的基地被搗破，他們將目標轉移到香港，準備發動襲擊，盧國斌為救盧曼娜，答應與他們合作。警方為對付紅狼，成立一支特別小組，由高家朗、高家俊、戴以菲三人擔任隊長，朗及俊兄弟倆的感情也變得越來越好。

高家俊要莊雅璇離開自己，卻反被對方打動，俊向璇求婚，璇答應。紅狼意圖在香港多處發動襲擊，為制止紅狼，聶宇航和雷焯鋒嚴密部署行動。另一方面，紅狼藉狙擊股市來搞垮香港經濟，為穩住股市，航找來盧曼娜協助…

紅狼逼盧國斌穿上裝有炸彈的背心前往會場引開注意，實則真正目的是要去金管局抓盧曼娜。高家朗成功制服盧國斌，同時，高家俊猜到紅狼真正意圖，通知聶宇航。停車場內，盧曼娜受傷，高家兄弟一起聯手與紅狼展開槍戰。