被雇佣的三名男子来到沼泽，计划将三个箱子丢入水中。他们受到大量植物藤蔓的攻击，只有科尔幸免于难逃回家中。48小时之后，科尔的女儿苏西感染一种神秘病毒，这种病毒迅速在路易斯安那州的玛莱镇蔓延开来。在玛莱镇生活成长的艾比·艾肯当前是美国疾病管制与预防中心的一名医生，她被派来援助治疗。她见到了儿时的朋友、当前的小镇警察马特·凯博，两人在科尔家调查案情时，遇到被艾佛瑞·桑德兰聘请来此做研究的生物学家亚历克·荷兰。亚历克认为桑德兰的研究与传播的病毒有关，他在沼泽的水中发现一种神秘的新型诱变加速生长剂。艾比和亚历克在解剖研究科尔的尸体时，从尸体中伸长的植物藤蔓攻击了他们，最终亚历克用火烧死了这些藤蔓。亚历克陪同艾比拜访幼时好友莉兹·崔梅恩，莉兹是当地一家周刊的记者，并兼职酒保。玛丽亚·桑德兰因早逝的女儿怪罪于艾比，警告她在病毒事件结束之后立刻离开玛莱镇。亚历克带艾比来到位于沼泽岸边自己的实验室，他通过实验证实了诱变加速生长剂的猜想。亚历克前往沼泽寻找被投放于水中的箱子，此时他被人射中两枪，在小船被炸药焚毁之前，负伤的亚历克翻身潜入水中。亚历克生命垂危，浑身被沼泽中的藤蔓包裹。冲到事发现场的艾比被一个庞然大物吓跑，这个怪物拥有一双红色眼睛，身上布满绿色藓类和陈腐泥沼。

警方在沼泽搜索亚历克的尸体，他们并未对艾比描述的怪物多加理会。玛丽亚请求仙娜度夫人帮助找到女儿的灵魂，后者劝告她打消这个念头。艾佛瑞·桑德兰向艾比表示，诱变加速生长剂能使树木生长得更快，从沼泽中汲取水分，从而可以开发这片土地，获取更多资源。这种药剂的研究者杰森·伍德罗和妻子来到玛莱镇。尽管他们声称药剂不会引起传染病毒，艾佛瑞要求他们彻底调查此事。为了调查亚历克的事情，艾比和朋友莉兹来到丹尼尔·卡西迪的“夜行者”影碟出租店，她在电脑留存的影像日志中发现亞歷克死前对自己抱有好感。医院中的苏西梦到可怕怪物，她藏身在巡逻艇中前往沼泽。艇上的狩猎监督员发现两人正在回收水中的箱子。他们眼见事情败露，刺死了监督员。苏西趁机逃入岸边丛林中，其中一名男子曼森紧追不放。沼泽怪物闻讯赶来，杀死了曼森。四处搜救苏西的艾比见到怪物，她匆忙带着苏西离开沼泽。苏西告诉她，怪物自称名叫亚历克。

艾比向朋友莉兹表示，她认为苏西是被怪物吸引前去沼泽，怀疑怪物是死去的亚历克。艾比在医院遇到正在验尸的杰森·伍德罗，杰森阐述了人与自然之间零和游戏的偏激思想。莉兹想要采访银行职员戈登，希望了解他秘密贷款给艾佛瑞·桑德兰的事情。为了调查亚历克的乘船爆炸起因，警长露西莉亚晚间来到艾佛瑞家中，她与艾佛瑞一直秘密偷情。艾比的助手哈伦同样感染了绿色病毒，她再次返回亚历克的实验室寻找病毒解药。被沼泽怪物杀死的曼森复活，浑身布满虫子，他来到实验室向怪物复仇。艾比遭遇曼森攻击，沼泽怪物及时出现降服了他。艾比认出沼泽怪物是亚历克，他告诉艾比这种病毒是对外界做出反击而非主动攻击，艾比因此确定了治疗方案，成功解救了所有患者。丹尼尔亟欲离开玛莱镇，仙娜度夫人再次为他占卜，这次的结果显示他要等待的人已经出现，正是艾比·艾肯。由于妻子玛丽亚不愿意出资援助艾佛瑞，艾佛瑞担心自己非法挪借巨款的事情被曝光，潜入戈登家中杀害了他。

托德和父亲在沼泽中发现一具干尸，逃跑时托德的手臂被尸体划伤。转天托德在莉兹父亲德罗伊的酒馆工作时，眼前出现可怕的幻象。为了阻滞托德自残，德罗伊被托德抓伤。随后德罗伊同样感知到自己记忆中的可怕经历。在艾比和警长露西莉亚帮助下，德罗伊被送往医院。在争执过程中，德罗伊抓伤了露西莉亚。艾比前往沼泽，获取成为了怪物的亚历克的细胞组织样本，亚历克提醒她留意沼泽中的危险事物。艾比在实验室观察到样本中的细胞融合了植物和动物的特性。伍德罗对此现象感到惊奇，开始与艾比共同研究。为庆祝“绿流感”病毒被清除，桑德兰夫妇邀请小镇居民参加晚宴，他们决定收养刚被治愈的小女孩苏西。艾比在沼泽中发现干尸，以及遗落在傍边的酒店钥匙。亚历克告诉艾比依附在尸体上的“黑暗物质”被托德释放，需要把它带回沼泽。莉兹通过钥匙，在就职的报社查询到二十世纪二十年代发生过多起类似事件，受害者最终消失于沼泽。寄身于托德的“黑暗物质”通过血液接触间接传递给露西莉亚。露西莉亚在晚宴上陷入幻象之中，艾比在帮助露西莉亚镇定下来的过程中被抓伤。艾比匆忙返回沼泽寻求亚历克的帮助，亚历克将“黑暗物质”重新送入尸体被埋入地下。亚历克表示从植物中了解到，这名男子为了保护亲人而自杀。他进一步说明，由于沼泽被污染，发生的一切只是刚开始。

沼泽怪物看到横尸遍野的幻象，随后他遇到幻影陌生人，后者告诉他这些幻象都是树木所见证的真实事件。苏西的意识被玛丽亚已故女儿萧娜的灵魂所占据，她企图引诱玛丽亚葬身沼泽之中陪伴她。艾比追随玛丽亚来到沼泽，受萧娜灵魂的影响，意识不清的玛丽亚抓住艾比，打算淹死她。艾比挣扎逃脱之后，沼泽怪物把沉入水底的玛丽亚解救上岸。沼泽怪物向艾比讲述自己看到了当年萧娜溺水而死的经过，她被沼泽中的邪恶力量纠缠而无法脱身。莉兹继续调查亚历克的死亡案件以及银行职员戈登的去向，艾佛瑞来到她家餐馆施以威胁，莉兹当初没有退缩。丹尼尔试图离开玛莱镇，边境的一堵无形的墙依然阻挡他的去路。杰森在亚历克的实验室发现植物样本，分析之后发现与艾比带来的样本具有相同的遗传物质。因此，杰森告诉艾佛瑞有一只大型生物存活在沼泽中，他希望能够活捉并研究它，艾佛瑞向他推荐了追捕人选。艾佛瑞派出打手恐吓莉兹，丹尼尔上前帮忙，被其中一名打手失手用棍棒击中后脑，倒地不起。

艾佛瑞派出的捕手被沼泽怪物击退。露西莉亚质问儿子马修是否是暗夜在船上袭击亚历克的凶手，为了掩盖这件事，她枪杀了一名目击者。马修承认开枪射杀亚历克，是出于保护母亲免受艾佛瑞的威胁。莉兹告诉艾比，恐吓自己并击打丹尼尔的人是受艾佛瑞的指使。丹尼尔脑部受到重创，陷入深度昏迷。在一切发生之前，丹尼尔与幻影陌生人达成交易，换取演出机会，也导致他被困在玛莱镇至今。伍德罗从艾比带来的样本中提取出了一种诱变剂，趁人不备注射给了丹尼尔。丹尼尔奇迹般地苏醒，当时身体不断发热。为调查捕手被袭案件，马修来到沼泽，遇到艾比和沼泽怪物。艾比向他说明，怪物就是“死去”的亚历克·荷兰。丹尼尔冲出医院找伍德罗理论，逐渐变成“夜行者”，紧急之中伍德罗的妻子麻醉了他。仙娜度夫人来到医院施展巫术，减轻了丹尼尔的痛苦。沼泽怪物手中长出能够散发致幻剂的花朵，艾比受此影响，眼前的怪物变成了具有正常身体形态的亚历克·荷兰。

负伤的艾佛瑞穿行于沼泽中，失血过多的他开始产生幻觉。沼泽怪物及时施以援手，并帮助艾佛瑞缝合伤口。艾比带着采集的样本回到亚特兰大。与玛丽亚合作的秘密组织来到疾病管制与预防中心，阻止艾比进一步研究，并希望她配合组织，抓捕沼泽怪物。艾比愤然拒绝，赶回玛莱。转天之后，获救的艾佛瑞带着伍德罗前来沼泽，假意帮助亚历克恢复正常，实则打算诱捕他。他们与秘密组织派来的雇佣兵共同利用液氮冷冻并成功捕获沼泽怪物。感知到亚历克有危险，甫归玛莱的艾比在沼泽发现沼泽怪物已经被带走。

沼泽怪物被伍德罗带至桑德兰的秘密工厂进行生物学研究。伍德罗解剖怪物，取出它的内脏器官，怪物仍然没有死亡。经过进一步诊断，伍德罗猜想这是由于亚历克·荷兰沉入沼泽之后，他的的意识附着在了沼泽植物体内，因而产生沼泽怪物。艾佛瑞为了报复妻子玛丽亚，将她关进了精神病院。马修因为酒驾发生严重车祸。幻影陌生人来到丹尼尔的病房，向他展示一种可能存在的未来，丹尼尔看到艾比和莉兹被枪击身亡。为了解救她们，丹尼尔戴上面具，成为有超能力的“夜行者”。他赶到工厂，谋杀了所有雇佣兵，帮助艾比和莉兹进入解剖室，之后独自离开。艾比释放了沼泽怪物，它的内脏和身体很快复原完好。伍德罗带着沼泽怪物的内脏逃至家中，发现患有阿兹海默症的妻子因记忆混乱而服药过量，生命垂危。为了验证伍德罗的猜想，沼泽怪物带着艾比回到亚历克的丧生地点。怪物从水底将亚历克腐烂的尸体打捞上岸，向艾比说明自己不是真正的亚历克。

沼泽怪物将亚历克的尸体送归湖底。艾比安慰沼泽怪物，表示亚历克的思想与它同在。纳森·艾勒瑞带领雇佣兵抓捕沼泽怪物，被它全部杀死。沼泽怪物放走纳森，让他向别人说明不要再危害沼泽。为拯救妻子，伍德罗用自己做实验，食用沼泽怪物的内脏。艾比来到精神病院，见到仙娜度夫人为解除玛丽亚的痛苦，致使她神志不清。艾佛瑞打算与露西莉亚和解，遭到拒绝之后，他刺伤露西莉亚，将她关进警车后备箱内，连同车辆一起沉入沼泽湖底。艾比来到伍德罗家，发现他的异常行为并及时报警，伍德罗被警察逮捕，关在警署。丹尼尔成功离开玛莱。艾比挽留住意欲离开的沼泽怪物，两人决定留在玛莱共同对抗黑暗。马特来到警署，遭遇变身为植物大师的伍德罗，他向马特发起攻击。