故事的主人翁伍六七和鸡大保的牛杂摊生意清冷，鸡大保却突然开始忽悠伍六七可以当刺客赚大钱。因与自己身世息息相关，伍六七勉强应和鸡大保的提议。只会玩剪刀的伍六七压根不知道如何当刺客杀人，鸡大保连哄带骗教给了伍六七一系列当刺客的技能，并怂恿伍六七去婚礼现场实践，结果把事搞的乱七八糟，伍六七被追杀逃跑到海边，却意外撞见疑似知道自己身世的机器人。

喵星人与汪星人的大战前夜，喵星人首领小咪咪聘请了伍六七去刺瞎汪星人首领。伍六七伪装成小土狗，秘密潜入汪星人基地，差点晚节不保。六七最终潜伏敌穴见到汪星人首领，却被一眼识破。交战后发现汪星人首领与喵星人首领以前有一段情，喵星人为报复当年违背诺言，所以才要刺瞎他的狗眼。伍六七发现打不过，便化身地砖逃跑。任务虽然失败，但为了不被退款，伍六七伪装成汪星人去见小咪咪，通过感人肺腑的表演化解了这场战争。

正当喵星人首领与汪星人首领浓情蜜蜜，女刺客梅花十三奉命来取汪星人首领的命，伍六七刚好伪装成了汪星人首领在屋顶唱歌，于是招来杀身之祸。就算伍六七变回原样，十三依旧认为是汪星人伪装成人，于是继续追杀六七。两人在屋顶展开了追逐战，几经波折，十三杀人不成反被夺走初吻。十三发誓一定要取六七狗命！

纯净小岛协会主任聘请伍六七去刺杀一个有着收集内裤奇怪癖好的猥琐男。伍六七变身成内裤，让猥琐男把他带回家，趁着猥琐男整理房间时刺杀他，但是发现猥琐男虽然有着奇怪癖好，但是内心善良没有伤害过任何人，决定放弃刺杀。这时纯净小岛协会主任带人闯门而入，要烧光他的珍藏，赶他出岛。伍六七认为每个人都有些奇怪的爱好，只要没有伤害到别人也没什么不妥。于是伍六七反而跟主任打起来，主任战斗力惊人，还会什么鬼气功波，六七遇到了最大危机！

一个中年男人聘请伍六七去刺杀一个令人厌恶的阿婆，伍六七变身纸皮箱尾随阿婆，结果被阿婆各种虐待反杀想要逃走，但阿婆孙子认出之前剪坏他头发的人就是六七，阿婆勃然大怒，要取六七的命，六七居然完全不是对手。战斗中，六七突然发现要杀阿婆的中年男人，原来真实身份竟然是……当他不明白这是什么回事，就在这时，鸡大保放箭暗算啊婆，因为人类最大的弱点就是“情感”，然而六七居然出手相救。

十三岁的神秘美少女可乐拿所有的积蓄去请伍六七来刺杀自己。但她不打算乖乖被杀，而是跟伍六七约定，只要伍六七陪她做完几件看似疯狂的事，她就自动送死。伍六七觉得这事划得来，总比杀人容易，而且理发店的房租要交了，爽快答应。但是陪美少女完成所有心愿的时候，六七知晓可乐请人刺杀自己背后真相，六七反而不忍心下手，而可乐却坦然一心求死。六七开始以气御剪。

一个人单独负责小岛海防守卫的阿伯看到有海盗潜艇的靠近，于是卖掉裤子请伍六七去刺杀海盗杰克船长。伍六七化身海鱼潜入潜艇中，与杰克船长展开了战斗。结果杰克船长前所未有的强大，伍六七完全不是他的对手……但是伍六七的顽强还是让杰克船长惊讶，船长提出如果可以让他后退一步算伍六七赢，他就放弃侵略这个小岛。结果伍六七用奇招胜了，船长告诉他真相，其实他不是要侵略这个岛，而是有着其他的目的。

伍六七这次的目标人物是来岛上度假的富豪，他有个贴身保镖，叫何大春。保镖是刺客的宿敌，二人决定以“好莱坞式决斗”来分个高低，结果六七完全不是拥有“金刚不坏童子身”的大春的对手，富豪已经渡完假离开了。伍六七使坏欲偷袭富豪，大春使出必杀“情比金坚七天锁”把伍六七牢牢困住。让六七动弹不能。不死心的六七开始度过了与大春的七天。两人在被锁的日夜里聊天中才知道对方分别排在刺客榜和保镖榜的榜尾，于是惺惺相惜，成为了好友，并互相说自己的梦想。然而此时，远处竟然飞来一颗导弹，然而小岛沙滩人潮涌动，大春主动解开“情比金坚七天锁”，以肉身去接住导弹，保护小岛。

爆炸过后，一个巨大的高科技球状物从海底出现。这是斯坦国王子的战舰，王子想要占领这个小岛。因为小岛地处玄武国与斯坦国的边界，一直都是无主之地的状态。六七赶回来了，因为身受重伤的大春委托他去刺杀侵略小岛的人，但是鸡大保坚决反对他送死的举动。之前出现的配角，纯净小岛协会主任、毛腿君、汪疯、小咪咪等抵抗了一翻，都倒在了高科技武器之下。六七的剪刀也被打飞，鸡大保不得不告诉六七其实是他从海边捡回来的，并不是他青梅竹马长大的好朋友，并把六七失忆时散落身边的奇怪的宝刀给了六七，暴走的鸡小飞也赶来帮忙。

伍六七面对斯坦国王子拔出鸡大保给他的神秘宝刀，然而这把刀却布满裂痕，和一把破刀没什么两样。六七自然不是王子的对手，此时一直冷眼旁观的十三加入战斗救了六七，两人与小飞鸡一起与王子开始了战斗。王子虽然一开始落入下风，不过竟然开挂成究极形态，千钧一发时候，六七推开十三，抱住王子御剪穿刺想要同归于尽。然而王子只是受了轻伤，深受重伤的六七迷离中闪回了曾经的神秘记忆。

小鸡岛上出现越来越多的刺客，何大春派伍六七去刺杀他们，鸡大宝替伍六七接下了任务。伍六七先后遇到了赌神阿发、守打刘丸、普通刺客和春风一郎，并与他们交战……

梅花十三奉命取了伍六七的命，伍六七在逃跑的过程中，梅花十三发答应若伍六七能接她三招便放过他把刀还回来。在交战的现过程中，伍六七发现有人想要暗杀梅花十三，便保护了梅花十三。

汪星人基地来了一个弹吉他的不速之客，用悲情魔音并重伤了汪疯。小咪咪希望伍六七和鸡大保能够保护汪疯，并找出不速之客。鸡大保设计将弹吉他的不速之客引出。

可乐与伍六七外出游玩，伍六七被希义牵制住。可乐一人进入森林，发现斯坦国王子正在回收能量石。可乐用超能力控制住王子，并要求带她去斯坦国。在斯坦国，可乐发现了自己的身世。

杰克船长因为曾经被柒一刀解决的阴影，要求伍六七十分钟内解决自己，否则鸡大保将变成烧鸡。伍六七表示自己已经忘记这件事，便使用剪刀刺倒自己，梅花十三见状出手相救。

山鸡王将小飞鸡和伍六七抓走，依此作为要挟鸡大保和自己进行斗鸡比赛。在比赛过程中，两人渐渐解开心结，恩怨了断。

梅花十三邀请伍六七到海边游玩，去到后发现是梅花十三的姐姐梅花十一的计谋，伍六七因此中了毒。后来何大春与梅花十一打斗中，伍六七解开毒，并在梅花十三到来后，将两支玫瑰送给了梅花十三。

青凤完成多次任务，在二十岁那年当上暗影刺客。后来，首领带回来了十五岁的柒，柒当上暗影刺客，却遭到了赤牙的嫉妒，对柒进行对决。

赤牙来到小鸡岛，想让他的师姐江主任替他解开封印变得更强，却遭到江主任的拒绝。因此赤牙对江主任大打出手。在伍六七的帮助下，江主任碾压赤牙。

江主任对赤牙仍有爱意，不忍心下手。正是因为如此，伍六七被赤牙咬了一口，赤牙恢复力量。赤牙认出伍六七就是原来的暗影刺客柒，便要杀了他。但青凤的要求下，两人展开了决斗

鸡大保由于没有给足医疗费，神医给鸡大保下了毒。鸡大保让伍六七去把神医的盒子偷出来，竟意外走到神医家的密室，发现神医的惊天大秘密。

因为赤牙的死，更多的刺客来到小鸡岛，为了斩断过去的联系，伍六七决定离开小鸡岛。

由于伍六七没有答应国王的要求，和喵财被关进笼子里，还有鸡大保和小飞鸡，这时鸡大保想利用爆裂街霸蛋逃出。

听说飞鸟门的人都要追杀梅花十一，飞鸟门将梅花十一抓住，他们的大师兄想要将梅花十一杀死，这时，外面有个人闯入飞鸟门。

伍六七、鸡大保和小飞鸡漂流到石更国，由于鸡大保的言语，导致伍六七要与陈波比比赛。

伍六七和鸡大保来到一个神秘国家发现自己身体出现变化，被有异能的男孩追问他们闯入异能国的目的；后来发现异能国和斯特国似乎存在血海深仇。

伍六七和鸡大保潜入玄武国后，不小心为欧阳赞挡下毒针；在去烂命华家中，被误认为是来挑战玄武国第一大帮派天龙帮。

伍六七如约到达雕像底下，却不料碰上了可以看到未来的无眼法师；梅花十三接受青凤的指令，将对伍六七执行任务。

伍六七如今和两年前一样，被整个刺客组织追杀，一名神秘刺客出现在伍六七面前，想要和受伤的伍六七进行单挑。

梅花十三在醒来之后发现伍六七不见，四处找寻，最终发现伍六七身受重伤。在面对比自己更强大的暗影刺客，梅花十三决定放手一搏。