竜神翔悟は、どこにでもいる普通の高校生。 平凡な日常を過ごしていたが、突如眼前に現れた「ダークボーン」に命を狙われる。 逃げるだけで精一杯の翔悟は、ついに追い詰められて絶体絶命のピンチに。だが、庭の地中深くから現れた「カード」に触れた途端、異変が起きる！

ドラゴンに変身した翔悟は異空間にワープし、謎の敵・ダークボーンと激闘を繰り広げる。絶体絶命のピンチに追い込まれたその時、ドラゴンの背後に、3体の謎のシルエットが出現。それを見たダークボーンは動きを止め、異空間は消える。翔悟は現実世界へと戻ったが、幼なじみの早穂の家はダークボーンに破壊されていて…。

自分の意志でドラゴンボーンを着装した翔悟は、ボーンに選ばれた戦士であると証明された。ルークたちは翔悟に告げる。ダークボーンの目的は地球のボーンを奪うことであり、奪われれば地球が滅ぶ可能性があるというのだ。いきなりそんな事を言われても、翔悟には受け入れられるはずもなく…。

ダークボーンが出現！ だが、翔悟はドラゴンになれなかった。ボーンには意志があり、無意識に戦うことを拒んだため、着装できなかったのだ。翔悟はなぜ戦うのか、どうして自分がボーンに選ばれたのか悩む。そんな翔悟にタイロンが声をかける。タイロンにもアントニオにも、戦う覚悟を決めるまでの葛藤があったのだ。

4人目のボーン適合者・ギルバートが日本の空港に降り立つ。なんと彼は13歳の少年だった！ 翔悟の資料に目を通したというギルバートは、対面早々、ボーンと適合するのに時間がかかりすぎなうえ、始まりの魔神について知らなさすぎると指摘する。挙げ句には、翔悟には戦う意志と覚悟が足りないと言い放つ。

ギルバートはレオボーンを着装し、ダークボーンに挑む。ダークボーンは魔神を召喚。リーダー格であるダークホースの足技も強力で、レオは全く敵わなかった。初めて魔神を見た翔悟たちは動揺。本当に勝てるのか不安になってしまう。だが、ギルバートの心は折れてはいなかった。ルークも謎の人物と連絡を取り…。

ダークボーンは再び魔神を召喚。対抗すべく、ドラゴンも魔神を召喚する。魔神の力でドラゴンに力がみなぎり、ダークボーンの1体をボーンクラッシュさせた！ その時、まるで人間のような素顔が垣間見える。戦いの後、着装を解いた翔悟は、ドラゴンカードの異変に気が付く。ドラゴンボーンが石化しているのだ。

ボーン研究所で、翔悟は東尾から衝撃の事実を知らされる。ダークボーンの正体は地球外生命体であり、ドラゴンボーンを狙って地球にやって来たというのだ。ドラゴンボーンさえなければ敵は自分の所へやって来ないし、周りの人間にも危害は加えられない。そう考えた翔悟は、ボーンファイターを辞めようとする。

ドラゴンボーンを奪いに、タイガーとウルフがボーン研究所に現れた。翔悟を除いたルークたちボーンファイターは着装し、リベレーションコクーンを展開。タイガーとウルフに立ち向かう。着装しないと決めていた翔悟だが、シャークたちの苦戦を知り、再びドラゴンボーンをまとうことを決意する。

研究所から帰った翔悟を見て、早穂は雰囲気が変わったことに気が付く。ルークの親戚の牧場を手伝うと聞いていたが、それが翔悟を変えたのだろうか？ 一方、ギルバートは淡々と生活する翔悟が許せない。ウルフとタイガーの圧倒的な強さには為す術がなかった。しかも、彼らはネポス・アンゲリスに協力する裏切り者なのだ。

ギルバートがストイックにトレーニングにはげむ一方、ダークホースはドラゴンに圧倒的な強さを見せつけられて焦っていた。最後の戦いを挑むべく、出撃の準備をするダークホース。その頃、翔悟は、メルボルンのみやげを忘れたお詫びとして早穂の買い物に付き合っていた。そんな彼らを、怪しい影が見守っていて…。

戦いの余波によって翔悟の住む街には傷跡が残されていた。自然災害だと報道されていることに違和感を抱く翔悟。情報が漏れないよう、研究所がコントロールしているのだ。その研究所にも、戦いの中でホースを握りつぶした巨大な魔神の手については、ほとんど情報が得られない。ルークは始まりの魔神ではないかと言うが…。

暴走したドラゴンボーンにのまれた翔悟は、レナードに救出されて病院に運ばれた。ボーンの着装は解かれたが、翔悟の意識は戻らない。心配するルークや早穂たちを、健悟が気遣う。その頃、翔悟は無意識の奥底でドラゴンボーンと会話をしていた。ドラゴンボーンは、翔悟の気持ちに応えてのことと、暴走の理由を語るが…。

思いつめた雰囲気のルーク。実はルーク、ボーン研究組織のトップの息子だった。その頃、グストスとモースは、リーベルトを倒したドラゴンに報復するため、翔悟らのそばまで迫っていた！ ネポスの星では、クルードがリーベルトに対し、勝手に地球に出向いた事を質す。そして、翔悟への攻撃が始まった！

幼い頃、運命に導かれるように適合者になったルーク。それ以来、彼は研究組織のトップとなった父と離れ、ボーンファイターとしての使命を果たすべく一人で生きてきたのだった。ルークは健悟から、親が子を思う普遍的感情や仲間の存在の尊さを聞かされ、父や自らの運命について思いをはせるようになるが…。

ルークが水の魔神をディセントしたことに、ギルバートは強い焦りを感じる。エースを自負する己の理想と、常に仲間の後塵を拝してきた現実との差に、心ひそかに苦悩していたのだ。晴れない思いを抱きつつ朝の公園でスパーリングを続けていると、早穂が現れる。早穂は進路への悩みをギルバートに打ち明ける。

タイガーとウルフを、力で退けたレオ。力の正体がわからぬまま、レオのボーンは石化してしまった。ギルバートは力が放たれる際に、ボーンの「声」を聞いたと言う。「声」という単語に、タイロンが敏感に反応。かつて、タイロンの弟たちはライノーボーンの声を聞き、

彼のもとにライノーカードを持って来たのだ。

朝の道場での稽古。アントニオとルークが、まるでお互いを知り尽くしたかのように繰り広げるカポエラと合気道の対決に、翔悟は目を見張る。稽古を終えて、いつものようにアルバイトに出て行くアントニオ。翔悟はアントニオとルークの過去に興味を持つ。実はアントニオには、スラム街で暮らした暗い過去があった。

ドラゴン、シャーク、ジャガーは、ウルフとタイガーの2体と戦う。そこに、ダークワイバーン、ダークイーグル、ダークアリゲーターの3体が現れた。ギルバートとタイロンは3体が現れた反応を察知し、リベレーションコクーンの付近にまでやって来る。だが、ボーンが石化しているのでどうすることもできず…。

圧倒的な強さのアイアンボーン、ダークワイバーンであったが、レオもアイアンボーンとなって何とか退けた。次にまたダークワイバーンが襲ってくれば、ドラゴンたちが勝つ見込みは薄い。レオ以外のボーンもアイアンボーンになるべく、翔悟たちはメルボルンのボーン研究所へと急ぐ。

研究所では、アイアンボーンの理論を解明するため、レオボーンとギルバートの調査が続いていた。翔悟、アントニオ、タイロンは、メルボルンのカフェに。ガードシステムを解除してダークアリゲーターの侵入を手引きした者が、どうやら研究所内にいるらしいのだ。一方、ダークアリゲーターの適合者・ドロッサスは…。

翔悟の前に、ダークワイバーンの適合者・クルードが現れた。彼はドラゴンボーンが地球に味方をする理由を翔悟に訊ねるが、翔悟は知るよしもない。適合者であるにも関わらず何も知らない翔悟に、クルードは始まりの魔神による宇宙誕生の歴史と、始まりの魔神が地球を消滅させる理由を教える。それを知った翔悟は…。

夏休みを満喫できなかったと、翔悟にこぼす早穂。そこに早穂の父・勝也が長期出張から帰宅する。翔悟は幼い頃出て行った母親に似てきたと勝也に言われ、気がかりに。その頃、ネポスでは、クルードとシュトルツが面会していた。シュトルツは娘のリーベルトを案じる一方、若きエクェス一派を警戒する。

リーベルトの前に幾度となく立ちはだかる、地球のボーンファイター・翔悟。始まりの魔神に抗う姿に、魔神を常に敬い従って来たネポス人である彼女は、戸惑いを覚えはじめていた。翔悟たちがアイアンボーンに変貌を遂げたという情報を得たリーベルトは、クルードのもとへ真相を聞きに行くが…。

ネポスの戦士・ケルベロスは、ボーン回収のためならば、星の生物を全て殺りくしてしまうほどの残忍なエクェスだ。彼はネポス・アンゲリスに戻り、本格的に始動。その頃、翔悟は、三者面談で使う調査書に苦戦していた。ルークたちボーンファイターは、竜神家と島谷家の家族の警護についていて…。

翔悟たちはパンサー、ウルフ、タイガーを撃退。ところが、彼らの中には、研究所にあるはずのベアーとグリズリーのボーンが混じっていた。研究所からボーンカードを外に出せるのは所長しかいない。ルークは、裏切り者は東尾だと確信し、竜神家での警護にあたるタイロンに連絡を取る。

ダーク・ソードフィッシュの攻撃が、ドラゴンたちボーンファイターに迫る！ 絶体絶命のピンチを、ウルフとタイガーが救う。身を呈してかばうように、攻撃を受け止めたのだ。ウルフとタイガーの心境に何が…？ ダーク・ソードフィッシュは、二人に対して怒りをあらわにする。

翔悟の前に現れたリーベルト。彼女を待っていたかのように、東尾も姿を現した。驚く翔悟の前で、東尾はリーベルトに取引を持ちかける。ネポスに帰れず、地球での暮らしに不都合を感じていた彼女たちのために、研究所の資金で便宜を図る。その代わり、ネポス・アンゲリスについて情報提供をして欲しいというのだ。

リーベルトは父・シュトルツを救うためネポスに戻る事を決意。翔悟達も同行し、ネポスに潜入することを決める。翔悟は、地球と同じネポスの日常を知ると同時に、地球より遥かに先進的な科学技術や美しく整った環境に驚愕する。一方、レボルトはシュトルツ不在の隙に臨時評議会をぶち上げ、自ら議長役におさまる。

翔悟たちは、リーベルトの父親・シュトルツを救出するために彼の屋敷へと向かう。屋敷には人の気配どころか見張りもいない。罠なのかと怪しみながらも、広い屋敷を二手に分かれて探すことに。リーベルトがシュトルツに思いをはせていた時、ボーンの気配が。身構える彼女の前に現れたのは…。

地球へ戻ってきた翔悟達を出迎えたのは、研究所に派遣されていたアンナであった。無事の帰還を報告するルーク。だが、コクーンは破壊されており、新たなコクーンが完成するまでは、安全のためバリアの装備された研究所内で過ごさねばならない。一方、ケルベロス・レボルトは、配下のホークにある力を持たせて出撃させる。

息子・翔悟と知らぬまま言葉を交わしていたと知り、智恵は今までの日々を回顧する。家族と長きに渡り引き離してきたことを詫びるイアン。それでも翔悟は、あえて智恵にコンタクトをとろうとせず、智恵もまた同様に作業を優先させるのだった。そんな母と息子の葛藤を、イアンとルーク父子が察する。

日本に帰ってきた翔悟は、健悟と智子に智恵の無事を知らせたいのだが、さすがにコクーンの研究をしているとは言えず、もどかしさを覚える。一方のリーベルトは、ネポスに残してきた父・シュトルツやクルードたちのことを考えていた。行き場を失ったリーベルトは、竜神家に滞在することになる。

翔悟のクラスメートたちは、竜神家に美人の外国人がいるという噂を聞きつけて、翔悟に紹介して欲しいと頼み込む。一方、リーベルトのパンサーボーンの石化が回復した。これでネポスへと戻り、シュトルツを救うことができる、そう思った矢先に、ドラゴンボーンを狙ってエクェスがやって来た！

ネポスから帰還したリーベルトとクルードたち。翔悟たちは、そのリーベルトから、ネポス評議会のメンバーはボーンを消滅に追いやるほどの力を秘めていると聞かされる。頼みにしていたクルード・ワイバーンのレアメタルボーンは、常に発揮できる力ではないらしい。そこに追っ手として、ウロボロスとオウルが現れる！

ウロボロスとの戦闘中にレアメタルボーンと化した翔悟について、レナードが調査研究を進める。だが、謎は一層深まっていくばかり。一方、クルードとシュトルツは密かにネポスに戻り潜伏する。翔悟は、火の魔神やレアメタルボーンの情報についてルークらと話し合う。スネークと遭遇し、ボーンを着装するが…。

レボルトは、自らの手を下さずにドラゴンボーンを回収しようと試みる。彼に呼び出されたのは、かつてのクルードの部下・バイズだ。ホワイトボーンのイーグルであるバイズに、レボルトは一人でアイアンボーンのドラゴンたちと戦うよう命じる。その頃、翔悟たちは、今のネポスの状況に疑問を抱いてた。

喫茶エデンでは、クリスマスパーティーの真っ最中。ところが翔悟だけは、どこか浮かない表情。パーティーを抜け出し、一人、店の外で夜空を見ている。彼を心配して、タイロンが声をかける。翔悟はグリフォンボーンの着装実験で消えたダークイーグルと、ダークアリゲーターのことを考えていたらしい。

新年を迎え、翔悟の家の神社は初詣の参拝客で賑わっていた。賑わいをよそに、ルークはメルボルン研究所の東尾と深刻そうに電話をしていた。ダークケルベロスが地球に現れ、ライノーを石化させた。対抗するには、レアメタルの謎を解き、完全なドラゴンを覚醒させなければならないとルークは考えていた。

ウロボロスによるライノーボーンの石化、メルボルン研究所の破壊と、翔悟と地球に、立て続けに危機が訪れていた。翔悟はメルボルンの設備をロス研究所に移す手伝いをするため、しばらくメルボルンに行く許可を健悟からもらう。出発の前、出来上がりつつある早穂の家を見て、翔悟は今までの出来事を思い出す。

メルボルン研究所が破壊された。翔悟たちは、戦いで石化したライノーボーンの修復作業を見守っている。損傷は激しく、完全に回復するのかさえ不明だ。一方、ネポス・アンゲリスでは新たな動きが。ペルブランドとバーリッシュは、怪しい行動をとるレボルトを、評議会議長から解任するよう議会に申し出る。

土の魔神が現れ、ライノーがレアメタルボーンへと変化した。ロス研究所では、新型のコクーンの研究が進行中。その頃、ネポス・アンゲリスでは、火の魔神に続き土の魔神までもが地球に味方したことに、レボルトが苛立っていた。状況を打開するために、グレゴリーとヴィクトールが地球に行くことになるが…。

リベレーションコクーンの真の目的は、始まりの魔神を呼ぶための装置だった。もう少しでコクーンは完成し、智恵の研究も終わる。そう聞かされた翔悟たちは、ロス研究所から日本に戻ってくる。翔悟は、研究を終えて帰ってくる母親を迎え入れるためにも、日常を守らなければならないと改めて決意する。そんな彼の前に…。

始まりの魔神の出現は異常気象などの形で、地球に大きな影響を与えていた。そのことが報道される中、翔悟は早穂が火の魔神たちの影を目撃していたことを知る。日常が次第に壊されていくことに焦りを感じる翔悟。彼は姉の智子に手合わせを頼み、自分の進むべき道へのヒントを掴もうとする。

突如、翔悟たちの前に現れたグストスとモース。彼らはネポスで起こった悲劇を翔悟たちに語る。レボルトはネポスの星の核であるダークフェニックスを着装し、クルードとシュトルツを襲撃。クルードとシュトルツは倒されたが、グストスとモースはダークバットの空間の力で地球に移され、危機を逃れたのだった。

評議会の目的とは、「終焉の結び」、つまり始まりの魔神からの自由を得ることだった。そのためにシュトルツを手にかけ、地球を襲撃した事を翔悟は許せず、レアメタルジャガーと共にソキウスらを返り撃つ。葛藤の末、「終焉の結び」の謎を確かめに、リーベルトや智恵たちとネポスへ向かおうと決意するが…。

翔悟たちと智恵は、シュトルツ邸跡地に地下室を発見。智恵は、祭壇の様子と翔悟が触れると現れた紋章を見て、コクーン開発と終焉の結びのヒントを掴む。その時、クラーケンが出現！　翔悟はやむなく、智恵を先に地球へ帰すと、必ず戻ると約束してクラーケンに立ち向かう！

とうとう動き出した始まりの魔神。それを察知したロス研究所は、リベレーション・コクーンの開発を急ぐ。一方、ネポス・アンゲリスでは、翔悟とリーベルトがレボルトから逃げていた。コクーンがない翔悟は、ドラゴンボーンを着装して戦うことができない。二人の前に、グレゴリーとヴィクトールが現れ…。

ケルベロスと戦い続けるドラゴンは、パンサーを倒された怒りから、レアメタルボーンに。それでも、三属性を自在に操るケルベロスに苦戦する。宇宙では、レオが左手を残して石化しながらも、ユニコーン、バジリスクと対峙。たった一人、諦めずに立ち向かおうとするギルバートの鋼の精神に、レオボーンと雷の魔神が応えた！

ドラゴン、フェニックス、グリフォンの3つの星の核を手に入れたケルベロス・レボルトは、ついに「終焉の結び」に取りかかる。その時、シュトルツがフェニックスのボーンパーツをかざし、終焉の結びを阻止した。だが、いまだ地球には、刻一刻と危機が迫っている。ボーンを着装できない翔悟たちには、なすすべがなく…。

宇宙を消滅させようとする始まりの魔神。地球の核、その適合者の翔悟ならば接触できるはずなのだが、始まりの魔神は応じようとしない。コクーンの外、ネポスに放り出されてしまった翔悟に、シュトルツは地球に戻るように言う。翔悟は地球に戻り、リベレーションコクーンを展開させる。そして…！