Mientras los pingüinos cavaban túneles de escape, se topan con un viejo búnker, donde encuentran al agente especial Buck Rockgut quien pide ayuda de los pingüinos para encontrar a la ardilla roja, pero Cabo se da cuenta que él estaba loco, así que hizo un plan con los animales y con Fred para librarse de él.

Kowalski crea una máquina del tiempo que puede destruir el universo, por eso un Kowalski del futuro llega para decirle a Cabo que no permita que la máquina sea terminada. En ese momento aparece otro Kowalski que advierte a Skipper que el verdadero Kowalski no debe destruir la máquina. Se encuentran los tres Kowalskis, y al momento aparece un agujero negro en la pared. Rico se enoja y arroja la máquina del tiempo por el portal, haciéndolo desaparecer.

Roger está cansado de su hogar en el drenaje, así que pide ayuda de los pingüinos para mudarse a otro lugar. El lago, el museo, hasta lo usan como gárgola, pero nada funcionaba. Intentaron esconderlo en un lugar que parecía ser inhabitable, pero era un lugar de actuación. Se llamó a «control de animales», y llevaron a Roger al zoológico, su nuevo hogar.

Es hora de la fundación del zoológico infantil, pues las palomas no estaban de acuerdo con ello, así que una le quería arrojar "mora azul" al comisionado de parques antes de la fundación. Los pingüinos tenían que impedir eso, así que Kowalski le colocó al aéreo-soda de Skipper, un turbo de efervescencia, lo usado para impedir el ataque de la paloma.

Una oveja llamada Randy es fastidiada por un niño en el zoológico. Los pingüinos intentan inmunizarla, protegerla y trasladarla a una granja italiana, pero nada funcionaba, así que se cansó y utilizó las clases defensivas de Rico contra ese niño, aunque ella se quedó en el zoológico.

Huevín necesita ayuda de los pingüinos para ser como ellos, pero le dicen que para ser soldado, tendría que tener una tarjeta que solo se le daba al mejor. Huevín fue hábitat tras hábitat, golpeando animales para ser el rey. Kowalski descifra que Huevín es una mezcla de los cuatro pingüinos, que es mejor que cada uno de ellos. Cuando vence a todos los animales, incluyendo a los pingüinos, se dirige al rey Julien. Cuando los pingüinos dijeron que Huevín sería un excelente pingüino, Julien no se rindió y se puso a bailar, Huevín se cansó mareado y cayó derrotado. El segundo rey del zoológico, se burló de los pingüinos, como siempre lo hace Julien.

La leyenda cuenta que hace 100 años, una ardilla ocultó una llave en la cápsula del tiempo del zoo. Ahora las ratas encuentran la llave, y los pingüinos las siguen, para recuperar a Marlene, la cual secuestraron las ratas. Eso hasta que cada uno mira a través de los ojos de la llave, y ve su orgullo. Se pelearon por la llave y decidieron quedársela. Cuando Julien se miró a través de los ojos de la ardilla, vio que él ya tenía todo lo que quiere y él es el único que puede destruir el tesoro, él es de "puro corazón". El tesoro es destruido por Julien, la ardilla decrépita desaparece, y el misterio se resuelve.

El zoológico quiere exponer fotos de sus animales en toda Nueva York, pero cuando fotografían a los lémures, los pingüinos aparecen detrás de esa foto, todos armados, ¡las personas sabrán todo! Ahora esa evidencia tendrá que borrarse. Lo intentan desde la computadora de Jim (el fotógrafo), pero fallan. Intentan borrarlo en más sitios, pero fallan, hasta intentan detener el reparto de imágenes, pero fallan. Piensan rendirse y abandonarlo todo, pero en el momento de mostrar la foto, se dieron cuenta que la arruinaron con pintura. Se salvaron.

Marlene muestra una clase de planta a los pingüinos, y dice que sienta bien frotársela por el cuerpo. Ahora, como todos se estaban rascando de una manera extraña y habían visto a niños jugando "piojos", los animales creían tener piojos. Marlene iba de hábitat en hábitat, contagiando a los animales, hasta que llegó al de los pingüinos, y vio que Skipper había encerrado a todos los que se rascaban, y los puso en "Cuarentena". Todos contagiados, Julien los encerró a todos en la tienda de regalos, solo los pingüinos y Marlene, quedaron fuera. Cuando Alice recorría el zoo, vio que los pingüinos y Marlene, los llevó a cuidados intensivos, para bañarlos en un líquido que les quitó la comezón. En ese momento, todo se aclaró: la planta que tenía Marlene al principio era hierba venenosa, no había piojos, o sea, "caso cerrado".

Un armadillo llamado "Armadillo Kid" llega al zoológico diciendo que busca al antiguo campeón de mini-golf, Sr. Smoking. Cabo da un paso al frente diciendo que él era Sr. Smoking pero dice que ya nunca volverá a jugar por un pequeño inconveniente de su pasado, pero más tarde él es obligado a jugar cuando "Armadillo Kid" amenaza con volar todo el zoológico. Pero Cabo, al oír esto, se propuso a vencer a Kid, y a salvar el zoológico. En el último hoyo, Kid hace trampa, pero Cabo no se rinde y logra un Berdy, el cual planto la victoria ante Kid.

Cabo se cansa de ser el más débil del equipo y le pide a Skipper que lo convierta en un verdadero soldado, digno de hacer cosas que no podía hacer. Duermen a Cabo y lo despiertan en la ciudad, y para convertirse en soldado, tendrá que descubrir la historia del autobús fantasma y lidiar con los lémures por el camino. Cuando los lémures estaban pescando de una alcantarilla, un autobús pasó y los capturó. Cabo entró al autobús con Julien para hallar la forma de desatar a Maurice y a Mort, y fue con el conductor, y resultó ser una vieja, con voz totalmente escalofriante. Así que Cabo uso su tarjeta de conductor para desatar a los lémures. La tarjeta fue llevada al cuartel, y fue su pasaporte de débil a un verdadero soldado.

Cucarachas llegan al hábitat de los pingüinos pidiendo ayuda para librarse de un exterminador, cuando llegan al lugar donde las cucarachas vivían se quedaron a esperar a dicho exterminador. Después de varias horas, ya cuando estaban a punto de irse, llega el exterminador que resulta ser el Oficial X, al cual despidieron de control de animales por culpa de los pingüinos. Cuando el Oficial X ve a los pingüinos los atrapa, pero Cabo alcanza a escapar, así que Cabo tiene que vencer su miedo a las cucarachas para salvar a sus amigos. Al final Cabo se cubre de cucarachas para hacer un traje de camuflaje y poder llegar hacia los otros pingüinos y salvarlos. Cuando los salva las cucarachas se suben y cubren al Oficial X y éste sale corriendo.

En una excursión un niño llamado Ronald descubre a los pingüinos mientras intentan conseguir un pretzel del carro de golosinas. Ronald dibujó todo lo que vio en su cuaderno y ahora los pingüinos deben conseguir ese cuaderno. Mientras tanto Julien forma un equipo que es una imitación del trabajo de los pingüinos, solo para conseguir su rascador de Madagascar que estaba en una exhibición del museo a donde los pingüinos debían ir para conseguir el libro de Ronald.

Unas hiperactivas tejones llamadas Becky y Stacy llegan al zoológico como parte de una exposición y Marlene intenta hacer que Cabo pierda su fobia hacia los tejones llevándolo a su hábitat.

Rico y Julien forman una amistad y se divierten mucho haciendo explotar cosas a montones, pero los demás pingüinos los quieren separar pero no lo logran, tiempo más tarde Rico se vuelve loco y empieza a destruir todo porque Julien lo dejó sacar todo su lado explosivo.

Kowalski inventa un casco que sirve para convertir los pensamientos en acciones al cual nombra "El casco". Al poco rato Julien los ve y quiere una "Corona" (como él la llama) como esa, así que durante la noche roba el casco y todo se sale de control.

Leonard, el Koala del zoológico, le teme a los pingüinos pero cuando estos por accidente lo sacan volando hacia el otro lado de la ciudad, los pingüinos deberán buscar a Leonard y ayudarlo a volver a casa.

Una boa llamada Savio llega del zoológico de Hoboken, pero cuando éste llega los mamíferos pequeños comienzan a desaparecer: primero Mort, después Marlene y por último Maurice. Los pingüinos llegan a la conclusión de que Savio salía por la noche y se comía a todos pero querían hacer una última prueba así que Skipper, Kowalski y Rico disfrazan a Cabo de mono y Savio se lo comió ya que él comía mamíferos pequeños. Después de que se come a Cabo, los pingüinos junto con Julien van al reptilario y descubren que Savio pasaba su cola por el ducto de ventilación e ingresaba el código de seguridad para poder escapar de la vitrina donde estaba y salir para alimentarse. Savio escapa e intenta comerse a Julien pero Skipper, Kowalski y Rico lo salvan. Después Savio termina comiéndose a Julien, y los pingüinos tienen que escapar de Savio así que recorren todo el zoológico tratando de perderlo de vista. Se les ocurre ir al hábitat de Burt (Elefante) y cuando Savio entra al hábitat de Burt, éste lo golpea y hace que escupa a Julien, Maurice, Mort, Marlene y Cabo, al final Alice lo manda de vuelta a Hoboken.

En el zoológico, hay una fuente de deseos, y Cabo descubre que esa fuente es de magia verdadera. Cada uno pidió una cosa, pero cuando el rey Julien pidió un deseo, les dijo a todos los animales que la magia de la fuente era real. Un círculo de animales de zoológico, alrededor de la fuente, pidiendo deseos, hasta que Skipper les dijo que no exageren con sus deseos, pues Burt había deseado estar en París. Hasta que Alice vio a Cabo, y lo persiguió a la fuente. No lo alcanzó, pero pidió un deseo a la fuente, "descubrir de una vez por todas, qué traman los pingüinos", hasta que algo explota en el cuartel, gracias a Kowalski y su pistola de plasma. Llama a todos los de control de animales, los atrapan y se los llevan. Pero Cabo le pide una moneda a Rico, y pide un último deseo, "que nada de esto hubiera pasado". Retroceden en el tiempo hasta el momento cuando estaban en la oficina de Alice, y el único que recordará todo eso es Cabo.

Julien escucha sobre el día de los inocentes y empieza a hacer bromas a todos los animales del zoológico, para eso los pingüinos ya se habían desesperado así que deciden hacerle una broma a Julien que ni él se esperaba.

Rico tras ver un comercial en la tele de las nuevas muñecas que contiene un chip de voz quiere que hagan que su muñeca hable, pero esto se hace imposible ya que esa muñeca es la más querida y cada vez que están a punto de tomar una gran multitud de gente llega y se lleva todas. Cuando van a la fábrica Cabo encuentra un montón de "Luna-cornios" el cual es el protagonista de un programa animado-educativo Cabo los adora y se lleva uno. En su hábitat cuando todos están a punto de dormir Skipper descubre que Cabo tomó un Luna-Cornio ya que éste brillaba en la oscuridad, pero cuando Cabo abraza el Luna-Cornio y habla y Kowalski decide hacer un trasplante de chip de voz.

Un viejo enemigo de Skipper, Hans el frailecillo, viene a visitarlo para pedirle disculpas por lo ocurrido en el pasado y ofrecer su amistad.

Skipper ordena a Kowalski que ya no invente más cosas así que Kowalski a escondidas inventa un rayo de invisibilidad. Tenía todo planeado excepto por una cosa... Julien. Él cree que Kowalski estaba haciendo de mimo (cuando por error Fred invisibiliza el rayo), pero se equivoca y envía el rayo hacia la ciudad causando desorden, hasta él mismo se invisibilizó. Luego Kowalski pide ayuda de Cabo, pero Skipper empieza a sospechar... del doctor Espiráculo. Mientras Julien se divertía molestando a los otros animales del zoológico. Los pingüinos usan un autobús para detener a la máquina, luego Kowalsky la arregla para que todas las cosas volvieran a ser visibles, aunque Skipper seguía creyendo que fue obra de Espiráculo.

En la base de los pingüinos están exponiendo proyectos, y uno de ellos fue el detector de problemas de Kowalski, cuando Cabo se enfada con Kowalski y arroja un pescado el cual causa un desorden en el zoo, que envía a un bebe a la ciudad de Nueva York. Ahora los pingüinos tendrán que traerlo de vuelta. Tuvieron que cambiar 3 pañales (1 tres veces), perdieron al bebe varias veces, y lo enviaron a una demolición de un edificio, pero Cabo no se rendía para salvar a ese bebe. Así que lo siguieron por todo el edificio, hasta que lo salvaron en un coche volador, y lo enviaron de regreso con su padre.

Los pingüinos hacen una prueba de conducción en el zoológico, cuando es el turno de Rico este se obsesiona y conduce todo el día sin parar hasta que Skipper le ordena que pare, en el estacionamiento Rico se encuentra con Kowalski quien le muestra sus nuevos inventos. En la noche Rico quería volver a manejar así que desobedece a Skipper y saca el auto, pero Rico lo estrella, así que lo debe reparar antes de que los demás despierten. Por error Rico confunde una pieza y mete uno de los inventos de Kowalski el cual hace que el carro cobre vida y quiera eliminar a Rico por lo que le hizo.

Kowalski necesita el chip de un videojuego que Mort encuentra en las cosas perdidas del zoológico para completar su nuevo invento que lee las mentes de los demás así que Kowalski lo roba, Mort cree que su juego se había ido y como lo quería mucho este entristece bastante. Kowalski se siente tan culpable que se lo piensa regresar per este junto con su invento explota así que junto a Julien y los otros pingüinos deben buscar un nuevo videojuego para dárselo a Mort.

Tras romperse una tubería en el hábitat de los pingüinos debido a un accidente, Alice llama a un sujeto llamado "Gus" para repararla así que los pingüinos deben hacer todo para que no descubra su base secreta de operaciones o lo peor, que active un aparato oculto bajo la tierra que puede acabar con media ciudad.

Al intentar escapar de la policía, 2 ladrones lanzan al zoológico un collar de diamantes que habían robado y este cae en el hábitat de Julien. Cuando los ladrones pierden de vista a la policía, descubren que el collar cayó en el zoológico y tratarán de recuperarlo a toda costa.

Tras un incidente Skipper sufre un cambio de personalidad y empieza a actuar como reportero cuando los pingüinos intentan encontrar los planos para prepararse para "el Grande".

Después de espiar a los animales en una operación de pingüinos, Cabo ingiere accidentalmente suero de la verdad y empieza a revelar los secretos de todos.

El zoológico cierra por víspera de Navidad, así que los animales planean su propia celebración de Navidad, la Niñodad, pero no todo sale como lo esperado. Nota: En el comercial de Nickelodeon U.S.A. este episodio se dio a conocer como: "Operation: Decoration" siendo que el título original es "The All Nighter Before Christmas."

Los animales del zoológico están planeando una fiesta para el Rey Julien pero tanto Julien como los pingüinos no saben nada de la fiesta, y Julien cree que Maurice está enfadado y planea librarse de él.

Los pingüinos deben ir al museo a recuperar unos planos de Kowalski que podrían destruir el mundo ya que una crítica de arte lo confundió con un cuadro que Burt había pintado.

Cabo empieza a lastimarse a sí mismo y a sabotear misiones a propósito para ser llevado a cuidado animal y ver a su amada enfermera llamada Shauna, pero pronto los otros pingüinos se empiezan a preguntar si es normal tanta mala suerte de Cabo, y descubren lo que sucede. Al final, Cabo tiene que dejar a Shauna y volver con los pingüinos.

Cuando Alice toma unas vacaciones, el Oficial X empieza a trabajar como cuidador del zoológico, y los pingüinos tienen que deshacerse de él ya que no les deja en paz.

Al probar un experimento que lo haría más inteligente, Kowalski termina siendo más estúpido que el lodo. Ahora Skipper, Cabo y Rico deben encontrar una cura para Kowalski antes de que los lastime o de que Kowalski se lastime a el mismo.

Un nuevo lémur llamado Clemson llega al zoológico. Julien disfruta darle ordenes, Maurice disfruta su tiempo libre y Mort sospecha de que Clemson está en algo malo

Cabo encuentra unos viejos cómics y pronto, él, Kowalski y Rico empezaran a actuar como superhéroes.

Cabo empieza a recitar a Sheakspeare.

Mort va en cubierto como una rata de drenaje para averiguar que planean las ratas, pero éstas al ver una "marca de nacimiento" creen que es su nuevo Rey.

Gracias a un accidente, causado por los pingüinos, Leonard es obligado a quedarse en el hábitat de Joey.

Debido a que Skipper y Julien pelean mucho, Mason propone que cambien roles por 1 día.

Los pingüinos descubren que a Maurice solo le quedan 24 horas de vida, así que hacen un acuerdo con los demás animales para hacer de su último día el mejor de todos.

Skipper, Kowalski y Rico descubren que la ternura de Cabo sirve como un arma y empiezan a usarla para su beneficio, pero pronto Cabo se hartará de eso.

Cuando los pingüinos se hartan de la ruidosas e interminables fiestas de Julien, ellos hacen que los lémures sean transferidos al zoológico infantil y que Roger sea transferido en el viejo hábitat de los lémures. ¿Soportaran más a Roger que a los lémures?

Savio escapa del Zoológico de Hoboken para vengarse de los pingüinos, los lemures, Marlene y "Burt".

Cuando Skipper es accidentalmente convertido en bebé gracias a uno de los inventos de Kowalski, Julien tiene que cuidarlo mientras los otros van en búsqueda del rayo que convirtió a Skipper en bebé debido a que este cayó en el drenaje.

Los Pingüinos escuchan sobre una vieja embarcación hundida que contenía toneladas de pescado. Cuando la encuentran, todo marcha bien, hasta que Skipper, Kowalski y Cabo comen el pescado, ahora Rico debe cuidar que sus compañeros no coman pescado por 24 horas.

El excéntrico tío de Cabo visita a los pingüinos pero no da una buena impresión ante ellos, aunque después de que se van este le cuenta a Cabo que es un espía y está en busca de la Ardilla Roja.

Cuando los pingüinos salen de vacaciones, quedan varados en Nueva Jersey y son llevados al temido y por primera vez visto Zoológico de Hoboken, donde encuentran a algunos de sus archienemigos reunidos.

Skipper llega a Shangai en una misión a la que él va solo pero eso lo lleva a la trampa del Dr. Espiráculo, sin sus hombres, quienes están en el zoológico, el no tiene ayuda y su memoria es borrada con el "Jacker de Mente" de Espiráculo. El detestable plan de Espiráculo usa la memoria de Skipper para localizar a Kowalski, Rico y Cabo, dispararles con su "Diabolizador" y convertirlos en malvados monstruos para que destruyan su propia base secreta.

Los gemelos Ibargüengoitia adoptan a Julien y a Skipper y los llevan a su lujoso hogar, pero pronto, los gemelos harán que Julien y Skipper peleen entre si por adornos.

Kowalski inventa unos nanorobots a quienes programa para proteger a los pingüinos y para arreglar problemas, pero...¿Qué pasa cuando los robots se toman la orden de "proteger" muy en serio?

Mort quiere unos "quesitos" y Cabo mete una moneda, pero a Mort se le queda la cola enganchada dentro de la máquina y quedan atrapados en la máquina expendedora. Cabo busca una forma de sacarlos a él y a Mort, mientras que Julien, Maurice y los otros pingüinos los buscan sin saber que Mort y Cabo se encuentran en la máquina.

Kowalski inventa un reloj que detiene el tiempo pero este cae en las manos más peligrosas en las que pudo haber caído... las de Julien el cual lo rompe dejándolos a él y a Kowalski en un mundo congelado en cuanto a tiempo.

Cazando a la ardilla roja, el agente especial Buck Rockgut contacta a los pingüinos pera advertirles que el cerebro de uno de ellos fue lavado por la malévola ardilla y la batalla por ver quien es el espía comienza.

Los animales del zoológico acusan a Julien de haber causado que una ancianita llamada Gladys, quien siempre lleva comida a los animales ignorando las órdenes de Alice, de que se resbalará y se accidentara, pero sólo una animal del zoológico cree que Julien es inocente y es...¿Skipper?

El sueño de Kowalski de que su invento esté en la expo de invenciones "INVEXPO" tiene que esperar debido a que tiene que guardar reposo gracias a sus piernas rotas. Skipper y los demás irán en su lugar con la promesa de que le llevaran un informe completo. Mientras tanto, Kowalski se empieza a volver loco encerrado en el cuidado animal y empieza a alucinar que un peligroso calamar espacial está invadiendo el zoológico. ¿Podrá ser eso más que una fiebre con alucinaciones del ave enjaulada?

Un caracol llamado Dale acusa a Cabo de haberlo aplastado y cada vez esas aplastadas se vuelven más frecuentes, incluso cuando Cabo se quería disculpar, Dale terminaba siendo aplastado pero lo que Dale y Cabo no saben es que el pingüino que comenzó todo eso no fue Cabo, sino otro.

Cuando los pingüinos descubren una bomba apestosa en forma de inodoro que era una trampa para Espiráculo hace varios años, Julien decreta que será su nuevo trono, pero cuando Julien se sienta en este, el inodoro lo encadena y no se puede liberar. Ahora los pingüinos deben llevar la bomba a las afueras de Nueva York antes de que explote y también liberar a Julien

Cabo salva a una foca leopardo y la lleva al cuartel, como Skipper, Kowalski y Rico no la quieren porque piensan que se los comera, la intentan regresar a su casa con el Sistema de evacuación, justo un segundo antes del lanzamiento Cabo salta, se va con ella y van hasta el hogar de la foca, a la Antartida. Invitada especial: Ciara Bravo

Los pingüinos se enteran de que las noches son más calladas de lo común y eso se debe a que Julien y los otros lémures salían a mitad de la noche para juguetear, los pingüinos felices porque ya no harán más ruido de noche les muestran a lo lémures un túnel secreto para ir y regresar sin ningún problema..pero cuando Julien invita a todos los amimales de zoológico, al intentar regresar Burt se queda atorado en la entrada del túnel, ahora los pingüinos tendrán que llevar a todo el zoológico a tiempo antes que abran el zoológico.

Los pingüinos accidentalmente traen de vuelta a la vida a un pájaro Dodo llamado "Dude", Dude al no tener enemigos a su alrededor toma un comportamiento rebelde y cada vez que este se hace daño inmediatamente se extingue, los pingüinos clonan más y pasa lo mismo pero cuando deciden ya no clonar más, el invento de Kowalski para traer a la vida a animales en extinción se descompone y empieza a hacer más y más dodos.... ¿los pingüinos podrán detener a todos de extinguirse?

Kowalski hace un invento que hace que las personas se enamoren de lo primero que ven pero cuando este le dispara a Cabo él se vuelve malo y empieza a atacar a Kowalski por ser lo primero que vio después de que el rayo le disparó pero cuando Kowalski trata de resolver su error termina haciendo que todo Manhattan lo odie

Skipper se entera de que Kowalski no se deshizo de Cuajito cuando se lo ordenó y cuando Skipper se trata de deshacer de este a base de golpes, Cuajito se multiplica con cada golpe lo cual causa que el zoológico se llene de Cuajitos

Lemmy regresa de Marte tan solo para traer con él un calamar del espacio que planea conquistar la tierra, ahora los pingüinos y los lémures tienen que luchar contra él antes de que se adueñe de la Tierra.

Marlene organiza una noche de juegos en el zoológico pero Skipper no está muy seguro de que funcione, mientras tanto se han acabado los bocadillos y Kowalski, Maurice y Mort van a buscar más en una tienda, pero cuando activan una alarma silenciosa, la policía llega y los tiene atrapados en la tienda, ahora el zoológico tendrá que unirse para salvarlos.