Die Pinguine sind die ständigen Störungen durch König Julien leid. Kurzerhand unternehmen sie eine Reise zu einem Ort, an dem wirklich absolute Ruhe herrscht - nämlich zum Mond! Ganz und gar ungestört sind die Agenten-Pinguine aber selbst hier nicht. Denn auf dem staubigen Erdtrabanten lebt auch eine "Mondkatze", die ihre ganz eigenen Pläne mit den Pinguinen hat...

Unheimliche Geräusche hallen nachts durch den Zoo. Marlene wird durch das gruselige Heulen in Angst und Schrecken versetzt. Um ihre Furcht zu besiegen, wagt sie sich mit Skipper in die Kanalisation und sucht nach dem Ursprung der nächtlichen Lärmbelästigung. In den dunklen Tiefen wartet eine Überraschung auf die beiden Abenteurer...

Der Souveniershop hat neue Plüschtiere von Mort, die wie er selbst aussehen. Dies nervt Julien. Er hat alle Plüschtiere im Stinktiergehege geworfen, damit sie in die Fabrik zurück gebracht werden, wo sie vernichtet werden. Unglücklicher Weise ist der echte Mort in eine der Kisten gesprungen, wo die Morts für die Fabrik drin waren. Nun müssen die Pinguine und Julien ihn wieder retten...

Julien veranstaltet einen "King Julien-Tag", andem alle, die auf seiner Party sind, das machen, was König Julien will. Alle waren dagegen. Doch Maurice hatte gesagt, dass alle, die auf der Party sind Süßigkeiten zum Schluss bekommen. So hat er Mason, Phil, Rico, Kowalski, Private und Marlene überredet. Skipper blieb nun alleine im Pinguin-Gehege. Doch Julien macht auf der Party fast nur Blödsinn, der auch Skipper nervt, wobei er nicht auf der Party ist...

Marlene hatte ein Ei gefunden und sie hat, weil Pinguine Vögel sind, die Pinguine gebeten das Ei auszubrüten. Skipper war am Anfang dagegen. Er hatte dann entschieden, dass jeder das Ei für eine bestimmte Zeit haben kann. Doch während Skipper, Kowalski und Rico das haben, bringen sie es in lauter Gefahren. Allerdings möchte auch Julien das Ei haben und es Julien Junior (kurz JJ) nennen...

Da Julien und Skipper sich wegen 4 Batterien gestritten hatten, sind sie auf einen Baum im Kängurugehege gelandet. Joey, ein Känguru, bewacht den Baum von unten. Nun müssen Skipper und Julien einen Plan entwickeln, wie sie wieder runterkommen...

Julien will auch beim Training der Pinguine mitmachnen. Da er immer gewinnt, müssen die Pinguine ihm alle ihre Sachen geben...

Mort kann einfach nicht aufhören, Juliens Füße anzufassen. Nachdem Julien das Berühren der Füße verboten hatte, muss Mort damit aufhören. Die Pinguine wollen ihn dabei helfen. Ob sie das schaffen...

Um neue Besucher anzulocken, installiert der Zoo überall auf dem Gelände Webcams, über die man die Tiere bei ihren täglichen Verrichtungen beobachten kann. Private ahnt von alldem nichts - und wird dank seiner Eskapaden zum Star der Internet-Gemeinde...

Durch Skippers Schuld verliert König Julien seine heiß geliebte Krone, die in der Kanalisation landet. Ohne dieses herrschaftliche Utensil kann der Chef-Lemur selbstverständlich nicht auskommen. So müssen die Pinguine sich auf einen gefährlichen Trip in den übelriechenden Untergrund von New York wagen und die Krone wiederbeschaffen...

Während Marlene und Mort im Reptilienhaus waren, ist Mort verschwunden. Die Pinguine, Marlene, Julien und Maurice wagen sich in das Gehege, indem Mort verschwunden ist, um ihn zu suchen...

Weil Julien zu viele seiner Lieblingsnüsse gegessen hatte, ist er verrückt geworden und er wurde ins Krankenhaus gebracht. Dummerweise probiert Maurice auch von den Nüssen und er wird auch verrückt. Nun müssen die Pinguine Julien wieder finden und Maurice wieder normalisieren...

Alice hat einen Roboter-Tierpfleger gebaut. Die Pinguine wollten ihn mit einer Zeitbombe zerstören, die Rico auswürgen sollte. Skipper hatte sie auf 30 Minuten gestellt. Doch Alice hörte, wie Rico die Bombe ausgewürgt hatte und sie hatte Rico Medizin gegeben. Damit Alice nichts bemerkt, hatte Rico die Bombe vorher runter geschluckt. Doch jetzt bekommt er sie nicht mehr aus dem Bauch raus. Werden die Pinguine es schaffen, die Bombe aus seinen Bauch zu entfernen bevor sie explodiert?

Die Pinguine fahren ein Rennen gegen Julien und Maurice. Werden die Pinguine oder Julien gewinnen?

Durch eine Verkettung unglücklicher Umstände verlieren die Pinguine den Zugang zu ihrer Lieblingsspeise: Popcorn! Natürlich scheuen Skipper und seine Truppe weder Kosten noch Mühen, um sich den schmackhaften Snack wieder zu beschaffen...

Da den Pinguinen das Essen im Zoo nicht gefällt, suchen sie einen Transporter, der Kisten mit Fisch enthält. Die Pinguine wollen die Kisten stehlen, damit sie echten Fisch haben. Doch Julien möchte das nicht, da ihm der Geruch von Fisch nicht gefällt...

Die Ratten wollen die Eisfläche im Pinguingehege haben. Sie spielen gegen die Pinguine Hockey. Der Verlierer muss die Eisfläche verlassen. Doch die Ratten sind besser als die Pinguine und gewinnen...

Der Tierarzt kommt in den Zoo. Doch Skipper hat Angst vor Spritzen. Nachdem Kowalski, Rico und Private gespritzt worden sind, sollte Skipper dran sein. Doch er ist weggerannt. Die anderen 3 Pinguine bemerken, dass Skipper noch nicht seine Spritzte bekommen hat. Nun will Skipper aus dem Zoo entkommen, bevor der Doktor ihm auch eine Spritze verpasst. Schaffen es Kowalski, Private und Rico Skipper aufzuhalten?

Durch einer Sonnenfinsternis denkt Julien, dass er die 'Luftgeister' verägert hat und er möchte nun zu allen Zootieren nett sein. Doch die Zootiere möchten das nicht, da Julien nervt und die nächste Sonnenfinsternis kommt erst in 27 Jahren...

Kowalski wollte einen riesigen Fisch. Doch da Mort zwischen den Experiment gekommen ist wurde er vergrößert. Julien kam gleich auf die Idee mithilfe von Mort andere Zootiere zu berauben. Doch durch Juliens Selbstsucht wurde er wütend. Nun können nur noch die Pinguine Mort stoppen, aber Mort zeigt auch keinen Respekt mehr vor den Pinguinen...

Marlene bekommt einen neue Einwohnerin in ihren Gehege. Die Pinguine denken sofort, dass es weitere Otter sind. Doch Marlene bekommt ein Walross, das Rhonda heißt und Marlene immer wieder nervt. Nachdem Rhonda Marlenes Eigentum ruiniert und Marlene als Taschentuch verwendet hat möchte Marlene sie los werden...

Die Zootiere bestellten chinesisches Essen. Phil übersetzte die Glückskekse von Skipper, Kowalski und Private und alle 3 waren zufrieden mit dem Ergebnis. Doch bei Ricos 'Glückskeks' stand: "Du wirst bald ein fürchterliches Ende treffen." Da diese Aussage langsam wahr wird, traut sich Rico nicht mehr aus dem Pinguingehege raus...

Julien bekam einen Roboter, der alles macht, was Julien macht. Zuerst war Julien genervt. Doch als er erfahren hat, das der Roboter von ihm lernt, war er zufrieden. Doch der die Pinguine und Mort mögen das überhaupt nicht...

Roger wird von den Kanalratten und dessen König gestört. Die Pinguine wollten ihn dazu bringen, dass er sich um die Ratten kümmern soll. Doch da Roger viel zu freundlich und zu schwach ist, kann er nicht die Ratten verjagen. Nun wollen die Pinguine mit einer Maschiene die Gehirne von Roger und Rico, der die Ratten entsorgen kann, tauschen. Der Plan funktioniert auch am Anfang. Er verjagt die Kanalratten und dessen Anführer. Doch dann gerät Rico außer Kontrolle und noch nicht einmal die Pinguine können ihn stoppen...

Private wird zum Beobachten eingeteilt. Da er aber extrem süßigkeitensüchtig ist, kriegt er einen Zuckerflash und traut prompt seinen Augen nicht: Durch sein Fernglas erspäht er einen fliegenden Orka-Wal. Das berichtet er natürlich sofort den restlichen Pinguinen. Die aber glauben an eine totale Überzuckerung seines Gehirns. Irgendwann müssen allerdings auch sie feststellen, dass der kleine Privat die Wahrheit gesprochen hat...

Während die Pinguine, Julien und Marlene außerhalb des Zoos waren, ist Marlene verrückt und wild geworden. Außerdem verliebt sich Marlene in Julien...

Während die Pinguine versuchen, die neuen Sicherheitssysteme des Zoos zu knacken, kommt ihnen Max, der Mondkater, unfreiwillig in die Quere. Er ist auf der Flucht vor Officer X, einem hundsgemeinen Beamten vom Ordnungsamt, der es sich zur Aufgabe gemacht hat, Max einzufangen. Max bittet die Pinguine um Hilfe. Diese verstecken ihn an allen möglichen Orten des Zoos, aber der Officer spürt ihn überall auf. Nun muss eine zündende Idee her, um den Mondkater zu retten.

Die Affendame Lulu wird vorübergehend aus ihrem Heimatzoo in den der Pinguine verlegt - mit direkten Auswirkungen auf die Bewohner: Phil verliebt sofort unsterblich in den Neuzugang. Allerdings weiß er nicht, was er tun kann, damit seine Liebe auch erwidert wird. Zu seinem Glück schmieden die Pinguine einen Plan...

Alle Tiere des Zoos leiden unter einem besonders harten Winter - außer die Pinguine, denn die sind hervorragend ausgerüstet und genießen ein Sonnenbad unter ihrer Höhensonne. Als jedoch ein Wissenschaftler erscheint, der die Pinguine studieren möchte, müssen sie ihr Equipment verschwinden lassen und fortan auch frieren.

Ein kleines Mädchen verliert im Zoo ihre Puppe. Die Pinguine wollen ihr helfen, doch leider verschwindet die Puppe in der Kanalisation der Stadt. Rico, der ein ähnliches Modell der Puppe besitzt, trennt sich schweren Herzens von ihr, um sie dem kleinen Mädchen zu geben. Nun müssen die Pinguine das Mädchen nur noch aufsuchen. Allerdings haben sie die Rechnung ohne Officer X gemacht, der natürlich alles daran setzt, die Pinguine einzufangen.

Im Zoo verschwinden auf mysteriöse Weise viele Dinge. Die Bewohner halten eine Konferenz ab, die klären soll, wie man den Täter dingfest machen könnte. Die Pinguine erklären sich dazu bereit, den Fall zu übernehmen. Im Rahmen ihrer Recherchen kommen sie ziemlich schnell einem Waschbären auf die Schliche, der allerdings behauptet, seine Taten als eine Art Robin Hood des Zoos nur aus ehrenhaften Absichten begangen zu haben.

Die Paviane im Nachbargehege begeistern die Zoobesucher weitaus mehr mit ihren Tanzfähigkeiten als die Lemuren. King Julien beschließt, dem ein Ende zu bereiten und schmeißt ein Stinktier ins Paviangehege. Die Rache lässt allerdings nicht lange auf sich warten: Die Paviane setzen Magie ein und berauben den König seines Grooves, sodass Julien fortan nicht mehr tanzen kann. In völliger Verzweiflung bittet er die Pinguine um Hilfe.

Ganz New York ist von einem Stromausfall betroffen. Julien nutzt die Situation, um das Gesetz des Dschungels im Zoo einzuführen, was in Chaos und Verwüstung gipfelt

Während die Pinguine angeln, hat sich Skipper die linke Flosse gebrochen. Nachdem er von Alice zum Doktor gebracht wurde, hatte dieser die Flosse mit Verband eingewickelt. Doch durch die Behandlung konnte Skipper kaum noch sprechen und gehen.

Mort muss auf eine Operation gehen, für die Küsse und Umarmungen nicht erforderlich sind.

Als Maurice und Mort versehentlich King Juliens Thron zerstören, teilt Julien das Lemurengehege in zwei ungleiche Hälften aufund verbannt die beiden in den kleineren Teil. Doch er findet schnell heraus, dass es alleine langweilig wird und sucht sich die Pinguine als "neue beste Freunde" aus...

A tiny frog with a nasty attitude moves to the zoo and starts terrorizing the other animals.

Mason muss immer Phil hinterher putzen, wodurch Mason zum totalen Putzaffen wird und zu den Pinguinen zieht..

Bei einem Ausflug einer Kindergruppe erfahren Skipper und die Anderen von Alice das sie 1 Weibchen unter sich haben. Das wollen sie natürlich sofort überprüfen.

Burt the elephant asks the penguins to help him break out of the zoo.

Kowalski erfindet einen Liebesdetektor mit dem er Marlenes nächstes Verabredung herausfinden will. Er will damit beweisen das man auch mit Wissenschaft die Liebe feststellen kann. Marlenes Verabredung befindet sich außerhalb des Zoos. Es ist Fred das Eichhörnchen, das im Park außerhalb lebt. Als King Julien von der Sache erfährt, wird er eifersüchtig, entführt Fred und fordert ihm zum Kampf auf...

Skipper wartet morgens auf neue Zoo-Besucher, aber keiner kommt. Er erfährt von den anderen Pinguinen, dass jetzt alle zu Hause bleiben und den "Dumb Animal Channel" schauen.

When a giant fish terrorizes the duck pond, Skipper leads a mission to eliminate the menace.

Kowalski accidentally creates a living blob of jelly... with a big appetite.

Skipper verliebt sich in den Falken Miss Kit-Kah, als dieser sich den Flügel bricht. Aber eigentlich fressen Falken kleine Tiere wie Lemuren. Und als King Julien von einem Falken entführt wird, verdächtigen alle außer Skipper Miss Kit-Kah...

Private ist verärgert, als Mort für das Cover der Zoobroschüre ausgesucht wurde.

Entschlossen die Welt zu erobern, entführt der Erzfeind der Pinguine Dr. Seltsam König Julien mit dem Ziel, die flugunfähige Kraft in eine Falle zu locken, damit er sie ein für allemal vernichten kann. Es ist an den Pinguinen, der Falle zu entkommen, bevor der Plan Seltsams, die Erde zu fluten, zum Tragen kommt.