Kurz vor der Bescherung an Heiligabend bemerkt Private, einer der vier Pinguine aus dem Zoo, dass der Eisbär Ted einsam und allein ist. Während seine drei Artgenossen die Zeit für zu knapp halten um noch etwas daran zu ändern, macht Private sich auf eigene Faust auf den Weg in die Stadt, um noch ein Geschenk für Ted zu besorgen. Als Skipper, Kowalski und Rico bemerken, dass Private verschwunden ist, machen sie sich auf eine abenteuerliche Suche nach ihm.

Während die New Yorker Zootiere am Weihnachten noch auf Madagaskar waren, stürzte der Weihnachtsmann mit seinen Schlitten über Madagaskar ab. Der Weihnachtsmann kann sich an nichts mehr erinnern. Alex, Marty, Melman und Gloria wollen deshalb alle Geschenke an die Menschen abliefern, die eigentlich der Weihnachtsmann bringen sollte. Doch die Rentiere weigern sich, da sie nur Aufträge vom Weihnachtsmann annehmen. So übernehmen die Pinguine diesen Auftrag, mithilfe des magischen Staubes vom Weihnachtsmann, der die Rentiere flugfähig gemacht hat. Alex, Marty, Melman, Gloria und die Pinguine liefern die Geschenke nach und nach aus. Währenddessen feiert Julian den Julianuar, ein Tag, an dem alle Lemuren ihm was schenken. Doch der Weihnachtsmann hatte kein Geschenk...

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