愛機「デュランダル」を失ったスバルに突如、禁断症状が現れる。重度のコックピット依存症のスバルが、震える体で導かれるように向かった場所とは…。「スバル！ このチョコバーを握ってろ！」

地球でイチノセ兄弟と運命の再会を果たした二人の父「ソウイチロウ・イチノセ」博士は、デュランダルを生み出した一流のロボット開発者だった。しかし、ちょっとヘンな兄弟の父親は、だいぶヘンな人物で…。「あれこそが、私の最高傑作54万ダルだ！」

父に銃を突きつけ、ネオデュランダルを奪おうとするイスズ。しかし、自分だけが「ユニヴァってない（ユニヴァース感覚に目覚めていない）」事実に改めて直面して、劣等感にさいなまれたイスズは、スバルたちの元から去っていく。ここからスバルとイスズの兄弟は再び別の道を歩むことになる。

イスズの部下であり、人工ユニヴァース感覚者・キャラウェイの操る機体の登場により、連邦艦隊は窮地へと追いやられる。戦果を報告するためイスズの元を訪れたキャラウェイだったが、敬愛する恩人のある行動によって、突如精神が不安定になり倒れてしまう…。「ダメェ？」

連邦艦隊の張った防衛線は次々と破られ、戦闘宙域はさらに拡大していく。ティラミスは民間輸送艇からSOSを受け、搭乗していた民間人を一時収容することになった。思いがけず民間人との交流を持つことになったスバルだったが…。「バルカン撃たしたってぇ？」

銃弾に倒れて意識不明のスバルを病室で付き添うイスズ。兄が弟に語りかけようとした時、それを遮るかのように賑やかな見舞客が訪れる。「逆にこっちが元気もらっちゃったっていうか」

病室で目覚めたスバルの脳内に、彼のコピー生命体・ビヨンドの声が響き渡る。ネオユニヴァース感覚を持つ者同士による高レベルの戦いが、今始まろうとしている。「だ・か・らオニポテセットのLサイズだってば…」

中尉へと昇格したスバルだったが、ビヨンドとの戦いの影響でパイロットを続けることに疑問を抱き始めていた。そんな折、彼は自身に意外な才能があることに気づく。将来に新たな可能性を感じた彼は、ある惑星へと向かうのであった。「俺にしか出来ないことは1つだけですか!?」

ワープゾーン内の時空の歪みは、時に鋭い感覚の持ち主に幻影を見せると言われている。後輩「ロメオ」を迎えたスバルが見た幻影とは、シミュ様とは果たして一体…。「やべぇ、この人やべぇ人だ」

革命によりメトゥスの民を根本から変えようと企むイスズは、仲間たちとの親睦を深めるために食事の場を設ける。凶暴なため鎖に繋がれていたはずのビヨンドも参加し、初めは猜疑心に苛まれていたビヨンドだったが、そのお店についワクワクしてしまい…。「コイツらボクを回転寿司でコントロールしようとしているな…」

キャデラックの演説を皮切りに地球連邦とメトゥスの民の戦いは激化の一途を辿る。地球連邦はメトゥスの民に対抗すべく、ネオデュランダルの強化プランに着手し、ロメオのD・ライザーをサポートメカとしたデュランダルの新たな姿を模索していた。「僕はこのD・ライザーでスバル中尉の翼になるんだ！」

ヘカトンケイルの破壊的な力にスバルたちは必死の抵抗を続けていた。地球の存亡、生死をかけた戦いが行われている最中…スバルは、ヘカトンケイルにあってはいけないハズのあるものを見つけてしまって…。果たしてイチノセ兄弟は初めての共同作業で地球を守ることができるのだろうか。「これで終わりだぁー！」