שרידי האנושות האחרונים נלחמים על חייהם נגד המבמ"ב, ישות שמתפתחת תמידית ומטשטשת את הגבולות בין יצורים חיים לבינה מלאכותית.

מחקרו של לאון מתגלה כמועיל כשכוחותיו החדשים מכריעים את המבמ"ב המפלצתיים, וקיין מציע ברית שתגן על העיר.

ג'יי נאלץ להורות ללאון להמשיך במחקר על מערכת ההייפר-דרייב הלא יציבה בתקווה להשיג יתרון טקטי על פני המבמ"ב.

בעקבות התאונה בכור, לאון אכול רגשות אשם ומציע שהוא יעבור להילחם בחזית. אלא שאז, סוג חדש של מבמ"ב מאיים להחריב את העיר.

כשכוח בלתי מוכר משמיד מטוס תובלה, לאון חושד שמבמ"ב מעופף דמוי-ציפור גרם לכך.

קוויני יו סופגת פציעות קשות בקרב נגד ואנג ונאלצת להמריא לשמיים כדי להילחם נגד המבמ"ב המעופף שבו הוא שולט.

לאון מתגנדר לפני יציאתו לעיר וקלואי מחליטה לעקוב אחריו. היא חושבת שהוא התאהב, אבל מסתבר שהוא עוקב אחרי תופעה מוזרה.

כשמספר אנשים בעיר מתים מפגיעת קליעים, לאון וצוות פנדורה חייבים למצוא את הרוצח לפני שיפגע באנשים נוספים.

לאחר שאחד מחברי הצוות נפצע, חברי צוות פנדורה מגבירים את המאמצים למציאת את האשם. קיין מספר על צלף אכזר שחס על חייו.

מר גולד אינו מוכן להיכנע ונשבע להביס את ססיל ולהשתלט על העיר. גרן נואש לעזור, ומתחנן בפני לאון שיתקין מערכת היפר-דרייב נוספת בכאא"ר שלו.

נראה שמנוע הדחף האפל מאיץ את האבולוציה של המבמ"ב. לאחר בדיקתו נזכר לאון במנהל המחקר שלו, שנהרג בתקרית הכור.

מחלה קטלנית מתפשטת מחוץ לעיר, והצוות חייב להחליט אם להגן על העיר או לקלוט את גל הפליטים השוטף אותה.

הכור נפגע מתקיפות מבמ"ב וסובל מאי-יציבות מסוכנת. לאון חושב שהסיבה לכך היא דליפה שמקורה בליבה שלו.

התפקוד המבצעי כושל והצוות חייב לעצור מבמ"ב דמוי נדל שמשמיד את מתקני התשתית החשובים ביותר מחוץ לחומות העיר.

תופעות הלוואי של ההייפר-דרייב גובות את המחיר, ולאון מביא את חברי הצוות לבקתה הישנה שלו כדי שיוכלו לתקן את הכאא"רים שניזוקו.

הקרב על העיר מגיע לסיום דרמטי. זיק המסתורי, יועצו ובעל בריתו של מר גולד, מופיע בפני לאון המותש.

ססיל נעדרת בזמן שהיא מחלימה מהפציעות. ג'יי מציב את קוויני ככפילה שלה ומאמן אותה להיראות ולהתנהג בדיוק כמו ראש העיר.

בעקבות התקפות של מבמ"בים נוצר מחסור חמור באוכל. צוות פנדורה צריך ללוות שיירת אספקה בבטחה אל העיר.

בזמן שלאון מתאושש מהפציעות שנגרמו לו על-ידי זיק, חברים מצוות פנדורה שמשתמשים בהייפר-דרייב חווים תופעה מוזרה.

פיצוץ אנרגיה מסתורי משמיד עיר קרובה. כעת הצוות חייב למצוא דרך למנוע את השמדת העיר שלהם באופן דומה.

מבמ"ב מסתורי פונה אל דאג, ששואל את לאון אם האישיות שלהם תישאר ללא שינוי גם אחרי שיהפכו לכאא"רים.

לאון וקוויני יוצאים לחפש את פיונה, שהכוחות שלה הם קריטיים לריסון הכור.

נחיל של מבמ"בים דמויי דבורים מתקרב אל חומות העיר, אבל לאון מאמין שאין להם כוונות עוינות והוא מבקש מהיחידה של גרן לעצור את המתקפה.

המוח של לאון לכוד בזמן שהוא עובר בין ממדים שונים. פיונה שוקלת להיכנס לתודעה שלו כדי להחזיר ולהציל אותו.

התוכנית השטנית של זיק מתחילה לקרום עור וגידים. ססיל וצוות פנדורה מתכוננים למשימה האחרונה שלהם להצלת העולם.

לאון וצוות פנדורה מתכוננים לקראת הקרב האחרון בזמן שההתגלמות הסופית של זיק עושה את דרכה אל תוך העיר.