ネオ翔龍近郊のバラックで暮らすレオン・ラウは、妹のクロエとともに日々をたくましく過ごしていた。量子リアクター研究者であるレオンは、「翔龍クライシス」によって突如世界に生み出された特異進化生物B.R.A.Iに対抗するべく、独自の研究を続けていた。だが予期せぬ大型B.R.A.Iの襲来が、レオン達の運命を一変させる。

マシンの新たなる力を引き出し、大型B.R.A.Iを圧倒するレオン。ネオ翔龍すら破壊しかねない強大な力は、レオンの研究の成果によるものだという。ハイパードライブ――それは異常な進化を続けるB.R.A.Iに対抗するための最期の切り札。その力を目の当たりにしたケインは、レオンたちにある提案を持ちかける。

ハイパードライブ――それはレオンが生み出したB.R.A.Iに対抗する人類の切り札。大型B.R.A.Iをたった1機で倒した力を目の当たりにした姫は、さっそくシステムの量産化を指示する。だがジェイは、レオンが開発したシステムに懸念を抱いていた。ジェイは厳しい条件を課して、ハイパードライブの導入テストを容認するが……。

数日前に出現した大型B.R.A.Iは、ネオ翔龍に向けて侵攻を開始した。絶対防衛ラインを次々と突破していく強大な力に、総力戦で挑むが為す術もないネオ翔龍軍。いよいよネオ翔龍間近に迫った大型B.R.A.Iに対し、ジェイは超大型量子砲「無極砲」の使用を決断。しかし、レオンはその決定に異を唱え、自らの危険を顧みずMOEVでの出撃を志願する。

ネオ翔龍の大型輸送機が何者かに破壊された。レオンは機体の残骸から、航空機を越える鳥型B.R.A.Iの仕業だと推測。ジェイはその考えを現実的ではないと否定するが、常識を超えるスピードで進化するのがB.R.A.Iだとレオンは説く。その頃、ワン、Mr.ゴールド、ジーク、フォーの4人は、ネオ翔龍への侵攻を開始しようとしていた。

クイニーの仇敵ワンは、飛行型B.R.A.I鳳雛を伴って現れた。これに対抗するため、レオンはハイパードライブによるクイニーの機体の強化を進言する。だがクイニーは、「己の中龍さえ飼い馴らせずにいる」と、この申し出を断るのだった。そのころ鳳雛は傷ついた翼を自ら切り落とし、新たな進化を遂げようとしていた。

ネオ翔龍で相次ぐ連続狙撃事件。雑踏の中でターゲットだけを正確に撃ち抜くテクニックや、狙撃ポイントが割り出せない点など、凄腕のスナイパーの仕業であることは明らかだった。単なるテロリストではなく、B.R.A.Iの可能性を感じたジェイは、パンドーラに調査を指示。だがダグだけは、どこか乗り気ではない様子で……。

仲間を狙撃した犯人の行方を追い、必死に捜索を行うレオン達。その最中、ケインは、自分の命をあえて奪わなかった凄腕スナイパーのことを思い出す。

姫を葬って街を奪おうと野心を燃やすMr.ゴールド。グレンは街を守りたい一心で、自分の機体にもハイパードライブを搭載するようレオンに頼み込む。

レオンはB.R.A.Iを進化させるダークドライブをテストし、量子リアクター開発の責任者のことを思い出す。彼は、翔龍クライシスで命を落としたのだが…。

ネオ翔龍周辺で謎の疫病が発生し、避難民がネオ翔龍へ押し寄せた。疫病の流入を防ぐべきか、人々を受け入れるべきか、一同は難しい決断を迫られる。

度重なるB.R.A.Iの襲撃で、翔龍リアクターは不安定な状況に。レオンは、リアクターのコアに問題があるせいでエネルギーが漏れているのではと考える。

破壊の限りを尽くすムカデ型B.R.A.Iの猛威を前に、姫は無極砲の使用を決断。レオン達は敵を射線上へとおびき出し、無極砲はついに敵を照準に捉える。

MOEVの応急処置のため、レオンは仲間達と共に以前の住み家へ。レオンはハイパードライブの副作用に襲われる一方、敗北のショックを払拭できずにいた。

強敵を辛くも退け、ネオ翔龍は束の間の平和を取り戻した。レオンは疲れた体で行動を続けていたが、Mr.ゴールドの右腕だった謎の男ジークに遭遇する。

姫が絶対安静で人前に出られないため、ジェイはクイニーを姫の影武者に仕立てることに。姫に成りきるため、クイニーは激しい特訓を重ねるのだが…。

度重なるB.R.A.Iの襲撃により、極度の食糧不足に陥るネオ翔龍。パンドーラは食糧を輸送する部隊の護衛任務に就くが、正体不明の敵に襲われてしまう。

レオンはジークとの戦闘で重傷を負ったかに見えたが、体には異常が見当たらない。ハイパードライブを使っている者達に、異変が起きようとしていた。

防衛都市の1つが突如として高出力のレーザーで攻撃され、跡形もなく消失。この脅威からネオ翔龍を守るため、パンドーラは直ちに作戦を開始する。

謎のB.R.A.Iの声を聞いたダグは、失った過去に思いを巡らせる。いつか自分がMOEVと同化したらそこに人の意識は宿るのか、ダグはレオンに問いかける。

リアクターを押さえ込んでいたフィオナの気配が、突如として消失。フィオナを救出するため、レオンとクイニーは彼女がまつられている山へと向かう。

大量のハチ型B.R.A.Iがネオ翔龍に侵攻し、グレン率いる都市防衛軍が迎撃を開始。だが、レオンは相手に敵意が無いことを察し、攻撃の中止を願い出る。

レオンの意識は多重次元に取り込まれ、不思議な光景の中をさまよい続ける。レオンを救い出すため、フィオナは意識の中へ飛び込むことを決意する。

ついにジークの恐るべき企みが明らかになり、このままでは世界が終わりを迎えてしまう。姫とパンドーラのメンバーは、世界を守る最後の戦いに挑む。

レオンと仲間達は最終決戦で死力を尽くすものの、ジークが作り出した巨大な敵がネオ翔龍に魔の手を伸ばす。果たして、世界に残された最後の希望とは!?