차세대 에너지 개발 실패로 폐허가 된 지구. 살아남은 최후의 인류는 거대한 적과 맞서야 한다. 상대는 독특한 진화 생명체 ‘브라이’. 무한히 진화하는 강력한 개체다.

그의 실험이 헛되지 않았던 걸까? 브라이와 대적해 엄청난 힘을 발휘한 레온. 이 싸움을 눈여겨본 케인은 레온에게 도시를 수호하는 팀에 합류해달라고 제안한다.

레온에게 하이퍼드라이브를 대량 생산하라고 명령하는 제이. 그는 레온이 못 미덥지만, 방법이 없다. 현재로선 이것만이 네오 샹룽을 지킬 수 있는 유일한 희망이니까.

과거의 참사에 큰 책임감을 느끼는 레온. 이 도시를 두 번 다시 무너뜨릴 순 없다. 새롭게 진화해 더욱 위력적인 브라이를 막기 위해, 레온은 출동을 자청한다.

네오 샹룽의 수송기가 비행 중 파괴된다. 처참한 잔해를 확인한 레온은 자이언트급 비행 브라이의 공격이라고 추측한다. 퀴니는 파괴적인 힘을 다루는 레온을 걱정한다.

한때는 동문이었던 왕과 싸움 끝에 크게 다친 퀴니. 상처 입은 몸을 이끌고 전장으로 나아간다. 왕이 조종하는 비행 브라이를 물리치고, 내면의 용을 길들이기 위해.

드물게 멋을 부리고 시내로 외출하는 레온. 그 모습을 수상하게 여긴 클로이가 그의 뒤를 밟는다. 마침내 그들의 눈앞에 나타난 묘령의 여인. 그녀에게 답이 있다.

누군가의 저격으로 네오 샹룽의 사람들이 사망하는 사건이 발생한다. 범인을 잡으러 출동하는 레온과 판도라 대원들. 다음 희생자가 나오기 전에 반드시 막아야 한다.

저격수의 행방을 필사적으로 쫓는 레온과 팀원들. 케인과 레온은 용의자의 행적에 의구심을 느낀다. 이들이 놓친 건 무엇일까. 그가 진짜로 원하는 건 무엇일까.

B.R.A.I.가 일으키는 사건들의 배후가 드러난다. 야심에 가득 차 네오 샹룽을 빼앗으려는 적을 막으려, 그렌은 레온에게 하이퍼드라이브를 장착해달라고 부탁한다.

네오 샹룽 주변 도시에서 미지의 전염병이 발생한다. 네오 샹룽으로 몰려오는 난민들. 이들을 받아들일 것인가, 말 것인가. 네오 샹룽 사람들은 힘든 결정을 해야 한다.

거듭되는 브라이의 공격으로 네오 샹룽은 위기를 맞는다. 리액터의 불안정성을 해결해야 하는 레온. 제2의 샹룽 위기를 막기 위해 레온과 제이는 리액터의 핵에 접근한다.

지네 형태의 브라이가 네오 샹룽을 초토화한다. 골드의 숨은 목적은 무엇일까. 무극포로 이 위기에 대항하기로 하는 공주. 레온은 적을 유인할 방법을 궁리한다.

레온은 모브를 수리하려고 동료들과 이전에 살던 집으로 돌아간다. 지난 싸움의 결과에 큰 충격을 받은 레온. 공주는 다음 공격을 위해, 골드를 찾아가 혼령제를 올린다.

가까스로 강적을 물리친 레온과 동료들. 네오 샹룽은 잠시 평화를 되찾는다. 골드의 오른팔, 수수께끼의 남자 지크와 마침내 만난 레온. 지크는 자신의 비밀을 털어놓는다.

절대 안정을 취해야 하는 공주. 퀴니가 그녀의 대역을 맡는다. 공주와 비슷해 보이기 위해 특훈에 돌입하는 퀴니. 한편 새로운 브라이가 레온 일행을 공격한다.

잦은 브라이의 공격으로 식량난에 시달리는 네오 샹룽. 식량 수송 부대를 호위하던 판도라 대원들은 정체불명의 적에게 습격당한다. 한편, 레온은 홀로 지크를 쫓는다.

지크와 싸움에서 피를 많이 흘린 레온. 그러나 외상은 전혀 발견되지 않는다. 서서히 몸에 이상 증세가 나타나는 더그와 퀴니. 이전과는 다른, 새로운 변화가 시작된다.

네오 샹룽에 원조를 약속한 도시 중 하나인 네오 우센이 파괴된다. 다음 공격을 막기 위해 위험한 작전을 감행하는 판도라 대원들. 그런데 뜻밖의 변수가 나타난다.

브라이에게서 의외의 모습을 본 더그는 아픈 기억을 떠올린다. 대적하고 싶지 않은 상대를 물리쳐야 하는 레온. 브라이로 진화한 사람은 더는 예전의 그 사람이 아닌 걸까.

리액터를 억제하던 피오나가 갑자기 사라진다. 그녀를 찾아 영적인 기운이 흐르는 사면산으로 가는 레온과 퀴니. 과거와 현재가 겹쳐지는 그곳에서 레온은 론을 발견한다.

수많은 벌 형태의 브라이가 네오 샹룽에 나타난다. 그들의 목표가 침공이 아니라는 사실을 간파하는 레온. 리액터의 변화가 미친 영향으로, 또 다른 진화가 시작된다.

레온의 정신은 육체로 돌아오지 못하고 다차원에서 헤맨다. 그를 구출하려고 직접 다차원으로 뛰어드는 피오나. 그녀의 목숨도 위험한 상황이지만, 다른 방법이 없다.

세계의 진화를 위해 인류를 멸망시키려는 지크. 공주와 피오나는 잠시 혼돈을 잠재우고, 레온은 지크와 대면한다. 레온과 판도라 대원들은 이 세계를 지킬 수 있을까.

혼돈이 ‘빛나는 어둠’으로 깨어날 때 세계는 엄청난 위험에 처한다. 지크의 음모를 막기 위해 사력을 다하는 레온과 동료들. 세상을 구할 최후의 희망은 어디에 있을까.