Saverio si è appena sposato con Giada e sta per arrestare Giovanni Brusca. Nel frattempo, Giovanni deve affrontare l'improvvisa arroganza di Enzo e imporsi come unico capo di Cosa Nostra.

Per la prima volta nella sua vita, Saverio riesce a bilanciare il suo lavoro di procuratore e la sua vita personale. Giovanni, invece, è in fuga e vuole porre fine a tutti i suoi problemi.

Le maglie intorno a Giovanni Brusca si stringono definitivamente quando Saverio mette nel mirino il suo uomo più fidato, Giuseppe Monticciolo, detto Il Tedesco, il mafioso che ha costruito la prigione di Giambascio. I nostri si mettono sulle sue tracce sperando che li porti al suo boss. Ma Saverio non è il solo a voler arrivare a Brusca: Bernardo Provenzano e Pietro Aglieri, si accordano per contattare Brusca e intimargli di interrompere la sua strategia di violenza. Giovanni si trova isolato ancora una volta, anche perché suo fratello Enzo ha cominciato ad affezionarsi molto ad una ragazza, Maria, la quale ignora la sua vera identità.

Saverio, cercando di stanare Brusca, usa il pugno duro, tira le reti di anni di indagini e inanella centinaia di arresti nel suo territorio. Poi lo sfida apertamente usando i mezzi di informazione come cassa di risonanza senza preoccuparsi del fatto che, così facendo, mette a rischio non soltanto la sua vita, ma anche quella dei suoi cari, dei suoi colleghi e della sua scorta. Alla furia di Saverio, Brusca risponde con altra violenza. È un animale feroce messo con le spalle al muro e spera che un incontro con Provenzano e Pietro Aglieri possa toglierlo dallo scacco dei PM. Provenzano e Aglieri, però, hanno altri piani per lui.

Con l'arresto di Salvatore Cucuzza la caccia di Saverio segna finalmente un risultato importante. Nel suo nascondiglio gli agenti trovano una misteriosa agendina piena di informazioni che porta il pool vicinissimo all'obiettivo. Ma Brusca sta architettando una serie di contromosse volte a depistare le indagini e, per questo, cerca di persuadere suo fratello Enzo a seguirlo senza esitazioni.

La caccia a Giovanni Brusca è giunta alle sue battute finali. Il cerchio degli investigatori si sta stringendo intorno al boss, che è, tuttavia, pronto a riceverli con la complicità di suo fratello Enzo. Saverio deve capire se dare la precedenza al lavoro, oppure provare a raccogliere i pezzi della sua storia con Giada. Il dilemma è reso ancor più difficile dalla presenza di Francesca, che sembra essere molto determinata nel liberare la Sicilia dalla mafia.

La sorte sorride ironica ai magistrati Mazza e Barone: Giovanni Brusca ha deciso di pentirsi nel giorno dell'anniversario della strage di Capaci. Poco dopo averlo catturato, i due PM sono costretti a offrire all'assassino di Giuseppe Di Matteo e del giudice Falcone degli sconti di pena in cambio delle informazioni di cui è in possesso. Quello che non possono immaginare è che Giovanni Brusca sta giocando la sua partita un passo avanti a loro.

Giovanni Brusca, messo alle strette e abbandonato anche da suo fratello Enzo, decide di pentirsi. Questa volta per davvero. E la prima informazione che dà ai magistrati vale oro: il soprannome del vivandiere di Bernardo Provenzano, una pista per arrivare al vertice di Cosa Nostra. Unita alle informazioni raccolte negli anni da Francesca, questa novità infonde in Barone e Mazza una speranza che credevano di aver perduto.