어느 사건에 휘말려 낙인이 찍히게 된 렌은 1년 간의 보호 관찰 기간 동안 사쿠라 소지로와 함께 지내게 되었다. 그러던 중 슈진 학원에 가던 중 류지를 만나게 되는데.

새로운 학교에 들어간 렌이었지만 학교에 떠도는 렌에 대한 소문 때문에 렌의 주변으론 사람이 모여들지 않는다. 하지만 렌은 자신과 똑같이 동급생들 사이에서 표류된 학생인 류지와 다시 만나게 되는데.

배구부는 카모시다에게 학대당하고 있었다. 한편, 길 가다 안을 발견한 렌은 카모시다와 안의 퉁화 내용을 듣게 되는데.

카모시다를 개심시키기 위해 예고장을 보낸 괴도단. 새로운 멤버인 안과 함께 실체화된 보물을 훔치러 다시 한번 팰리스로 향하는데.

카모시다의 보물이었던 메달을 판 돈으로 레스토랑에 간 렌 일행. 그들은 괴도단의 이름을 더 팬텀으로 짓기로 했는데.

렌 일행은 일본화의 대가 마다라메 이치류사이 선생의 문하생인 키타가와 유스케와 만나게 된다. 그리고 주말, 유스케에게 받은 티켓으로 마다라메전을 보러 간 아이들은 위화감을 느끼는데.

팰리스의 존재를 확인하고 유스케의 진심을 알게 된 렌 일행은 다음 타깃을 마다라메로 정한다. 이에 렌과 류지가 팰리스에 잠입할 시간을 벌기 위해 안은 유스케의 그림 모델을 하기로 하는데.

마다라메의 진짜 의도를 알게 된 유스케도 괴도단에 들어가게 된다. 예고장을 보내고 마다라메의 보물을 훔치기 위해 팰리스로 돌입한 괴도단이었는데.

마다라메를 개심시키고 조금씩 세상에 이름을 알리게 된 마음의 괴도단. 하지만 모르가나로부터 학교 생활도 충실히 하라는 조언을 듣게 되는데.

렌 일행은 견학처를 방송국으로 정하고 방문하게 된다. 그리고 그곳에서 프로그램을 녹화하던 고등학생 명탐정, 아케치 고로를 만나게 되는데.

슈진 학원의 학생 회장인 니지마 마코토에게 정체를 들켜버린 괴도단. 괴도단의 정의를 증명해보라는 마코토의 요구에 렌 일행은 타깃의 팰리스에 잠입을 시도하는데.

새롭게 괴도단의 멤버가 된 마코토. 렌 일행은 젊은 사람을 노려 돈을 갈취하는 범죄 조직의 리더인 카네시로 쥰야를 개심시키기 위해 다시 팰리스로 잠입하는데.

카네시로 쥰야를 개심시키는 것에 성공한 괴도단의 인지도는 더 높아졌다. 한편, 좀처럼 그림을 그려내지 못해 슬럼프에 빠진 유스케를 돕기로 한 렌이었는데.

계속해서 개심시키는 것에 성공해 괴도단으로서의 성과를 올리고 있는 렌 일행. 그러던 중, 검증을 하고 싶다는 마코토의 요구에 렌은 신주쿠의 번화가로 가게 된다. 두 사람은 그곳에서 수상한 가게에 드나드는 슈진 학원 여학생을 목격하는데.

기말고사가 끝나고 다 함께 불꽃놀이를 보러 가기로 한 괴도단. 한편, 국제 해커 집단인 메제드가 괴도단에게 선전포고 같은 메시지를 보냈는데.

알리바바의 정체가 사쿠라 후타바일 거라 추측해 르블랑의 주인 아저씨네 집에 찾아간 괴도단은 주인 아저씨에게서 후타바와 관련된 사정을 듣게 된다. 그리고 괴도단은 후타바에게 팰리스가 존재한다는 것을 알게 되는데.

괴도단의 설득으로 스스로 문을 연 후타바. 그리고 다시 보물을 훔치기 위해 후타바의 팰리스로 향했지만, 그 팰리스에 후타바 자신도 들어갔는데.

괴도단의 멤버가 되기로 한 후타바. 하지만 아직 멤버들을 대하는 게 어색한 후타바를 위해 괴도단은 서로 친목을 다질 계획을 세우는데.

개학한지 얼마 안되어 수학여행을 떠나게 된 괴도단. 하와이를 신나게 즐기다 귀국한 괴도단의 앞에 커다란 사건이 일어났는데.

괴도단 곁을 훌쩍 떠나버린 모르가나. 모르가나가 걱정되어, 찾아나선 괴도단은 오쿠무라의 팰리스로 향하는데.

아버지가 정해준 결혼을 해야만 하는 소녀, 오쿠무라 하루를 위해 괴도단은 다시금 오쿠무라의 팰리스로 돌입하는데.

오쿠무라의 팰리스에서 무사히 보물을 훔치는 것에 성공한 괴도단. 하지만 그 이후에 열린 오쿠무라의 기자회견에서 어느 문제가 발생해, 괴도단은 갖은 비난을 받게 되는데.

마코토의 언니인 니지마 사에를 개심시키는 것에 협력하기로 한 아케치는 모두와 함께 사에의 팰리스로 돌입한다. 한편, 소지로에게 후타바의 친척이라는 남자가 나타났는데.

사에의 보물을 훔치기 위해 팰리스에 들어간 괴도단. 팰리스 안에 있는 사에가 일그러진 사상을 갖고 있는 것을 확인한 마코토는 서둘러 사에를 개심시켜야겠다고 다시금 결심하는데.

팰리스에서 탈출을 시도하는 괴도단. 각자 흩어져 도망치지만 미끼가 된 렌이 그만 잡혀버리고 만다. 비인도적인 조사를 받는 렌과 그런 렌을 구하기 위해 남은 동료들이 기사회생의 대작전을 세우는데.