To forskere kan ha funnet en metode for å gjøre oss immune mot alle sykdommer, og de innleder en hemmelig operasjon, NOAH-prosjektet, for å prøve ut teorien på dødsdømte fanger.

Amy og en såret Brad klarer å komme seg unna Richards, og søker tilflukt hos en eks-soldat. Ved NOAH-prosjektet innledes testingen på de 12 innesperrede prøvepersonene.

Etter å ha blitt hentet tilbake til laben avtaler Brad å bli hos Amy til man innleder virustestingen på henne, men dr. Sykes er usikker på om hun bør inngå i prosjektet.

For å beskytte Amy får Brad overtalt Sykes og Lear til å la dem mosjonere utenfor anlegget. Fanning bruker sin posisjon for å manipulere en sårbar Carter.

En høytstående tjenestemann kommer til NOAH-prosjektet, så Brad og Amy ber om hjelp til å rømme på uventet hold. Sykes og Richards begynner å tvile på hverandre.

En av de smittede kommer seg ut av NOAH-anlegget, så Guilder og Richards iverksetter en leteaksjon. Amy blir tvunget til å avsløre sine nye krefter og tilbyr seg å hjelpe dem.

Amy får symptomer som tyder på at hun er i ferd med å forvandle seg. Brad gjør alt han kan for å redde henne, men til sist er det Amy som bestemmer hva hun vil gjøre.

Det råder fullstendig kaos idet de smittede tar kontrollen over NOAH-anlegget. Fanning og de smittede kan bare stoppes med en risikabel sprengning som også kan ramme Brad, Sykes og kuren mot viruset.

Mens de smittede fortsetter sine herjinger gjennom USA, blir landet isolert og risikerer å stå overfor en atomkrise. I kaoset gjør Brad og Lila alt de kan for å beskytte Amy.