在版本升级的GBN之中，悠人持续着单人雇佣兵游戏。向这样的他，是自称风见的潜行者。尽管遭到悠人拒绝，风间仍不胜其烦地向悠人提出组队。他的是目的是传言中某个隐藏任务。

悠人他们不得不向佛莱迪自报是传说中的战队“创制潜行者”。成员们的各自反应中，只有悠人对这和个名字有着特殊的感情。这种情况下，四人再次组队继续佛莱迪的任务。而佛莱迪邀请了他们到自己居住的村庄。

创形者队接受了保护佛莱迪居住的村落的任务。 战斗预演也暴露了一个问题。团队成员间毫无默契，无法阻止敌人破坏村落。悠人提出了一个密计，即能不让村落遭破坏，同时可以顺利完成任务。

悠人等四人认为佛莱迪的任务是GBN新增的长篇剧情任务，并决定继续进行任务。创形者队也从佛莱迪介绍的地下抵抗组织口中，得知了地下抵抗组织即将展开的反击作战计划内容。下一个任务就是攻略在沙漠的独眼族巨大基地时进行诱敌作战。

作战当天，迟到的帕维兹慨叹着自己的无能，并提出要退出创形者队。风见极力挽留，芽依表现得很冷静，而悠人还是一如以往以事论事。虽然帕维兹去意坚决，但任务还是要在违反他意愿的情况下开始了。

帕维兹在之前的任务中有了大幅度的成长。然而风见却因为自己未能活跃而独自惆怅。在这样的氛围中，创形者队还是要动身前往佛莱迪的哥哥，杰德所在的地下抵抗组织基地。

悟净拜托悠人好好照顾风见，悠人却无法理解他的真意。另一方面，风见也苦于找不到方法，来填补与自己理想与现实之间的巨大鸿沟，只能拼命挣扎。而护卫撤退战的任务，就要在这种团队默契濒临瓦解的危机中展开了。

虽然只有一点点，悠人与风见的关系总算是有了非常珍贵的进展。然而创形者队与抵抗组织却因为神秘的高达模型「神怪高达」的突袭，溃不成军。虽然穆兰说过托付给悠人等人的项链是扭转局势的关键……。芽依则开始在玛姬的店里收集情报了。

为悠人抵挡攻击而严重受损的沃多姆荚舱。从中出现的是机动人偶姿态的芽依。她正是GBN创造出的电子生命体EL创形者。在其他创形者队成员震惊之余，机动人偶芽依向神怪高达发起了攻势。

横渡宇宙结束后，创形者队与地下抵抗组织一行人前往下个任务地点。抵达目的地轨道电梯之前先要经过地面大厅，悠人一行在打开大门后，为了重新准备而暂时登出。下一个任务、或许也是最终任务的舞台是——宇宙。

与自称亚尔斯的存在一通牛头不对马嘴的对话之后，创形者队暂时离开了月球的。等待他们的是不计其数的独眼族和宛如统帅一般伫立一旁的神怪高达。甚至，令悠人一行人讶异万分的存在也同时现身。

一场奋斗却成空，隐藏于月球的卫星炮射出了强烈光线。不只艾多拉行星受到影响，连GBN和悠人一伙人居住的世界也受到波及。或许迄今为止的战斗并不只是游戏。悠人对意想不到的事态发展倍感困惑。不过如今的他并非孤身一人。创形者队理当如此地在现实中集结了起来。

艾多拉行星的子民佛莱迪带着以前偶然在仓库找到的一本书，踏进了遗迹内的神殿。未曾想，佛莱迪的好奇心竟然成为他与悠人和其他创形者相逢的契机……

悠人与其他创形者再次与佛莱迪取得联系，并重新踏上艾多拉的土地。艾多拉行星可能并非GBN的剧情任务，而是真实存在的世界，这一事实令他们更加严阵以待。然而另一方面，他们也遇到了与过去完全不同的状况，而状况就出在他们的高达模型上。

帕维兹和佛莱迪收集了横渡宇宙的灯笼做成热气球，并搭上热气球前去拜访住在空中神殿米拉古山的圣兽库亚多伦。虽然途中遭遇强风，热气球仍有惊无险持续上升。此时，前所未见的巨大积雨云中出现在两人的前方。

一行人终于见到了圣兽库亚多伦，但它却拒绝了悠人与其他创形者。悠人一行人对艾多拉的关切和不懈的努力，终于让沉默的库亚多伦重新开口。而他们也终于知晓了关于攻击艾多拉的月之雷，以及发射月之雷的元凶－亚尔斯背后的故事。

悠人与其他创形者成功将圣兽库亚多伦所居住的米拉古山设为新据点。在召开作战会议，讨论如何解救艾多拉子民免于独眼族威胁时，心境复杂的悠人却将自己的高达模型与亚尔斯所创的亚尔斯地球三型高达的形象重合了。

与亚尔斯地球三型高达一役，以悠人与其他创形者的胜利告终。在残骸面前，伫立着地球三型高达的身影及插在地面上的U7光束狙击步枪。步枪彷佛墓碑般耸立在地的情景，唤醒了悠人心底埋藏的记忆。

悠人过去在GBN曾遇见一位少女，伊芙。他与伊芙之间的回忆，对悠人而言是无可取代的，然而两人的命运却……在第二次志愿者联盟战中，小陆虽救出了EL潜行者莎拉，但这次战争背后令人悲痛的真相也将被揭晓 。

悠人与其他创形者于现实中再次集合。为了从独眼族手中拯救艾多拉子民，他们必须进一步强化自己的高达模型，以对抗亚尔斯创造的最新强敌，同时也必须讨论该如何营救意识仍困在艾多拉行星的志堂真辉。此时，帕维兹提出了一项惊人的建议。

悠人、风见、芽依受穆兰之托，准备救出志堂真辉。然而在展开搜索之后，雷达探测到的却是敌方超过数十架机体的大部队。与此同时，帕维兹和佛莱迪则一同在米拉古遗迹为库亚多伦修复受伤的翅膀。

在悠人和创形者队的活跃表现下，救出志堂真辉的作战圆满成功。悠人、风见、帕维兹、芽依四人在「高达基地」 集合，并商量去探望醒来的真辉。此时突然传来震耳欲聋的引擎声，驾驶摩托车的更是让他们意想不到的人物。

玛姬在GBN中设计出难度极高的训练任务——莲花挑战，作为与亚尔斯对决的演练。悠人一行创形者队将挑战的是许多成名已久的高水准潜行者，甚至原版创形者队初代部队成员也在大名单之内。

悠人等一行创形者队成员顺利结束了在GBN的训练任务，并做好万全准备集结于米拉古山。而这时被遗留下来的召唤台却突然发出光芒，艾多拉镜砂显现出又一位潜行者的样貌。

亚尔斯为了消灭高达模型的子民，选择率领军队强行入侵GBN。为了对抗亚尔斯的入侵，志愿者联盟第三次集结，潜行者们在前线严阵以待。从艾多拉行星展开冒险的悠人等一行创形者队成员终于要开始执行最后的任务。