バージョンアップしたＧＢＮで、１人傭兵プレイを続けるヒロト。そんな彼に声をかける、カザミと名乗るダイバー。俺と組もうという提案にとりつくしまもなく拒否されたカザミだったが、めげる様子は一切見せない。彼の目的は、噂の隠しミッションの攻略だった。

フレディが伝説のフォースと息巻く「ビルドダイバーズ」を名乗らざるを得なくなったヒロト達。メンバーが様々な反応を見せる中、ヒロトだけがその名前に特別な感情を抱いていた。そんな中、再びフレディのミッションをプレイすることになった４人。フレディは彼らを自分が住む村へと招待する。

フレディの村を守るミッションを受けることになったビルドダイバーズ。事前に行ったリハーサルのバトルでは、拙いチームワークでどうしても村に被害を出してしまう問題が発覚。ヒロトは、村に損害を出すことなくクリアする秘策を皆に提案する。

フレディのミッションをＧＢＮで導入された長編ストーリーミッションだと考えた４人は、ミッションの継続を決める。フレディに紹介されたレジスタンスのメンバーから、彼らが展開している反攻作戦の計画内容を聞くビルドダイバーズ。次の任務は、砂漠に存在するヒトツメの巨大基地の攻略に関わる陽動作戦だった。

作戦当日、遅刻して現れたパルヴィーズは、これまでの自身のふがいなさを嘆き、ビルドダイバーズを抜けたいという旨をメンバー全員に伝える。必死に引き留めようとするカザミ、冷静なメイ、そしてどこまでも現実的なヒロト。パルヴィーズの決意は固いが、その意思に反して強制的にミッションは開始される。

前回のミッションで１つ大きな成長を果たしたパルヴィーズ。しかし、カザミは自身が活躍できていないことに１人憮然としていた。そんなビルドダイバーズは、フレディの兄、ジェドがいるレジスタンスの基地へ出向くことになる。

ゴジョウからカザミのことを頼まれたヒロトだが、その真意をどうしても理解できない。一方のカザミも、自身の理想とは大きくかけ離れた現実との溝を埋める方法を見つけられず、ただもがくばかり。そんな危ういチームワークの中で、護衛・撤退戦のミッションが始まろうとしていた。

少しだけ、しかしとても貴重な前進をしたヒロトとカザミの関係性だったが、謎のガンプラ「ゼルトザーム」の急襲によりビルドダイバーズとレジスタンスは壊滅状態になってしまう。ムランがヒロト達に託したペンダントが逆転のカギになるのだと言うが……。メイは、マギーの店で情報収集を開始する。

ヒロトの盾となって攻撃を受け、大破するウォドムポッド。その中から現れたのは、モビルドール姿のメイ。彼女はＧＢＮが生み出した電子生命体、ＥＬダイバーだった。残りのビルドダイバーズのメンバーが驚きの反応を示す中で、モビルドールメイはガンダムゼルトザームに攻勢をかける。

宇宙（そら）渡しの祭りを終え、次のミッションに向かうビルドダイバーズとレジスタンスの一行。目的の軌道エレベーターへ続く地上ステーションのロビーに設置された扉をある方法で開けたヒロト達は、その先へ進むための準備を改めて行うために、一旦ログアウトする。ラストミッションかも知れない次の舞台は、宇宙だった。

アルスと名乗る存在との互いにかみ合わぬ会話の中、一旦月から離脱したビルドダイバーズを待ち受けていたのは、凄まじい数のヒトツメ、それらを従えるように佇むガンダムゼルトザーム。そしてさらに、ヒロト達を驚愕させる存在が現れた。

健闘も虚しく、月に隠されていた衛星砲から強烈な光が放たれてしまう。その影響は惑星エルドラの他の地域のみならず、ＧＢＮ、さらにはヒロト達が住む世界中にまで及んでいた。今までの戦いが全てゲームではなく、本当に起こっていたことかも知れない。想像もつかなかった展開に、ヒロトは大いに戸惑う。だが今の彼は１人ではない。ビルドダイバーズがリアルで集う、それは必然の流れだった。

惑星エルドラの民であるフレディは、物置で偶然見つけた一冊の本を手に、遺跡内の神殿に足を踏み入れる。フレディの好奇心がヒロト達ビルドダイバーズとの巡り会いを果たすきっかけになるとは、まったく想像もつかずに……。

再びフレディと繋がり、エルドラの地に立ったヒロト達ビルドダイバーズ。惑星エルドラがＧＢＮのストーリーミッションではなく、現実に存在するという可能性が彼らの気持ちをいっそう引き締める。しかし、その一方で明らかに以前とは違う事態に見舞われることに。それは、彼らのガンプラにあった。

空中神殿であるミラーグの山に住むという聖獣クアドルンに会いに行くため、宇宙渡しの灯籠を集めて作った気球に乗るパルヴィーズとフレディの２人。強風に翻弄されながらも上昇を続ける気球の行く先に、今まで見たことのないような巨大な積乱雲が立ちふさがる。

ようやく出会えた聖獣クアドルンは、ヒロト達ビルドダイバーズを拒絶する。しかし、ひるむことなくエルドラに対する想いを伝えたヒロト達に対し、クアドルンは重い口を開く。語り始めたその内容は、エルドラを襲った月の雷、そしてそれを放った元凶、アルスについてだった。

聖獣クアドルンの住むミラーグの山を、新たな拠点とすることに成功したヒロト達ビルドダイバーズ。ヒトツメからエルドラの民を救うための作戦会議が行われる中で、ヒロトは自分のガンプラと、アルスが作りだしたアルスアースリィガンダムのイメージを複雑な想いで重ね合わせていた。

アルスアースリィガンダムとの戦いは、ヒロト達ビルドダイバーズの勝利で終わった。その残骸を前に、アースリィガンダム、そして地面に突き立てられたビームシュートライフルＵ７。墓標のようにそびえ立つライフルを見つめながら、ヒロトは心の奥底にしまっていた記憶を甦らせていく。

かつて、ヒロトがＧＢＮで出会った少女、イヴ。彼女との思い出は、彼にとってかけがえのないものであった。そして、２人の運命は……。リクがＥＬダイバーのサラを救いだした第二次有志連合戦。その裏で起こっていた、悲しい真実が解き明かされる。

ヒロト達ビルドダイバーズは、再びリアルで集合することに。エルドラの民達をヒトツメから救うため彼らは、アルスが作りだした新たな強敵に対抗するためのガンプラのパワーアップと、未だ惑星エルドラに心を囚われたままのシドー・マサキの救出について話し合うのであった。そこでパルヴィーズは、驚きの提案をする。

シドー・マサキの救出をムランから託されたヒロト、カザミ、メイはゼルトザームの捜索を開始する。しかし、レーダーが感知したのは数十機もの敵の大部隊の反応だった。一方、ミラーグの遺跡ではパルヴィーズがフレディと共に、クアドルンの負傷した翼の修復作業を続けていた。

ヒロト達ビルドダイバーズの活躍によって、シドー・マサキの救出作戦は成功する。目覚めたマサキの見舞いに行くため、「THE GUNDAM BASE」に集まったヒロト、カザミ、パルヴィーズ、メイの４人。そこに突然鳴り響く、バイクのエキゾースト音。乗っていたのは、まさかの人物だった。

アルスとの決戦に向けてマギーがプロデュースしたリハーサルミッション、それはＧＢＮでも高難度を誇るロータスチャレンジだった。挑戦者側のヒロト達ビルドダイバーズを待ち受ける強力な有名ダイバー達。その中には、本家であるビルドダイバーズのフォースメンバーも参加していた。

ＧＢＮでのリハーサルミッションを無事に終え、満を持してミラーグの山に集結するヒロト達ビルドダイバーズ。だが、残された召喚台が光りだし、エルドリウム鏡砂がもう1人のダイバーを顕現させる。

ガンプラの民を殲滅するべく、ＧＢＮへの強制侵攻を選択したアルス。しかし彼の軍勢を待ち構えていたのは、三度結集したダイバー達、有志連合の姿であった。惑星エルドラから始まったヒロト達ビルドダイバーズの最後のミッションが、ついに始まる。