Hiroto joue seul à un GBN mis à jour. Un jour, Kazami, un autre Diver, lui propose de faire équipe. Hiroto rejette son offre, mais Kazami tient absolument à ce qu'ils fassent une mission cachée ensemble.

Hiroto et ses camarades ont pris le nom Build Divers, une idée qui ne semble pas faire rêver Hiroto. Les quatre joueurs relancent la mission de Freddie, qui va les inviter dans son village.

Les Build Divers acceptent la mission de défense du village de Freddie, mais les répétitions avant le grand jour donnent des résultats médiocres. Leur travail d'équipe, trop mauvais, les pénalise. Hiroto va alors proposer un plan pour finir la mission sans dévaster le village.

Les quatre équipiers continuent ce qu'ils pensent être la mission de scénario récemment introduite dans GBN. La suite des événements implique une attaque conjointe avec la résistance, dont fait partie le frère de Freddie, contre une base des Cyclopes dans le désert.

Parviz arrive en retard, provoquant la frustration de Kazami. Ce dernier n'est pas au bout de ses peines, puisque Paru annonce au groupe qu'il souhaite quitter l'aventure. Alors que Kazami essaie de le convaincre de rester, May et Hiroto restent calmes et réalistes, mais la mission commence tout de même automatiquement.

Gojô demande à Hiroto de veiller sur Kazami, sans que le mercenaire en sache la raison. Kazami, lui, souffre silencieusement de ne pouvoir résorber le fossé entre lui et ses camarades. La mission d'escorte commence alors que leur équipe n'a jamais été moins soudée.

Hiroto et Kazami ont fait un petit pas l'un vers l'autre très important pour leur relation. Malheureusement, les attaques de Seltsam n'offrent aucun répit aux Build Divers et à la réisstance. Le pendentif de Muran est censé être la clé vers la victoire, mais comment s'en servir ? En parallèle, May apprend des choses au bar de Magee.

Parviz et Kazami comprennent que les Build Divers sont une équipe, mais Hiroto propose de s'occuper seul de la prochaine mission. May questionne le bien-fondé de sa décision, mais Hiroto ne réagit pas.

Le Wodom de May est détruit alors qu'elle protège Hiroto. Émerge alors la version Mobile Doll de May, qui est une El-Diver, une forme de vie électronique engendrée par GBN. Alors que les autres Build Divers sont stupéfaits, May engage le combat contre Seltsam.

Le Passage vers le ciel achevé, les Build Divers et la résistance se préparent pour la prochaine mission. Hiroto et ses compagnons ont trouvé comment ouvrir l'accès de l'ascenseur orbital, mais avant cela, ils effectuent diverses préparations au combat spatial qui devrait s'ensuivre pour leur dernière mission.

Au sortir d'une conversation frustrante avec l'entité Alus, les Build Divers repartent de la Lune, tout ça pour être accueillis par un nombre considérable de Cyclopes commandés par Seltsam, avant qu'un nouveau rebondissement n'horrifie les Builders.

Le canon satellite caché dans la Lune a frappé, laissant un cratère là où se trouvait la ville de Seguri. Ses effets ne se limitent cependant pas à Eldora et semblent s'étendre non seulement au reste de GBN, mais en plus au monde réel où vivent Hiroto et ses compagnons. Les diverses missions effectuées semblent avoir eu des conséquences bien tangibles, laissant les quatre joueurs estomaqués. La suite ne laisse aucun doute : les Build Divers doivent se rencontrer en vrai.

Freddie, habitant de la planète Eldora, découvre un temple abandonné au moyen d'un livre qu'il a découvert dans un débarras. Sa curiosité le conduit à rencontrer Hiroto et ses compagnons, les Build Divers, produisant des effets que personne n'aurait pu prédire…

Hiroto et les Build Divers retrouvent le sol d'Eldora. Ils sont de plus en plus convaincus que ce monde existe et n'est pas seulement un scénario quelconque de GBN. Cependant, un problème de taille survient par rapport à leurs Gunpla.

Parviz et Freddie vont à la rencontre de la bête sacrée Cuadorn en montant dans un ballon propulsé par les lanternes du Passage vers le ciel. Alors que de forts vents leur donnent de l'altitude, ils finissent dans un orage comme ils n'en ont jamais vu.

Hiroto et les Build Divers rencontrent Cuadorn, la bête sacrée, mais celle-ci décline leur aide. Ils expriment tout de même leur envie de défendre Eldora, et Cuadorn leur raconte alors comment tout a commencé.

Hiroto et les Build Divers ont réussi à transformer le foyer de la bête sacrée Cuadorn, le mont Milaag, en leur nouvelle base. Pendant une réunion stratégique sur la protection du peuple d'Eldora, des images du Gunpla de Hiroto et de l'Alus Earthree Gundam se superposent dans la tête du jeune Builder.

Hiroto et les Build Divers ont vaincu l'Alus Earthree Gundam. Devant sa carcasse se trouvent l'Earthree Gundam et le fusil de précision laser U7, planté dans le sol. Alors que Hiroto regarde ce fusil, semblable à une pierre tombale, d'anciens souvenirs remontent à la surface.

Eve est une fille que Hiroto a rencontrée dans GBN. Leurs souvenirs ensemble sont chers à son cœur, mais un funeste destin les attendait. Alors que Riku sauvait Sarah, une autre El-Diver, durant la bataille de la deuxième Coalition des Volontaires, une tragique vérité fut révélée.

Hiroto et les Build Divers se retrouvent IRL pour discuter de deux choses : l'amélioration de leurs Gunpla avant d'affronter Alus, et le sauvetage de Masaki Shidô. C'est alors que Parviz fait une suggestion étonnante.

Muran demande à Hiroto, Kazami et Mary de secourir Masaki Shidô. Ces derniers recherchent le Seltsam, mais ils détectent plusieurs MS à l'endroit où il devrait se trouver... De leur côté, à Milaag, Parviz et Freddie réparent l'aile de Cuadorn.

Grâce aux Build Divers de Hiroto, Masaki Shidô est sorti de l'hôpital. Hiroto, Kazami, Parviz et May se rendent au Gundam Base pour lui rendre visite. À cet instant précis, une moto vrombit et dévoile un pilote que personne n'aurait cru voir ici…

Pour préparer l'affrontement final contre Alus, Magee organise un entraînement en reprenant les codes d'une des épreuves les plus difficiles de GBN : le défi du Lotus. Hiroto et les Build Divers s'y frottent face aux joueurs les plus forts de GBN, notamment Riku et les Build Divers d'origine.

Après leur défi réussi avec brio, Hiroto et les Build Divers se préparent au mont Milaag. C'est alors que l'une des dalles d'invocation se met à briller et qu'un autre Diver apparaît.

Alus choisit d'envahir GBN pour exterminer le peuple du Gunpla, mais la troisième Coalition des Volontaires l'attend de pied ferme. La mission de Hiroto et des Build Divers, commencée sur la planète Eldora, touche à son terme.