創鬥潛網者隊事件之後過了2年，GBN經過了更新改版，在顯得更加熱鬧的次元世界中，有著獨自在各地徘徊的潛網者「悠人」、個性孤高卻容易得意忘形的潛網者「風見」、獨行潛網者「小梅」，以及孤獨的新手潛網者「帕維茲」。他們原本都相當孤單，卻以某件事為契機組成了另一個「潛網者隊」。等待著悠人他們的，將是超脫GBN範疇的無盡超體驗。

創鬥潛網者隊事件之後過了2年，GBN經過了更新改版，在顯得更加熱鬧的次元世界中，有著獨自在各地徘徊的潛網者「悠人」、個性孤高卻容易得意忘形的潛網者「風見」、獨行潛網者「小梅」，以及孤獨的新手潛網者「帕維茲」。他們原本都相當孤單，卻以某件事為契機組成了另一個「潛網者隊」。等待著悠人他們的，將是超脫GBN範疇的無盡超體驗。

創鬥潛網者隊接受任務，要保護佛萊迪居住的村落。然而經過事先進行戰鬥演練後，他們發現了一個重大問題，那就是成員之間欠缺默契，導致一直無法阻擋敵人攻進村子。於是悠人向大家提出了一個能免於村落遭到戰火波及的過關策略。

對於從佛萊迪求救開始的這項任務，悠人等四個人認定這是GBN新引進的長篇劇情任務，因此決定繼續進行任務。經由佛萊迪引見的反抗軍後，創鬥潛網者隊從對方口中獲知了接下來即將展開的反攻作戰計畫內容。而悠人他們的下一場任務，正是在進攻位於沙漠的獨眼族巨大基地時負責佯攻。

作戰當天，帕維茲不僅遲到了，還一出現就對其他成員坦言自己的缺失，更宣告要退出創鬥潛網者隊。只見風見極力挽留，小梅依舊冷靜以待，悠人亦一如往常地就事論事。雖然帕維茲去意堅決，不過任務還是在違反他意願的情況下強制開始了。

在之前的任務中，帕維茲有了大幅度的成長。然而風見卻為了自己不怎麼活躍在獨自惆悵。即使處於這種氣氛下，創鬥潛網者隊還是得動身前往佛萊迪的哥哥傑德所在的反抗軍基地。

悟淨拜託悠人好好地照顧風見，悠人卻無從理解他真正的用意何在。另一方面，由於找不到方法填補與自身理想與現實之間的鴻溝，風見只能拼命地掙扎。然而在這種團隊默契瀕臨瓦解的危機下，負責護衛＆撤退行動的任務還是展開了。

雖然不多，但悠人與風見之間的關係總算有了寶貴進展。然而創鬥潛網者隊與反抗軍卻遭到神祕的鋼彈模型「奇異鋼彈」突襲，導致潰不成軍。即便穆蘭說過，託付給悠人等人的項墜是扭轉局勢關鍵所在……另一方面，小梅也開始在瑪姬的店裡收集情報。

帕維茲與風見終於開始意識到，創鬥潛網者隊是一支團隊這件事。可是悠人卻在此時提議要靠個人之力完成下一場任務。雖然小梅用銳利的眼神質疑悠人，悠人卻想不透問題何在。

渥頓戰艇因為挺身替悠人擋下攻擊而遭到重創。不過小梅竟以機動人偶的面貌從中現身。原來她也是誕生自GBN的電子生命體「EL潛網者」。就在創鬥潛網者隊其他成員倍感震驚之餘，機動人偶小梅對奇異鋼彈發動了攻勢。

在橫渡宇宙的慶典結束後，創鬥潛網者隊與反抗軍一同準備進行下一場任務。位於地面站體的大廳裡有道門扉，只要能通過該處即可抵達目的地軌道電梯。雖然悠人他們找到了可以打開大門的方法，不過有鑑於之後可能面臨到的狀況，他們決定暫且登出進行準備。畢竟可能是最後任務的下一個舞台位在宇宙。

雖然試圖與自稱亞爾斯的存在進行溝通，但對話內容完全牛頭不對馬嘴。創鬥潛網者隊只好暫且撤出月球。然而等著他們的，竟是率領了無數獨眼族現身的奇異鋼彈。不僅如此，接著更出現了令悠人他們震驚萬分的事物。

所有努力皆成枉然，隱藏在月球裡的衛星砲發射出了強烈光芒。這記攻擊不僅對黃金國行星各地造成了影響，甚至波及了GBN和悠人他們居住的世界。之前的一切或許並非遊戲，而是真正存在的現實。這個意料之外的發展令悠人倍感困惑。不過如今他已不是孤單一人。創鬥潛網者隊勢必得在現實世界中集合才行。

住在黃金國行星的佛萊迪偶然地於書架上找到了某本書，於是根據書中內容踏進了遺跡內的神殿。此等好奇心竟然成為他與悠人一行創鬥潛網者隊相逢的契機，這實在是令人料想不到……

悠人一行創鬥潛網者隊再次與佛萊迪取得聯繫，並且重新踏上黃金國的土地。黃金國行星可能並非GBN的劇情任務，而是真實存在一事令他們嚴陣以待。但另一方面，他們遇到了與過去明顯不同的狀況，問題正在他們的鋼彈模型上。

收集了橫渡宇宙的燈籠做成熱氣球後，帕維茲和佛萊迪藉此前往實際上是空中神殿的米拉格山，以便造訪住在該地的聖獸庫亞多倫。在強風的吹拂下，即使險象環生，熱氣球也還是持續上升，然而前所未見的巨大積雨雲卻阻擋在前。

一行人總算見到了聖獸庫亞多倫，但牠要求悠人一行創鬥潛網者隊離開。在悠人一行人毫不畏懼地表達他們是如何看待黃金國的之後，沉默的庫亞多倫終於開口娓娓道來，透露了關於攻擊黃金國的月之雷，以及該慘劇元凶－－亞爾斯背後的故事。

悠人一行創鬥潛網者隊成功地將聖獸庫亞多倫所居住的米拉格山設為新據點。在召開作戰會議，討論如何解救黃金國人民免於獨眼族威脅時，在懷抱著複雜心境的情況下，悠人不禁將自己的鋼彈模型，以及亞爾斯所創的亞爾斯地球3式鋼彈這兩者的身影重疊在一起。

與亞爾斯地球3式鋼彈一役，在悠人一行創鬥潛網者隊獲勝下落幕。在敵方鋼彈的殘骸前，佇立著地球3式鋼彈的身影，以及插在地面上的光束射擊步槍U7。步槍宛如墓碑般聳立在地的景象，喚醒了悠人深藏於心底的回憶。

悠人過去在GBN裡曾邂逅一名少女－－伊芙。與她相處的回憶，對悠人來說是無可取代的寶貴事物，然而他們所面臨的命運是……在第2次抗霸聯盟戰中，小陸雖然成功拯救了EL潛網者莎拉，但該場大戰背後令人悲痛的真相如今即將揭曉。

悠人一行創鬥潛網者隊再度於現實中集合。目的在於討論為了對抗獨眼族和亞爾斯創造的新強敵，藉此拯救黃金國民眾，他們該如何強化鋼彈模型，以及要怎麼救出意識仍困在黃金國行星的志堂真輝。此時帕維茲提出了一項驚人的方案。

受穆蘭所託，打算救出志堂真輝的悠人、風見、小梅開始搜索奇異鋼彈的下落。此時雷達偵測到了由數十架機體組成的敵方大規模部隊。另一方面，帕維茲和佛萊迪則是一同在米拉格遺跡為庫亞多倫負傷的翅膀繼續進行修復作業。

Thanks to the efforts of Hiroto and the Build Divers, Masaki Shido has been successfully rescued. Hiroto, Kazami, Parviz, and May gather at The Gundam Base to pay a visit to the awakened Masaki. Suddenly, they hear the roar of a motorcycle engine. The rider is someone they never expected.

In preparation for the final battle with Alus, Magee has arranged a rehearsal mission based on the Lotus Challenge, one of the hardest in all of GBN. Hiroto and the Build Divers are the challengers, and awaiting them are a horde of famous and powerful Divers, including the Force members of the original Build Divers.

After successfully completing their rehearsal mission in GBN, Hiroto and the Build Divers gather at Milaag Mountain and prepare for battle. Suddenly, one of the summoning pedestals begins to glow, and another Diver forms from the Eldorium mirror sand.