在見識過冠軍九條響也的鋼彈模型對戰之後，三上陸與好友日高勇夫決定邁入GBN的世界。對於第一次成為潛網者的小陸與小勇來說，電腦虛擬空間(次元世界)裡的一切都超乎想像，看起來既新奇又刺激。然而有一名潛網者正在暗中觀察著他們。

小陸與小勇正在回顧第一次的GBN體驗。想要招攬他們兩個加入足球社的桃華卻在此時出現，不過還是沒能阻止小陸他們參與GBN的步伐。兩人再度潛網進入電腦虛擬空間(次元世界)，而且還與莎拉再度碰面。這次他們不是要進行鋼彈模型對戰，而是要挑戰以收集關鍵道具為目標的收集任務。

小陸目睹了鋼彈模型部隊錦標賽的激戰，更加確定自己對冠軍充滿著憧憬。於是與勇夫一起測試各自準備的新武器。桃華受到他們兩人的熱誠感召，終於決定要參加GBN。三人潛網到次元空間之後，遇見了一位自稱響也的青年潛網者，而且還表示希望能與他們一起參加連戰任務。

九條響也表達了希望保護GBN世界的想法，這點讓小陸明白了雖然同樣身為潛網者，自己的格局卻和他差太多了。亦令小陸煩惱究竟該怎麼做才能拉近與冠軍之間的距離，於是瑪姬介紹了一位熟識的潛網者給小陸。為了找到自己該走的路，小陸和小勇以及取得正式帳號的小桃一同潛網，來到了充滿中華風情的愛塔尼亞區。

小陸一行人下一個目的地是聚集了全球製作家，未經許可不得駕駛鋼彈模型進入的中立地帯波世區。三個人以潛網者面貌走在一望無際的廣大砂漠中，然而不管再怎麼走都還是會浮現海市蜃樓的相同景色，他們這才發現自己陷入了困境。就在此時出現了一輛吉普車，駕駛者是一位自稱菖蒲的女性潛網者。

小陸終於成立了新部隊「創鬥潛網者」，而且初戰就選了只限部隊參加的團體戰「部隊對戰」。因此為了準備一個星期之後的對戰，隊員們在KO-1的指導下改良鋼彈模型。正當一切準備得相當順利時，卻突然發現了意想不到的問題。

因為創鬥潛網者隊亮眼的出道戰讓人留下強烈印象，來自其他部隊的對戰申請蜂擁而至。眾成員也希望趁著運勢正旺，趕快決定下一個對手。這時候瑪姬現身給了建議，告訴他們組隊之後，除了對戰還有其他事情可以做。

創鬥潛網者隊決定參加隨機決定對戰內容的「隨機對戰任務」。而對手正是小陸第一次獲勝時擊敗的多吉，以及讓他第一次嘗到敗北滋味的食人魔所屬部隊「百鬼」。小陸滿懷期待地要靠著從經驗中培養出的力量，再度跟食人魔正面對決，印證自己的成長。另一方面，為了找小陸雪恥，多吉也燃起了熊熊鬥志。

潛霸團使用非官方工具「外掛貼紙」造成的威脅未見停息。那股力量進化後，甚至連隆美爾的部隊都敗在潛霸團手上。為了守護GBN，冠軍九條響也打算與某位重要人物接觸。

正當冠軍率領的抗霸聯盟與潛霸團交戰到如火如荼之際，菖浦卻突然阻擋住小陸的去路，而且說了她加入創鬥潛網者隊的真正原因。此事也和她的過去有著匪淺淵源。

小陸與莎拉終於對上了煽動潛霸團的幕後黑手柴司。雖然司渾身上下都散發出對於GBN的強烈憎恨情感，但他們兩人仍試圖與司溝通。另一方面，在資源衛星這個主戰場旁的宇宙空間中，靠著外掛貼紙之力變得更為強大的巨大MA啟動了。

與潛霸團的戰鬥結束了，在抗霸聯盟的活躍下，總算把外掛貼紙從GBN徹底根絕了。潛網者們在阿瓦隆部隊據點舉行的慶功會上彼此讚揚戰果。不過小陸和創鬥潛網者隊成員的身影並不在其中。

在實機對戰「GP對戰（GPD）」上與柴司展開的一場生死鬥中，小陸的王牌潛網型00鋼彈受到重創。由於GPD和GBN不同，會讓重要的夥伴在現實世界中受創，光一擔心小陸會因此而受到打擊，便設法鼓勵他。可是小陸的反應卻讓人非常意外。

「蓮花挑戰」是必須在限定時間內攻陷易守難攻的蓮花要塞，堪稱頂級難度的玩家設計任務。創鬥潛網者隊在小陸得到了天翔型00鋼彈後，決心挑戰這項就連冠軍部隊阿瓦隆都感到棘手的難關。

創鬥潛網者隊突破了有著頂尖難度的蓮花挑戰後，得到了GBN世界的獎金。小陸等成員們正在思考要如何利用獎金達成各自的夢想時，小桃說了一個規模非常龐大的提議。

創鬥潛網者隊的成員們盡情地享受新部隊據點的一流設施。小勇認為都是多虧了小陸的潛網者實力大幅提升，他們才能得到這個與知名部隊相比也毫不遜色的環境。然而在他心中也同時萌生了某個想法。

在GBN的限時搶攻任務中順利進入前十名,顯示小陸的潛網者能力又有所成長了。就在創鬥潛網者隊眾成員與前輩潛網者們的祝福聲中，虎武龍部隊的虎狼也不再把曾跟隨他修練的小陸視為徒弟，而是一名勁敵了。

團體攻略戰的宣傳活動之一，只限女性參賽的撫子競技即將舉行。只要奪冠就可以獲選為招募女性潛網者活動的代言女郎，此事令女性潛網者都趨之若鶩。這個消息也傳到了GBN外的奈奈美耳中。

以撫子競技為契機，奈美成為了創鬥潛網者隊的新隊員。她還把哥哥也拖了下水，要求他幫忙進行自己的鋼彈模型對戰出道計畫。而為了更能加享受GBN的樂趣，奈美向小陸等人說出了一個心願。

GBN官方公開宣布莎拉是電子生命體「EL潛網者」一事，而且說明她就是造成程式錯誤的原因所在，同時開始四處搜索她的行蹤。另一方面，小陸跟創鬥潛網者隊成員們也開始找尋不告而別的莎拉。

在向所有GBN潛網者發佈的臨時公告中，創鬥潛網者隊意外地發現莎拉就在九條響也身旁。看著響也露出跟平時判若兩人的嚴肅表情，以及自行離開隊友的莎拉，小陸為了確認他們兩人的真正想法而聯絡響也。

創鬥潛網者隊為了帶回莎拉，因此提議進行一場部隊對戰。為了守護GBN世界，九條響也率領的抗霸聯盟接受了這場挑戰。於是這場賭上了各自心願的決戰，就此揭開了序幕。

第二次抗霸聯盟戰也漸入佳境，總算進入了小陸與九條響也對峙的最後局面。小陸回想起曾經與自己的目標冠軍約定好，卻在此時感到迷網。然而響也還是以一介潛網者的身分，嚴厲地向小陸喊話。

團體攻略戰頭目機在程式錯誤的影響下變得更凶暴,而這樣的異變體也在各地出現。盤據在遠東基地大廳高塔的異變體更是急速地侵蝕著主系統，再這樣下去將會讓整個GBN世界崩潰。匯集了小陸與夥伴們，以及所有潛網者力量的團體攻略戰即將開始。