三上陆与好友日高勇夫，在观看过冠军九条响也的高达模型对战之后，决心投入GBN的世界。对于第一次成为潜行者的小陆与小勇而言，计算机虚空间（次元世界）里的一切都超乎想象、新奇刺激。小陆和小勇在玛姬的指导下第一次驾驶各自高达的执行任务，期间突然收到一个求救信号。他们到达信号发出地点时，遇到了神秘少女莎拉。并且有一位潜行者正躲在附近窥视着他们两人。

小陆与小勇正在回顾第一次的GBN体验。想要拉拢他们两个加入足球社的桃华却在此时出现,不过还是没能阻止小陆他们进入GBN。两人再度潜行进入计算机虚空间（次元世界）,与莎拉再度碰面。这次他们不是要进行高达模型对战,而是要挑战以收集关键道具为目的的收集任务。就在他们采集到花朵而返程的途中，遇到了上次偷袭他们的潜行者多杰，以及多杰的哥哥“食人魔”。

小陆目睹了高达模型分组淘汰赛的激战，更加确定自己对冠军充满着憧憬。于是与勇夫一起测试他们分别准备的新武器。桃华受到他们两人的热诚感召，终于决定要参加GBN。三人潜行到次元空间之后，遇见一位自称“响也”的青年潜行者要求他们协助进行连战任务。就在他们执行任务的途中，突然遇到了几名“大潜行者”的拦截，而且任务系统也因“大潜行者”的出现变得异常，作为任务最终关卡的BOSS恶魔高达突然暴走起来。

九条响也说出他想保护GBN世界的心情，让小陆明白自己同样身为潜行者，水平相差太多了。这让小陆烦恼不知道该怎么做才能拉近与冠军的距离，于是玛姬就介绍熟识的潜行者给小陆。小陆为了找到自己该走的路，和小勇以及取得正式账号的桃桃，连同莎拉一行四人，要潜行进入充满中国风情的世界埃斯坦西亚区（エスタニア・エリア）了。在那里，他们遇到了战队“虎武龙”的潜行者虎狼。在虎狼的指导下，小陆他们进行了训练。

小陆一行人下一个目的地是聚集了全球制作者，未经许可不得驾驶高达模型进入的中立地带波斯区（ペリシア・エリア）。四人走在一望无际的大砂漠，然而不管再怎么走都是会浮现海市蜃楼的相同风景，终于让他们累垮了。就在此时出现一辆吉普车。驾驶者是一位自称“菖蒲”的女性潜行者。在菖蒲的协助下，小陆他们终于到达了波斯，在那里看到了展示着的各种各样的优秀高达模型。其中就有鼎鼎有名的高达模型制作者沙赫里亚尔的作品，不过小陆说从这作品感受不到制作者的“爱心”。菖蒲揭穿了那名“沙赫里亚尔”是冒牌货后，恼羞成怒的他袭击小陆等人，并且那人还是一名“大潜行者”。这时，出手相助小陆的人是……

小陆等人下定决心要自己成立战队。虽然他们很想透过成立战队找到自我的风格与力量，却找不到适合的新成员。沙赫里建议如果想往上爬，就应该找一个高手加入，并提到了桃桃租借的那架制作精良的卡布尔的制造者。小陆他们询问奈奈美，得知那架卡布尔的制造者正是奈奈美的哥哥七濑光一。小陆邀请光一加入他的战队，光一却表示自己已经“退休”了。但是，经不住小陆的纠缠的光一暗地里登陆GBN，然后遇到了少女莎拉，以及跟小陆相识的玛姬、虎狼、沙赫里等著名潜行者们。光一也渐渐地对小陆产生兴趣。另一方面，小陆从奈奈美那里得知光一“退休”的原因。

小陆终于成立了新部队「创制潜行者（Build Divers/ビルドダイバーズ）」，而初战就选了只限战队参加的团体战「战队对决」。为了应付一个星期之后的对战，队员们在KO-1的建议下强化高达模型。正当一切进展顺利时，却突然发现意想不到的问题——莎拉没有高达模型。这样就没有五对五比赛了。这个时候，小陆再次遇到之前在波斯相会的女性潜行者菖蒲，并邀请她加入战队“创形者”。比赛那天，他们得知的跟他们比赛的战队竟然是隆美尔教导下的新兵战队，而玛姬、虎狼、沙赫里，甚至九条响也也为小陆他们的首次“战队对决”助威。小陆他们到底能够获胜？

因为“创制潜行者”亮眼的出道战让人留下强烈的印象，来自其他部队的对战申请蜂拥而至。于是队员们想要赶快决定下一个对手，趁胜追击。这时候玛姬出现了，告诉他们组队之后除了战斗还有其他事可以做，比如参加期间举办的限定战队参加的战队节庆典“霸熊节”。就在他们愉快地参与“霸熊大挑战”活动任务期间，却出现了一名出乎意外的女性“大潜行者”。

「创制潜行者」决定参加随机决定对战内容的随机对战任务。而对手就是小陆第一次战胜的对手多杰，以及让他第一次尝到败北滋味的食人魔所属的战队「百鬼」。为了验证自己的成长，小陆期待着运用累积至今的经验以及所得到的力量，与食人魔正面对决。而另一方面，多杰也为了对小陆报仇，燃起熊熊斗志，甚至借助于外挂贴纸的力量。

非官方工具的外挂贴纸，以及使用它们的大潜行者的威胁未见停息。那股力量进化后，甚至连隆美尔的战队都败在他们手上。冠军九条响也为了守护GBN，试图跟GBN运营官方人员“游戏大师”接触，官方却表示系统没留下外挂贴纸存在的证据而不作出处理。于是，九条决定私下组建“志愿者联盟”对抗大潜行者，并开始了以揪出散布外挂贴纸的幕后黑手的真实ID为目的的大作战。

冠军率领的志愿者联盟与大潜行者的战争，正处于白热化阶段。菖蒲却突然妨碍小陆的前进，开始说出她加入创制潜行者队的真正原因。而那个原因与她的过去有很深的关系——过去菖蒲加入某个全员热爱SD高达的战队，随着战队的排名提升，他们遇到的对手也越来越强。面对屡战屡败的状况他们的队长决定放弃SD高达，改用写实型高达；作为代价，他将象征队员们友情的某部SD高达模型换给了某位供应商。但是状况得不到改观，队员们也一个个地离去，最后连队长本人离开，只剩下菖蒲一个人。菖蒲认为只要取回那部象征友情的SD高达模型，大家就会回来。结果菖蒲当了那位供应商的手下，帮他散布外挂贴纸，作为间谍瓦解各种妨碍到他们的战队，越陷越深。

小陆与莎拉终于对上了控制大潜行者的幕后黑手，柴司。即使柴司全身散发出对GBN的强烈憎恨，他们还是试图与柴司对话。另一方面，在主战场的资源卫星附近的宇宙空间，靠着外挂贴纸的力量得到更强威力的巨大MA大扎姆已经启动了，其引起程序错误向其他服务器蔓延，GBN面临全面崩毁的危机。冠军九条、隆美尔等人试图阻止大扎姆，可是无论是远程攻击还是近战都对其无效。小陆决心守护GBN，启动了高达00潜行者的Trans-AM系统，并在莎拉的神秘力量下化出“光之翼”，消除了所有外挂贴纸及其带来的影响。

与大潜行者的战斗结束了，在志愿者联盟的努力下，把外挂贴纸从GBN完全铲除了。潜行者们在阿瓦隆的战队据点举行的庆功会上互相称颂。然而却不见小陆等人的创制潜行者队员的身影，原来他们正为菖蒲内疚而不肯归队一事而烦恼着。就在小陆思考怎么迎回菖蒲的时候，一名陌生人出现出现在他面前。那人给小陆口信，以给回那台菖蒲一直想要的那台SD高达模型为条件，要求登出GBN的小陆带着高达00潜行者单刀赴会，而会面者是正是柴司。柴司用他的无名异端高达，跟小陆进行一场GPD——现实世界的高达模型对战。

在实机对战「GP对战（GPD）」上与柴司展开的一场生死斗中，小陆的高达00潜行者王牌受到重创。由于GPD和GBN不同，可能会让重要的伙伴在现实世界中受创，光一担心小陆会因此而受到打击，所以设法鼓励他。可是小陆的反应却让人非常意外。小陆想制造一个继承高达00潜行者灵魂的新机体模型，却又没有灵感。光一建议他尝试回归原点，于是小陆带着莎拉重游GBN，回想其至今遇到的人和事。看着破损的高达00潜行者胸前的伤口，感受到高达00的小陆眼前出现了新机体的姿态。于是，在创制潜行者众队员的帮助，小陆开始了新机体的制作。

创制潜行者队突破了难关任务的莲花挑战，得到了GBN世界的奖金。小陆等成员们正在思考要如何利用奖金达成各自的梦想时，桃桃提议买下某个岛屿作为战队巢穴。但没想到，那岛屿却有另一个战队同时竞买，于是卖家提出抢夺旗帜的战队比赛，由胜利一方者买得岛屿。而与创制潜行者竞争的战队，是菖蒲的以前伙伴希罗带领的SD高达战队，其名为“新生夏诺瓦”。

创制潜行者队的成员们正在尽情享受新的战队巢穴的一流设施。小勇认为都是多亏小陆的潜行者实力大幅提升，他们才能得到这个与知名战队相比也毫不逊色的环境。然而在他心中，同时间也萌发了一个想法。为了增强自己的实力，在玛姬的建议下，小勇决定参加镜子任务，这时遇到了同样要报名参加的“百鬼”的多杰。

作为一名潜行者，小陆已经成长到可以在GBN的限时抢攻任务进入前十名。在创制潜行者队的伙伴与各位潜行者前辈的祝福声中，虎武龙战队的虎狼也不再把曾跟随他修练的小陆视为徒弟，而是一名劲敌了。于是，虎狼来到创制潜行者的战队巢穴，邀请小陆参加“虎武龙”召开的对战活动“龙虎祭”，在那里和小陆进行一对一的对战。

头目战的宣传活动之一，只限女性参赛的抚子竞技即将举行。只要夺冠就可以获选为招募女性潜行者活动的形象女郎，让女性潜行者都趋之若鹜。这个消息也传到了GBN外的奈奈美耳中。想当形象女郎的奈奈美第一次登陆GBN。参加抚子竞技，除了奈奈美、菖蒲、桃桃、莎拉外，还有“阿瓦隆”的艾米莉亚、“百鬼”的玫瑰、“新生夏诺瓦”的成员等潜行者。就在她们进行比赛的时候，某个原因不明的程序错误正悄悄地逼近。

奈美因为抚子竞技这个契机，加入了创制潜行者队。她还把哥哥也拖了下水，帮助她进行高达模型对战出道计划。奈美想装潢自己的房间，列举了一个道具清单，要大伙人陪她一起参加各种游戏任务，感受GBN的乐趣。就在大家休息的时候，GBN的防卫机突然出现，并袭击莎拉。这时出来帮助大家脱困的自称是GBN研发人员的鸟型潜行者。她告诉创制潜行者众成员，莎拉是诞生于GBN电子空间的电子生命体的真相，近期GBN发生的大量程序错误都是源自莎拉。另一方面，同样查到程序错误源头的BGN官方管理员游戏大师，开始了抹杀莎拉的行动。

GBN官方公开宣布莎拉是电子生命体「EL潜行者」，而且她就是产生程序错误的原因，同时他们也着手搜索她的行踪。另一方面，小陆跟创制潜行者成员们也开始寻找不辞而别的莎拉。食人魔对小陆在配对战中的弃权行为感到不满，于是驾驶他的新机体阻拦在寻找着莎拉的小陆面前，挑起了战斗。而独自行动的光一为了找出拯救莎拉的办法，在现实世界中约了柴司见面。另一方面，冠军响也找到了逃亡中的莎拉。

莎拉被响也重建的志愿者同盟囚禁起来，等待官方完成删去莎拉的修补程序。光一向创制潜行者的成员发来讯息，说找到了同时拯救莎拉和GBN的方法，那就是借助创制贴纸（原外挂贴纸）把莎拉的人格数据输送到现实世界的GBD用高达模型，可是成功率只有5%，失败的话不仅莎拉会消失，整个BGN也会崩毁。官方不屑地否决了这一提议。小陆闯进“阿瓦隆”的基地，跟响也见面，通过响也的话得到启示。官方终于完成补丁举手相庆的当天，小陆向响也提出了高达模型对战。这是由寥寥几人的创制潜行者及其盟友对抗数万人组成的志愿者同盟的旗帜争夺战，几乎不可能胜出的挑战。

创制潜行者队为了救回莎拉，提出以战队对决分胜负。而率领志愿者联盟的九条响也亦为了守护GBN，决定接受挑战。这场赌上双方信念的决战，终于拉开帷幕。小陆他们采用闪电战兼诱导作战的战术，伪装高达00的坠机，其人成员正面突破敌军，暗地里小陆、桃桃分别利用水路和下水道接近城堡。攻防战中，虎狼遭遇到了宿命的对手沙赫里亚尔。虎狼驾驶激炎双头龙高达全力地挑战沙赫里亚尔的炽天使高达舍赫拉查德。另一方面，察觉到对方战术的响也，采取行动并驾驶他的新机体出击。

第二次志愿者联盟战也进入高潮，小陆与九条响也终于对峙。小陆回想起曾经与作为目标的冠军约下的承诺，变得犹豫不决。然而响也只是以一个潜行者的身份，义正词严地向小陆说话。就在创制潜行者队日陷入苦战之际，食人魔率领着“百鬼”出现在战场……

头目机在程序错误的影响下变得凶暴起来，同时间异变体也在各地出现。盘据在极东基地大厅高塔的异变体更是急速地侵蚀着主系统，这样下去将会让整个GBN世界崩溃。汇集了小陆与伙伴们，以及所有潜行者力量的头目战即将揭幕。