Yukio et Riku vont goûter pour la première fois à un jeu très en vogue, Gunpla Battle Nexus Online, après être tombés sous son charme lors d'un match d’exhibition. Leurs premières rencontres dans cet univers seront assez déconcertantes.

Alors qu’ils discutent de leur première expérience dans GBN, Riku et Yukio croisent Momoka. Elle tente de les faire entrer au club de foot, sans succès, et les deux garçons retournent dans GBN. Là-bas, ils retrouvent Sarah et décident d’effectuer une mission de collecte, dont le but est de récupérer un objet bien précis.

Devant une vidéo du match du champion, Riku se jure encore une fois de devenir son égal. Alors que Yukio et lui s’apprêtent à tester leurs nouvelles armes, Momoka se décide à s’inscrire à GBN. Les trois amis se plongent dans Dimension, où un Diver répondant au nom de Kyôya souhaite les accompagner dans une mission dite « série de batailles ».

Riku réalise la différence de niveau entre lui et Kyôya Kujô, qui souhaite défendre le monde de GBN. Alors qu’il se demande comment il pourrait combler l’écart entre eux, Magee propose de le présenter à un ami Diver. Riku plonge dans le monde de la Zone d’Orientie, inspirée de la Chine, pour savoir quel chemin suivre. Il y sera accompagné par Yukio et Momoka, désormais officiellement inscrite.

Riku et ses amis se mettent en route pour Persia, une zone neutre où des Builders du monde entier se rassemblent et où il est interdit d’apporter son Gunpla sans permission préalable. Alors que les trois Divers traversent un immense désert, ils sont déconcertés par un mirage qui ne change jamais où qu’ils aillent. Là, une Diver nommée Ayame apparaît au volant d’une jeep.

Riku et ses amis fondent leur propre force. Certes excités de découvrir leur propre style de combat, ils ont du mal à recruter leur dernier membre. Shahryar les prévient que s’ils sont ambitieux, ils devraient chercher quelqu’un d’expérimenté, tel le Builder du sublime Kapool loué par Momoka.

Riku a enfin fondé sa propre force, Build Divers, et décide que sa première mission sera une bataille de forces. Tous les membres se préparent d'arrache-pied pour la bataille, qui aura lieu une semaine plus tard, et peaufinent leur Gunpla sous la houlette de Kôichi. Cependant, un imprévu survient...

Les performances des Build Divers lors de leur premier match impressionnent les autres forces, qui multiplient les demandes de batailles. Alors que Riku et ses amis choisissent leur prochain adversaire, Magee survient et leur montre que les forces servent à autre chose que livrer des combats.

Les Build Divers lancent une bataille aléatoire où, comme son nom l’indique, les équipes sont sélectionnées aléatoirement. Ils se retrouvent à affronter une force nommée Pandémonium, dont font partie Dôji, contre qui Riku a goûté à la victoire pour la première fois, et Ogre, qui lui a infligé sa première défaite. La joie de Riku redouble d’intensité à l’idée d’affronter Ogre avec plus d’expérience de jeu, mais Dôji, lui, se révèle obsédé par la vengeance…

Les nombreux Break Decals en circulation dans GBN, et les Mass-Divers qui les utilisent, constituent une menace croissante pour le jeu en ligne. Les Mass-Divers ont acquis assez de puissance pour défaire la force de Rommel. Devant la nécessité de protéger le monde qu’il chérit, Kyôya Kujô fait appel à des joueurs d’exception.

Alors que la bataille entre la Coalition des Volontaires et les Mass-Divers fait rage, Ayame empêche Riku d’avancer et révèle ce qui l’a amenée à rejoindre les Build Divers. Ce secret et son passé sont profondément liés…

Riku et Sarah atteignent enfin l’homme derrière les agissements des Mass-Divers. Malgré la haine de GBN qui coule dans ses veines, ils tentent de connaître ses motivations. Peu après, un énorme Mobile Armor apparaît au satellite minier où la Coalition lutte, augmentant encore la puissance des Mass-Divers.

La bataille du satellite minier est achevée, et grâce à la Coalition des Volontaires, les Break Decals ont disparu de GBN. Les combattants célèbrent leurs victoires au foyer de force d’Avalon, mais Riku et les membres de Build Divers ne sont pas à la fête…

Le 00 Diver Ace de Riku a été endommagé durant le GP Duel contre Tsukasa Shiba. Cela se traduit par une maquette en morceaux. Kôichi, inquiet pour Riku, tente de le réconforter, mais sa réaction va l'étonner.

Riku et sa force ont réussi le défi du Lotus, obtenant ainsi la plus grande récompense jamais attribuée sur GBN. Alors qu'ils se demandent comment la dépenser, Momo propose quelque chose encore plus grand que grand.

Les Build Divers profitent de leur nouveau foyer de force, qui rivalise avec celui des toutes meilleures équipes. L’admiration de Yukki pour Riku grandit d’autant, mais au fond de lui, un nouveau désir naît.

Riku s’améliore encore plus et fait un des dix meilleurs scores de GBN en contre-la-montre. Ses équipiers et autres amis en jeu le félicitent, mais Tigerwolf ne s’arrête pas là. L’ancien professeur de Riku, chef de la force Toraburyû, le voit désormais comme un rival et le provoque en duel.

Un événement réservé aux femmes, le Nadeshiko-athlon, aura lieu juste avant le raid. La gagnante jouera le rôle de mannequin pour la prochaine campagne publicitaire de GBN pour attirer plus de joueuses, et Nanami en a vent…

Le Nadeshiko-athlon a motivé Nami à rejoindre les Build Divers. Alors qu’avec son frère, elle continue ses préparatifs pour son premier combat de Gunpla, Nami propose quelque chose à ses nouveaux équipiers afin de s’amuser encore plus dans GBN.

L’administration de GBN traque Sarah, une forme de vie artificielle qu’ils appellent officiellement « El-Diver » et considèrent comme la cause des bugs se produisant dans le jeu. En parallèle, Riku et les Build Divers la cherchent de leur côté.

Les membres de Build Divers sont choqués de voir Sarah aux côtés de Kyôya Kujô dans une diffusion en direct transmise à tous les Divers. Le discours de Kyôya, dur dans sa forme, donne l’impression de voir un autre homme. Pour lever le voile sur les motivations de Sarah à quitter ses amis, Riku essaie de contacter Kyôya.

La Coalition des Volontaires, commandée par Kyôya Kujô, accepte de jouer le destin de Sarah sur la bataille de forces proposée par les Build Divers. Les joueurs entament la bataille décisive, animés par leurs convictions.

L’intensité de bataille contre la nouvelle Coalition des Volontaires a atteint son paroxysme. Riku se remémore la promesse échangée avec le champion et hésite, mais Kyôya lui rappelle froidement la situation dans laquelle il se trouve.

Les bugs détraquent le boss du raid et entraînent des anomalies dans tout GBN. Celle de la tour d’accueil de la base d’Extrême-Orient attaque violemment le système principal du jeu, le menaçant de destruction. Riku et ses équipiers, finalement rejoints par tous les Divers, unissent leur force pour venir à bout du raid.