森ノ宮学園の理事長のもとに引き取られ、暮らし始めた竜一と虎太郎。面倒を見てもらう交換条件として、竜一は学園の保育ルームでベビーシッターをすることになった。保育ルームには、幼い虎太郎と同じくらいのにぎやかなベビーズがいて…

学校の廊下で騒ぐベビーズのことで、竜一は特進クラスの猪又まりあに厳しく注意されてしまう。ところが放課後、その猪又が保育ルームにやってきて…。保育ルームのみんなで動物園に遠足に行くことに！ はしゃぐベビーズの中で、鷹だけは兄の隼と喧嘩中でご機嫌ななめ。強がるけれどやっぱりなんだか寂しくて…。

学園内が浮き立つバレンタインデー。特進クラスのイケメン山羊と学年2位の秀才根津は女子に大人気。そんな人気者の山羊がベビーシッター部に入部したいと言ってきて…。校庭のまわりをお散歩するベビーズ。少し目を離した隙に、拓馬が怪しげな男につかまってしまう！ 慌てて助けた竜一たちだが、その男の正体は人気俳優の狸塚恒介だった！

高校生になった竜一は、部活の新入生勧誘に賑わう校内を保育ルームのみんなと見学することに。竜一も「ベビーシッター部」の部員を増やすべく頑張るが、なかなかうまくいかなくて…。竜一が風邪をひいて寝込んでしまった！ 早く良くなるようにと、虎太郎は理事長と一緒に特製ドリンクを作ることに。一生懸命「れもちゃ(レモン)」を絞るが…。

突然保育ルームにやってきた2年生の犬井先輩。しかも美鳥が将来の自分の娘になると言い出して…。まさか犬井は猿渡先生の不倫相手!? いつも仲良しなベビーズだが、魔女になるための勉強をしたい奇凛と、レンジャーごっこをしたい鷹が大喧嘩。魔女なんかいないと言われた奇凛は、自分がほうきで空を飛んで証拠を見せると言い切るが…。

休日、家の庭で遊んでいた虎太郎は、なぜか生垣に挟まり動けなくなっている男の子を見つける。根津そっくりのその子は根津の弟の吉だった。助けてあげようとする竜一だが、なんだか訳ありの様子で…。保育ルームに置き忘れられた竜一のお弁当を、虎太郎がたったひとりで教室に届けるという。気合い十分な「はじめてのお使い」だが、その道はなかなか厳しい…。そんな虎太郎を助けてくれたのは、紙袋を被った謎の「袋仮面」…!?

中々遊びに来てくれない猪又に会いたくて、虎太郎を連れて保育ルームを抜け出した奇凛。猪又が保育ルームに来ないのは竜一のことが嫌いだからだと勘違いした二人は、一生懸命竜一の魅力を猪又に伝えようとするが…。いつも一緒の拓馬&数馬だが、数馬が風邪をひいたため、保育ルームにやってきたのは拓馬ひとり。いつもと変わらずニコニコ元気に虎太郎たちと遊ぶ拓馬だが、本当はやっぱり…。

初めてラブレターをもらった竜一は、保育ルームでもなんだか上の空。ベビーズからも心配されてしまう。竜一がまた風邪をひいたと思った虎太郎は学園に行く途中、「薬」を探すために竜一とはぐれてしまい…。狼谷兄弟と一緒に夏祭りに行くことになった竜一と虎太郎。お祭りを楽しむ4人だが、ふと気が付くと、鷹の手からおもちゃの剣がなくなっていて…。

保育ルームのみんなで海水浴！ 今日はママたちと猪又も一緒だ。大はしゃぎのベビーズだが、虎太郎は海に入るのが怖い様子。浜辺で砂遊びに付き合った竜一は、虎太郎のお昼寝中に少し泳ぐことにしたが…。隼とケンカして大泣きしながら保育ルームにやってきた鷹。ケンカの原因は落書きされた野球のサインボール。怒った隼は朝から鷹を完全無視しているらしい。狼谷先生に頼まれた竜一が隼の様子を見に行くと…。

楽しい文化祭が始まった。保育ルームの模擬店は「おやさい喫茶」。野菜の着ぐるみ姿のかわいいベビーズのために、今日はみんなのパパたちがやってくる！ でも熊塚先生は竜一たちにお願いがあるという。そのお願いは…女装!? 理科室の孵卵器で温めている鶏の卵がもうすぐ孵化しそうだ。狼谷先生に誘われて卵を見に行くが、ひよこはなかなか生まれずベビーズは不満顔。ひとり熱心に卵の観察を続けた虎太郎の目の前でついに…！

風邪を引いてお休みの兎田の助っ人として、犀川がベビーシッターをすることになった。何事も器用な犀川だが、果たしてうまくベビーズのお世話をすることができるのか。心配する兎田のもとに、犀川から緊急連絡が…!? 猪又に誘われて初めて保育ルームにやってきた牛丸。実は小さい子が苦手な牛丸はベビーズに囲まれてたじたじ。苦手意識を克服するために、みんなで散歩にでかけることになって…。

日曜日にクラスメイトと遊びに行くことになった竜一。虎太郎抜きのお出かけは初めてだ。犀川と一緒にお留守番の虎太郎はしょんぼりしていたが、ボール遊びの最中にたまたま書庫を見つけて…。もうすぐクリスマス。サンタクロースからのプレゼントが待ちきれないベビーズと、かわいいわが子のために準備するパパたちを見ながら、竜一も虎太郎を喜ばせたいとサンタになる方法をあれこれ考え始めるが…。