히로가 마음에 든 제로 투는 제13도시에 남기로 한다. 하지만 히로에게는 제로투와 스트렐리치아에 탔던 때의 기억이 거의 남지 않았기에 자신이 제대로 조종했는지 불안에 휩싸인다. 한편, 이치고는 제로 투에게 히로와 더 이상 얽히지 말아달라 부탁하는데.

기동 테스트에 실패한 후 서로 어색해진 히로와 이치고. 하지만 히로는 제로 투와 다시 한번 스트렐리치아에 타고 싶어했고, 고로는 히로에게 세 번 이상 제로 투와 탑승한 사람은 없다는 것을 상기시켜주는데.

스트렐리치아에 탑승했다가 크게 다치고 만 미츠루. 그로 인해 파트너 살해범이란 제로 투의 소문은 확실시되었다. 그럼에도 불구하고 히로는 제로 투와 함께 스트렐리치아에 타고 싶어하는데.

제13 플랜테이션 세라수스와 제26 플랜테이션 크리산세멈의 키싱이 시작되었고, 덕분에 아이들에게 다른 부대 패러사이트들을 만날 기회가 생겼다. 한편 고로는 히로의 몸에서 심한 열이 들끓는 것을 발견하는데.

대규모 규롱과의 싸움에 나선 26부대와 13부대. 짐짝 취급을 받으면서도 스트렐리치아는 아껴두려던 이치고, 고로의 작전과는 달리 스트렐리치아는 예상보다 빨리 출격하게 되는데.

26 플랜테이션과의 키싱이 성공해 13부대는 휴가를 받게 되고 히로는 제로 투의 파트너로서 정식 패러사이트로 임명받았다. 처음으로 시설을 나가 바다에 나가게 된 아이들은 흥분을 감추지 못하는데.

13부대 피스틸과 스테이맨 사이에 큰 싸움이 일어났다. 싸움의 이유는 규룡과의 싸움 도중 남자가 여자의 몸을 엉큼한 눈으로 봤다는 것이었다. 하지만 그 싸움의 내면에는 '사춘기'가 존재했는데.

13부대에는 1년에 한 번, 아버지로부터 선물을 받는다. 늘 그랬듯 이치고는 솜인형을 받았고, 그런 이치고에게서 시선을 떼지 못하는 고로였다. 혼자 선물을 받지 못한 제로 투를 위해 히로는 나오미가 두고 간 거울을 건네는데.

그동안 규룡과 싸운 것을 높이 평가받아 훈장을 수여받게 된 13부대. 수여식은 제1청사에서 이루어지기 때문에 아이들은 처음으로 도시 안으로 들어가볼 기회가 생겼는데.

규룡을 물리치던 중, 미츠루가 발열 증세를 보여 제니스타가 움직일 수 없게 된다. 발열은 일시적인 증세이긴 하나 평소에도 미츠루는 이쿠노와의 연결이 안정적이지 않았다는 문제점이 있었다. 이에 나나는 아이들에게 파트너 셔플을 제안하는데.

검사를 받기 위해 패러사이트 육성 시설인 '가든'에 오게 된 13부대. 사실 이번 검사의 주 목적은 제로 투의 검사였다. 그리고 13부대는 그곳에서 APE 직속 친위부대인 나인즈를 만나게 되는데.

아이들만이 사는 닫혀 있는 세상 '가든'. 여느 때처럼 테스트를 받고 돌아가던 히로는 빨간 뿔이 달린 한 여자아이를 보게 되는데.

기억이 돌아온 히로와, 자신이 애타게 찾던 사람이 히로임을 깨닫게 된 제로 투. 서로에게 할 말이 많은 두 사람이었지만 강제로 떨어져 쉽사리 다시 만나질 못하게 되는데.

제로 투가 미스틸테인에서 나간 후 13부대는 그랑크레바스라 불리는 규룡의 거점을 제압하는 작전에 참여하게 된다. 하지만 여태까지와 규모가 전혀 달라 작전에 애를 먹는 도중 나인즈가 등장했다. 그리고 그 속에서 스탬피드 모드로 전투에 임하는 스트렐리치아의 모습이 보였는데.

그랑크레바스 전투 이후 한 달이 지났다. 13부대는 전투의 피해를 입은 미스틸테인에 그대로 머물고 있었다. 하지만 이전과는 달리, 식사 및 청소를 해주는 도우미가 없었고 어른들로부터의 연락마저 없었다. 그들을 찾아오는 건 그저 일주일에 한 번만 보급되는 식량뿐이었는데.

어른들에게서 연락 없던 나날이 이어지던 중 급작스럽게 나인즈가 미스틸테인에 방문했다. 13부대 아이들의 상태를 보러 아버지가 보냈다는 말에 버려진 게 아니었다며 안심하는 아이들이었는데.

아이들과 접촉을 피해왔던 하치였지만 오랜만에 지시를 내리게 된다. 다음 보급선이 오면 그걸 타고 패러사이트 수용 시설로 가게 된 13부대. 미스틸테인을 떠나기 전, 아이들은 코코로와 미츠루의 결혼식을 올리기로 하는데.

2025년, 박사가 아직 베르너라는 이름으로 불리던 시절. 클론 실험 및 불법 실험을 강행하고 있던 베르너에게 APE라는 조직의 스카우트 제안이 들어오는데.

지난번 전투로 제압에 성공한 그랑크레바스. 그 지하에는 거대 병기인 스타 엔티티도 있어 함께 탈환에 성공하였다. 하지만 스타 엔티티를 되찾기 위해 규룡들이 대규모로 몰려오는데.

코드 001, 규룡의 공주는 스트렐리치아를 이용해 스타 엔티티를 기동시킨다. 그 순간 갑자기 하늘에서 규룡의 공주가 진정한 적이라고 부르는 뷔름이 나타난다. 아이들은 혼란에 빠지고 제로 투는 히로를 되찾기 위해 박사를 찾아가는데.

인간과 규룡의 싸움은 끝나고, 규룡은 침략자인 뷔름에 대항하기 위해 우주로 향했다. 그리고 그 중에는 아무도 타고 있지 않은 스트렐리치아도 포함되어있었는데.

스트렐리치아 아파스에 혼자 타고 있는 제로 투와 만나기 위해 우주로 향한 히로. 하지만 우주로 나가보니 규룡과 뷔름은 거대한 싸움을 벌이고 있었는데.

동료들과 헤어진 히로는 VIRM과 최후의 결판을 내기 위해, 스트렐리치아 아파스와 함께 우주의 끝으로 향한다. 허무와도 같은 새카만 우주공간을 계속해서 날아다닌다. 마치 영원한 것으로 느껴지는 여행길로 인해 결국 히로는 시간 감각조차 잃어버리게 된다. 한편, 지구에서는 이치고 일행이 우주에서 돌아온 지 벌써 수 년이 지나있었다. 그들은 수많은 시련을 극복하고 드디어 평온한 일상을 보낼 수 있게 되었는데.