Avril. Élève de première au lycée, Arato vit une vie normale en compagnie de ses amis Ryo et Kengo. Jusqu'à une soirée fatidique. En rentrant d'aller faire les courses, Arato est attaqué par un hIE corrompu, mais une magnifique hIE nommée Lacia vient à son secours.

Après avoir conclu un contrat de propriété avec Arato, Lacia vient vivre chez les Endo. Le sœur d'Arato, Yuka, accepte pleinement Lacia, et la fait même participer à une audition pour mannequins hIE. Pendant ce temps, Arato ne peut cacher son inquiétude de vivre avec quelqu'un ressemblant à une magnifique fille de son âge.

Malgré sa connaissance du piratage analogique, Arato ne peut s'empêcher d'être attiré par Lacia. Au milieu de tout ça, Lacia est « kidnappée » sous le nez de Yuka. Arato est en colère contre la police et sa réticence à traiter cela comme autre chose qu'un vol de bien, alors il demande de l'aide à Ryo et Kengo pour mener leur propre enquête.

Kouka est une hIE violente qui se proclame être la sœur aînée de Lacia. Avec le contrôle qu'elle possède sur le réseau anticorps, elle compte mener à bien un acte de terrorisme terrifiant. Quand Arato apprend que ce plan met Kengo en danger, il entreprend de le sauver avec l'aide de Lacia.

Arato arrive au Parc des Expositions où le réseau des anticorps a planifié une attaque terroriste. Alors qu'il se rend à l'étage, il tombe sur Mikoto, la politicienne androïde créée par son père, ce qui le met mal à l'aise. Peu après, le groupe de terroristes mené par Kouka et une autre hIE de type Lacia arrivent également sur les lieux. Un combat va éclater !

Lacia décroche un nouveau contrat en tant que mannequin. Elle rejoint une campagne de promotion pour un nouveau type de relations entre hIE et humains, dans lesquelles les deux partenaires sont considérés comme étant égaux. Alors que la campagne est surnommée "Boy meets Girl", Arato est stupéfié par ce concept audacieux, qui espère bouleverser la société.

Après avoir signé un contrat avec Shiori, Methode attaque soudainement Lacia sur le tournage d'une publicité. Tandis que la relation entre Arato et Lacia est sur le point d'être à nouveau chamboulée, une nouvelle élève intègre le lycée d'Arato. Il s'agit d'Erica Burrows, la Belle au bois dormant du XXIe siècle, qui vient juste de sortir de biostase. Arato perçoit de l'animosité de sa part.

Shiori met son plan en marche. Si elle continue, Arato va perdre ses droits sur Lacia. "M. Arato, permettez-moi de rester avec vous." Cette demande inattendue de Lacia émeut Arato, qui se rend à l'aéroport international de Chubu pour stopper Shiori.

Arato est renvoyé pendant deux semaines et doit rembourser 4.5 millions de yens suite aux dommages causés durant le combat entre Methode et Lacia. Afin de s'excuser auprès de son père, Kozo, qui a offert de payer la moitié des frais, Arato emmène Lacia, Yuka et Ryo à Tsukuba, où une expérience de grande ampleur est réalisée sur les hIE.

Methode kidnappe Yuka sous les yeux de Lacia. Arato et Ryo partent immédiatement à sa recherche, mais ils font face à tous les hIE infectés par Ginga Watarai, dont le comportement ressemble à celui de zombies. Afin de redonner aux hIE le contrôle d'eux-mêmes, Arato et Ryo se rendent au centre administratif, mais...

La mort de Ginga Watarai met fin à l'incident du Centre de recherche. Arato a profité du chaos pour avouer ses sentiments à Lacia, qui les a acceptés. Face à ce nouveau couple, Yuka est mitigée. Pendant ce temps, les forces de l'ordre et les propriétaires d'hIE classe Lacia commencent à réagir à cette situation en constante évolution.

Alors qu'elles ont été convoquées par Erika à la résidence des Burrows, le combat entre les hIE de classe Lacia passe à l'étape supérieure. Tandis qu'elles réfléchissent toutes à leur prochain coup, Kouka voit la possibilité d'un futur disparaître lorsqu'elle est suspectée par la police d'avoir provoqué l'attentat de l'aéroport de Chubu.

Kouka lance de son propre chef une attaque terroriste contre le Centre de Recherches Next-Gen. Des images illustrant le pouvoir de destruction de Kouka sont diffusées dans le monde entier, provoquant la peur et la colère de la population. Ces sentiments font partie du destin de Kouka.

Kengo est arrêté par les forces de l'ordre suite aux activités terroristes de Kouka. Arato décide de voler au secours de Kengo et donne des ordres en ce sens à Lacia. Suite au plan élaboré par Lacia, Arato se retrouve face à la société militaire privée « HOO », le groupe responsable de la destruction de Kouka.

Déstabilisée par la destruction de Kouka, Snowdrop a pris le contrôle sur le bâtiment abritant le transformateur électrique de Mitaka, mettant ainsi la main sur une source d'énergie suffisante pour réduire les alentours en poussière. Arato et Lacia tentent de l'arrêter, mais Methode et Ryo se mettent en travers de leur chemin.

Le secret de Lacia est révélé. Arato est incapable de l'accepter et s'éloigne d'elle. Seul et sans défense, il est capturé par Ryo et Methode. Là-bas, il est contraint de regarder Snowdrop mettre son plan destructeur en marche.

Poussé par Shiori et Yuka, Arato décide de faire face à Lacia. Si cette dernière suit toujours le dernier ordre donné par Arato, elle devrait être en train d'essayer de stopper Snowdrop. C'est avec cet espoir qu'Arato se rend à Mitaka, un endroit que le pouvoir destructeur de Snowdrop a rendu méconnaissable.

Deux mois se sont écoulés depuis les événements tragiques de Mitaka. Un semblant de normalité s'est installé sur la société. De leur côté, Arato et Lacia font profil bas et se préparent à l'avenir. Cependant, leur brève période de bonheur est interrompue lorsqu'ils sont contactés par la super-intelligence artificielle Astraia.

Les super-intelligences artificielles ont provoqué un changement dans la société. Tandis que le combat autour d'Arato et Lacia passe au niveau supérieur, les leaders de la vieille garde réfléchissent à un moyen d'augmenter leurs profits. Parmi eux, seule Erika Burrows exprime de la colère envers leur stupidité.

La super-intelligence artificielle Higgins est à la fois le moteur de Memeframe, l'un des éléments-clés du futur de l'humanité et le créateur de Lacia. Arato et Lacia traversent un gigantesque complexe sous-terrain dans le but de contacter Higgins. Là-bas, ils découvriront un futur qui dépasse l'entendement humain.

Une fois encore, Methode met des bâtons dans les roues d'Arato et de Lacia tandis qu'ils tentent d'avancer dans le complexe sous-terrain où se trouve Higgins. Ils doivent aussi se méfier de Snowdrop, envoyée sur place par une autre super-intelligence artificielle. Tandis que le combat prend de l'ampleur, Arato et Ryo font de leur mieux pour représenter l'humanité.

Dans le complexe sous-terrain, Snowdrop apparait sous la forme d'un hybride entre oiseau et humain ; une étrange créature créée par une super-intelligence artificielle qui désire la mort de l'humanité. Lacia tente de hacker le Cloud dans lequel sont stockés les réglages de comportement des hIE afin de stopper Snowdrop. Des efforts de Lacia dépendra le futur de l'humanité.

Arato et Lacia se rendent dans l'entrepôt de Higgins afin de choisir un futur. Ne formant plus qu'un, ils s'aident et se soutiennent mutuellement. Mais il ne reste plus beaucoup de temps à Lacia, qui a été endommagée lors de la violente bataille…