美濃関学院の学内選抜試合で優勝した衛藤可奈美は、準優勝の柳瀬舞衣と共に鎌倉の折神家で行われる御前試合に出場する。伍箇伝の各校から集まった凄腕の刀使たちによる剣術大会が始まる。

折神家当主・折神紫の暗殺に失敗した姫和と共に逃亡する可奈美。その頃、折神家は当主暗殺未遂という前代未聞の事件の発生に騒然としていた。そして紫の親衛隊による追跡が始まり、伍箇伝の学長たちにも召集がかかる。

可奈美と姫和は、美濃関学院出身の元刀使・恩田累の下に身を寄せる。つかの間の休息で一息ついた二人。そして可奈美は改めて姫和から、紫が大荒魂に支配されて折神家全体がその影響下で敵となっていることを聞かされる。

沙耶香を解放して累と別れた可奈美と姫和は、ファインマンと合流するために伊豆を目指す。一方鎌倉では、古波蔵エレンと益子薫に長船女学院・学長の馬庭紗南から可奈美たちへの追撃命令が出ていたが……。

再びエレンと薫に追いつかれてしまう可奈美と姫和。そこで可奈美たちはエレンたちにある提案を持ちかけられることとなる……。

捕えられたエレンは、臨時指揮所で寿々花の尋問を受けていた。一方、薫と合流した可奈美と姫和は先を急ごうとする薫に、エレンがいないことを問い詰める。しかし、薫は背を向けたまま答えようとしなかった。

潜水艦に乗り込んだ可奈美たちは、出迎えたファインマンと共に舞草の拠点へと向かう。一方鎌府では、沙耶香が雪那に荒魂を注入されようとしていた。その時、これまで命令に忠実だった沙耶香の中で変化が起こり、雪那の手を払いのける。

可奈美たちは舞草の拠点で、折神紫の妹、朱音と出会う。朱音とフリードマンから語られる20年前の相模湾岸大災厄の真実。それは、現在の刀使たちに教えられていた内容とは大きく異なっていた。

可奈美たちは舞草の拠点で、朱音とフリードマンからノロを祀ることの本当の意味を聞かされる。可奈美と姫和は、折神家打倒を掲げる舞草への参加を決意する。一方、舞衣は姫和に戦う意味を問われて答えられない。その時、結芽が率いる対刀使用装備に身を固めた機動隊が襲撃してきたのだった。

折神家の動きは早く、大規模テロ関与の疑いで長船女学園と美濃関学院は強制捜査に入られてしまう。拠点を襲撃された舞草は壊滅に近いダメージを受け、可奈美たちは重苦しい空気に包まれる。

S装備のコンテナを使って折神家を襲撃した可奈美たちは、紫を討つために屋敷の奥へと進んでいく。S装備の稼働限界時間が迫るなか、立ちはだかる親衛隊たち。

真希と寿々花に勝利した可奈美と姫和は、とうとう紫と対峙する。その圧倒的な力の前に追いつめられる二人。

タギツヒメが切り離した自身の一部を関東一円に飛び散らせた『鎌倉特別危険廃棄物漏出問題』から、四ヶ月。関東では荒魂事件が頻発、事態を収束させるため、可奈美たちは鎌倉を本部とする最前線で御刀を振るい続けていた。

タギツヒメが切り離した自身の一部を関東一円に飛び散らせた『鎌倉特別危険廃棄物漏出問題』から、四ヶ月。関東では荒魂事件が頻発、事態を収束させるため、可奈美たちは鎌倉を本部とする最前線で御刀を振るい続けていた。

本部長の紗南の命令で北関東への遠征任務の部隊長を務める薫。やる気のない薫は荒魂探索を部下に任せきりで楽をしてばかり。ついに本部から監視役として沙耶香が派遣されてくる。

各々の任務を終え、久しぶりに鎌倉の本部でそろった可奈美たち六人。六人はサプライズで沙耶香の誕生日を祝うことに。

可奈美と姫和は、朱音と共に太平洋の船上にいた。潜水艦内に身を隠す紫と会うためだ。そこには元親衛隊の真希、寿々花の姿もあった。そこで一同は驚くべき事実を聞かされることになる。

可奈美たちは、タギツヒメの襲来に備え、防衛省でタキリヒメの護衛についていた。タキリヒメと交渉し、共闘の道を模索する朱音。

タキリヒメを護りきれず、失意の中で本部に戻ってきた可奈美たち。力を増すタギツヒメに焦る気持ちを抱きつつも任務に奔走していた。タギツヒメの出方を待つべきだと主張する真希と寿々花。その時、タギツヒメがメディアを通じて人々の前に姿を現す。

追い詰められ、銚子に上陸した紫とイチキシマヒメは、近衛隊の包囲を突破し、逃亡を続けていた。二人の行方を累から聞いた可奈美たちは後を追って出撃する。出撃の前、可奈美は真希から、姫和の様子に注意しておくよう忠告を受ける。

イチキシマヒメと同化し、禍神の力を手に入れた姫和は、タギツヒメを圧倒する。しかし、その強大な力を制御できず暴走し、可奈美の前から姿を消す。動揺する可奈美たち。一方、紫は単身姫和を追い、かつての自分がそうしたように、大荒魂を抑え込む術を教えようとするが……。

姫和ごとイチキシマヒメを取り込み、ついに三女神全ての力を手に入れたタギツヒメ。都内に戻ったタギツヒメは、現世と隠世とを繋ぐ扉を開き始める。一方、頻発する荒魂の被害を食い止めるため、出撃を繰り返す可奈美。舞衣たちは可奈美が無理していることもわかっていた。

拡がり続ける隠世の門は、都内を、やがて現世全てを飲み込もうとしていた。終焉の時が刻一刻と近付く。幸運なことに姫和を救出することができた可奈美たちは、全ての人々の想いを背負ってタギツヒメに挑む。

あの日、タギツヒメと共に隠世の果てに消えた可奈美と姫和。それから二か月。世の中は徐々に元に戻ろうとしていた。依然消息不明のままの可奈美と姫和。ふたりは時間も方向もあやふやな隠世を別々に彷徨っていた。