故事发生在《麻醉风暴》之后五年。康联医院的胸腔外科医师熊崽资历不深就有精湛的技术，但他经常不按SOP作业，也不在乎科内总额和绩效点数，让奉命施行撙节政策的外科部主任谢腾丰和急诊室主任王晨宇十分不满。熊崽的药学系学妹沈柔伊在毕业后成为《醒世代》杂志社的记者，她企图透过报导尽社会责任，却屡遭杜总编以读者不爱看为由驳回。

康联之所以施行撙节政策，是为了不在一个月后的评鉴失利并被降为地区医院，靠着身兼董事长和院长的叔叔兼养父朱权纲当上副院长的杨惟愉是政策的负责人，她对收养她的家庭感到格格不入，也因为身份特殊而遭院内医师埋怨。不喜欢社交场合的她勉为其难地与朱院长一同出席由顶盛药厂董事长欧莎莉率团开发的新药上市发表会，还为了评鉴向试图讨好卫福部次长吴伟胤和立法委员万大器，但吴次长委婉回避；顶盛十多年前曾推出一款麻醉药“德利康AM2”，一群被该药副作用影响的受害者组成自救会在场外抗议顶胜的黑心行径，虽然吴次长和万大器接下陈情书，但参与抗议的流浪汉邱达一认为无人重视此议题，便在市中心捷运站以自杀炸弹死谏。

萧政勋医师在约旦的跨国前线医疗站担任战地医师，他与当地医师Basem在医疗站内抢救伤者时遭逢爆炸，爆炸杀死Basem和萧政勋的忘年之交A-Li，哀恸的萧政勋思念起在故乡台湾的友人，他返台后与在捷运站附近表演的熊崽及准备采访熊崽的柔伊遇上爆炸

熊崽和萧政勋在废墟般的捷运站内为大量伤患急救，两人因替下半身被压住的伤患刘家伦做现场截肢手术而结识。为了收治伤患，离捷运站最近的康联将轻伤病患移往外面，熊崽因此与病患发生龃龉。萧政勋在康联与杨惟愉久别重逢，两人关系今非昔比。萧政勋由于人手不足而被派往支援手术，他在过程中认为熊崽自作主张的心态大有问题。

康联为了不被降级而设立创伤小组，请因为现场截肢手术而受瞩的萧政勋担任主任，小组成员包括神经外科医师彭伯恩、整型外科医师杨婕娜、骨科医师比号和急诊科护理长林颐彩，没被选入的熊崽心生不满。另一方面，《醒世代》的记者将熊崽的言论断章取义，剪接成没有深度的新闻，由于新闻中包括柔伊拍摄的影片，熊崽便误以为柔伊是专门偷拍的狗仔队，进而和她绝交。

刘家伦出现咳嗽和头痛症状，熊崽推断是上腔静脉症候群，想要照电脑断层扫描（CT）验证自己的想法，却被骨科主任（刘明勋饰）以成本控管为由拒绝，但萧政勋同意了这个想法，而CT的结果也让熊崽更肯定自己的诊断，不过因为熊崽不是创伤小组的成员，没有发言的立场。此时刘家伦突然出现呼吸窘迫且需要急救，印证熊崽的诊断正确。尽管手术结果顺利，但熊崽在过程中和萧政勋对血液的运用方式有分歧，且他在术前向家属做了保证，在萧政勋提点熊崽后，熊崽以为萧政勋在贬低自己，柔伊提醒他会省钱的医生不见得是为了赚钱，可能是想将资源留给更需要的人。在熊崽向萧政勋致歉后，两人冰释前嫌，不过萧政勋仍在评估熊崽的表现。

康联的公关史珮宣希望柔伊能撰写拉抬医院形象的报导，并为她提供独家采访做为交换[。柔伊制作了一则拉抬熊崽形象的新闻，让熊崽得以进入创伤小组，两人也和好如初。柔伊向熊崽透露自己成为记者的理由，而熊崽则向她提起自己父亲熊蔚成因为被当作医疗人球而死的遭遇。柔伊找到涉及人球案的陈显荣医师，陈显荣表示自己亦不清楚真相，会在了解后介绍关键人叶建德给她，但当日晚上，陈显荣就因车祸而重伤。同时，《醒世代》办公室的传真机收到一封威胁信。

受伤的陈显荣被送往康联，他被验出吗啡反应，且不知为何呈现不该由车祸创伤造成的僵呆状态，身为他过去的下属，萧政勋倾尽所能救治他。柔伊捡到陈显荣遗落的公事包，在偷看里面的文件后认为车祸与AM2自救会有关，更认为这起车祸和的捷运爆炸是一连串恐怖攻击。虽然柔伊和摄影记者阿永前去自救会采访时因为说错话被自救会成员阿和赶走，但也和自救会义工邱淳搭上线。

萧政勋受创伤后压力症候群困扰，不时会听到枪声或爆炸声。而在他自约旦寄给杨惟愉的信中，表示他发现自己在死亡面前形同赤裸，并透露自己对杨惟愉的思念。

万大器希望康联能购置自己友人所贩售的新设备，杨惟愉想兼顾器材品质和节流，便重列了新的器材单，但朱院长坦白费用差额是用来通过评鉴的必要之恶。一位骨折伤患被骨科和外科互相推诿，熊崽违反原则将他收入创伤小组，因此遭萧政勋指责。

服刑期满的叶建德出狱后被柔伊拦截，从她口中得知陈显荣昏迷住院的消息，并自她那里取走陈显荣的公事包。无处可归的他投靠萧政勋，并无意间进入萧家的婴儿房，萧政勋制止他后，忆起自己与Basem一段提及杨惟愉曾有身孕的谈话。

康联的财务状况每况愈下，万大器建议朱院长在董事会内安插自己的人马，并保证评鉴会因此通过。创伤小组成为评鉴的重点，在一次熊崽自作主张的判断后，彭伯恩对熊崽的容忍到了极限，两人有所争执[89]。在杨惟愉派萧政勋和熊崽沟通后，熊崽才逐渐融入小组。

柔伊告诉叶建德自己的推理，而叶建德用蛋糕向阿永换来他拍摄的影片，再假冒记者和柔伊一起造访AM2自救会。透过与邱淳的谈话和影片，叶建德判断策划典礼爆炸案的凶手就是邱淳，他还建议萧政勋将AM2加入陈显荣的药物反应检验项目，并让陈显荣转院，避免被万大器动手脚。

熊崽向有战地行医经验的萧政勋询问伤患在手中死亡的经验，萧政勋建议他平静面对。一名孕妇因车祸受伤被送入康联，由创伤小组救治。吴次长率领卫福部官员进入康联，他们见到熊崽等人未按SOP急救孕妇，认为有严重的疏失。面对孕妇的丈夫，熊崽不再如过去一样给出保证，而在手术过程中，熊崽不断地将孕妇和先前疏失的幻影联想在一起，并体认到自己过去对林宏任的行为不当。在孕妇逝世后，杨惟愉忆起自己曾经流产的、与萧政勋的孩子，认为自己不是好母亲，但萧政勋认为是自己离开所造成的，两人破镜重圆后决定重新开始。熊崽再次登台表演时只听见心电图发出心跳停止的声音，失常的他和柔伊到河边藉酒消愁并大骂医疗制度，更表示自己不想再当医师，柔伊亲吻了熊崽。

十数年前，邱达一是不良药物的检验员，他发现AM2有副作用后便和立委助理熊蔚成召开记者会，当时身为《华周刊》编辑的杜总编在制作专题报导后，杂志社和印刷厂皆发生火灾。杜总编向柔伊说明了这段过去以劝她收手，但柔伊坚持继续追查。陈显荣的验血报告印证叶健德的推论，但他在转院的过程中已被史佩萱安排的专车下手导致心律不整。叶建德的狱友HANK（陈以文饰）出狱后与叶建德重逢，协助叶建德追查万大器的底细。邱淳将柔伊和叶建德约至自己的藏身处以安排专访，希望万大器的恶行能被报导。他表示万大器试图将陈显荣灭口，更施压媒体让父亲邱达一的主张不受重视，进而使父亲死谏，而自己是为报复他才设下炸弹。

萧政勋先前在约旦遭遇的爆炸使他的脑内形成血肿块，血肿逐渐扩大并影响到工作，让他回想起自己与杨惟愉的相处过程，以及两人要一起买露营车到苏美岛义诊的约定。熊崽认为自己的医术远远不足，便回康联收拾行囊，在与比号谈话得到启发后，他重新振作并回创伤小组继续救人。

杜总编向柔伊透露自己被杂志社封杀的过去，并将自己珍藏的笔传承给柔伊，允许她继续追查顶盛。叶建德发现万大器和史佩萱在饭店秘密往来，柔伊接到通知后前来偷拍，而邱淳也埋伏在饭店停车场伺机杀害万大器。在万大器和史佩萱翻云覆雨后，两人和朱院长、吴次长一同前往饭店餐厅。朱院长试图询问吴次长关于突击检查的事，但不领情的次长中途离席。

叶建德以《约翰福音》第八章劝戒邱淳不要犯罪，但邱淳不听劝阻，挟持万大器并企图引爆炸弹，他的行动失败，和在旁的柔伊一起被立委助理殴打，该段内容被阿永的相机拍下。邱淳留下遗言希望柔伊揭穿真相，随后便引爆炸弹自杀身亡，柔伊受到爆炸波及，被送往康联由熊崽救治。叶建德对无法阻止邱淳自杀感到不甘心，他在整理邱淳的遗物后得知邱达一投身抗议后屡遭恐吓的经历，也发现邱淳相当崇拜自己。

柔伊清醒后，熊崽与她谈话并找回自己行医的初衷。万大器派助理警告柔伊不得声张，但坚持追查的柔伊带伤暗自离院，带走邱淳藏身处的资料，熊崽为了保护她，便将她安置在自己的家。康联医院没有通过评鉴，被降级为地区医院并面对裁员减薪的困境，朱院长和万大器翻脸，万大器安插的董事便召开临时董事会改选董事长，达到目的的史佩萱随即辞职。叶建德找上身兼康联董事的仁新总裁尹德威，希望他动用人脉让朱权纲续任康联的董事长。叶建德把计划告诉朱权纲，并认为改选董事会的关键人是社员代表外科部主任谢腾丰。

萧政勋的病情日益严重，从彭伯恩口中得知萧政勋病情的杨惟愉无法谅解萧政勋隐瞒病情的行为，并希望两人尽快结婚，两人不久后便登记结婚。萧政勋将自己的病情透露给叶建德，并要他在自己逝世后将一封信转交给杨惟愉。不久后，萧政勋脑内的肿块压迫到脑干，致使他在医院内昏倒，在他将自己的手表交给杨惟愉后，随即被送进开刀房进行开颅手术。

萧政勋在进行开颅手术后仍未好转，不久后便与世长辞。熊仔替萧政勋收拾遗物，看到Basem眼镜臂上的话：“园丁的工作是照顾生命，而不是控制”。

万大器以伪造的单据威胁朱权纲，让他决定放弃董事长和院长的位置以保护女儿，这让承诺了尹德威的叶建德的立场变得尴尬。万大器下令撤除创伤小组，并安插史佩萱担任董事长特助，让她管理医院账目。邱淳藏身处的资料中有他的遗书及他偷拍到的影片，内容提到万大器造成熊蔚成死亡、陈显荣车祸、邱达一被诬陷、AM2强行上市。熊崽读毕遗书后犹豫自己是否该杀万大器复仇，柔伊则取得偷拍影片做为证据。

HANK入侵史佩萱的电子邮箱，找到异常的资金流动资料，将该资料与杨惟愉交给叶建德的资料交叉比对，发现万大器透过康联洗钱；虽然阿永的相机拍到万大器教唆助理殴打邱淳的影片，但相机记忆卡被为了钱而听从万大器指示的阿和抢走，叶建德出面取回记忆卡后，将之做为证据并寄给升任部长的吴伟胤；陈显荣的行车记录器则拍到万大器的助理在车内动手脚的过程。

这些证据被《醒世代》公开后，万大器找吴部长求援，吴部长表面上协助他，但实际上是弃卒保车。柔伊的行动让熊崽的住处被捣乱，熊崽打算到医院找万大器理论，但他在进医院前见到万大器从医院高处坠下重伤，而万大器教唆助理打人的影片也经由卫福部曝光，暗示吴伟胤想将罪都推给万大器。尽管面临拯救自己仇人的挣扎，熊崽仍尽力救治万大器。受到地检署郭检察官施压，杜总编决定中止《醒世代》的报导，但柔伊在熊崽的住处里发现熊蔚成的检验报告，且是有签名和官印的正本，她认为这份报告足以做为直接证据，让杜总编决定放手一搏。

万大器大难不死，经叶建德的劝告，他向大众吐实以弥补过错。在顶盛药厂得速宁上市发表会上，HANK入侵记者会的电脑，播放万大器指控吴部长的影片，而柔伊也拿出检验报告正本，指控欧莎莉掩盖真相让AM2上市，吴部长立即遭郭检带回地检署侦讯，但案件却因罪证不足而不起诉，让叶建德决定采取法律以外的手段处理。HANK窜改部长的行事历，让柔伊借着专访部长的机会在他的办公室内安放针孔摄影机。康联的大幅改革逼得许多医护人员辞职，也让比号等医师十分不满，康联决定罢工并举办血汗医护权益抗争演唱会引起大众注意，并在各大门户网站直播。在演唱会上，熊仔演唱了为萧政勋和伙伴们写的歌，歌曲与针孔摄影机所拍到的、吴部长透露检调内也有自己人的事一同播出，而清醒的陈显荣也透露事件真相，令吴部长再次遭检方调查。

叶建德将萧政勋的遗书交给杨惟愉，里面倾诉著萧政勋对她的爱意[29]。为了取回董事长之位，王晨宇提议董事长改选并提名杨惟愉，由于谢腾丰关键的一票，杨惟愉成为康联新任董事长，而谢腾丰则被任命为院长。在风暴告一段落后，杨惟愉和养父母的关系有所改善、叶建德和HANK有了新的落脚处、创伤小组的业务仍持续进行、而柔伊认为一切尚未结束，改变即将开始。