เมื่อถูกเมืองของตัวเองตราหน้าว่าเป็นพวกทรยศ เหล่าเฟล็กซ์ไฟท์เตอร์จึงต้องร่วมมือกับดร.ซีและบลายด์สไตรค์เพื่อปฏิบัติภารกิจโดยไม่มีรุคอันลิมิเต็ดคอยช่วยเหลือ

เมื่อวายร้ายจอมควบคุมความคิดอย่างดร.ดรีมสเคปปรากฏตัวขึ้น เหล่าเฟล็กซ์ไฟท์เตอร์จึงต้องเผชิญหน้ากับความกลัวที่ฝังลึกในจิตใจของตัวเองเพื่อหาทางช่วยเมืองนี้ให้พ้นภัย

หลังจากบลายด์สไตรค์หายตัวไปจากชาร์เตอร์ซิตี้อย่างลึกลับ เหล่าเฟล็กซ์ไฟท์เตอร์จึงมุ่งหน้าไปยังบ้านริมหาดหลังเก่าเพื่อหาเบาะแสที่จะนำไปสู่แหล่งซ่อนตัวของเธอ

เมื่อวิงสแปนและออมนิแมสต่างไม่ว่าง ทำให้มีเพียงสเตรชคนเดียวที่ต้องเผชิญหน้ากับพวกมนุษย์จักรกลที่กลับมายังชาร์เตอร์ซิตี้เพื่อขโมยเทคโนโลยีจากรุคอันลิมิเต็ด

เฟล็กซ์ไฟท์เตอร์ขอความช่วยเหลือจากครูสอนวิชาพฤกษศาสตร์เมื่อมีการพบเห็นพืชประหลาดตัวใหม่เข้าจู่โจมเรือนเพาะชำและคลังสินค้าเคมีภัณฑ์ทั่วเมือง

เมื่อออมนิแมสกับวิงสแปนหายตัวไประหว่างที่พวกมนุษย์จักรกลบุกจู่โจมโรงงานของรุคอันลิมิเต็ด สเตรชและบลายด์สไตรค์จึงต้องออกตามหาตัวพวกเขา

หลังจากรุคถูกขับไล่ออกจากอาคารของตัวเอง เขาได้ขอความช่วยเหลือจากเฟล็กซ์ไฟท์เตอร์ และได้เปิดเผยอดีตของตัวเองและบอกความจริงเกี่ยวกับพวกมนุษย์จักรกลตัวร้าย

เฟล็กซ์ไฟท์เตอร์ต้องร่วมมือกับคู่ปรับตัวฉกาจเมื่อพวกมนุษย์จักรกลเริ่มทำให้ชาวเมืองชาร์เตอร์ซิตี้กลายเป็นข้ารับใช้ที่เชื่อฟังคำสั่ง

ในการประจันหน้าครั้งสุดท้าย สเตรชและเฟล็กซ์ไฟท์เตอร์จำต้องยอมเสี่ยงทุกอย่างเพื่อแย่งชิงอำนาจควบคุมเมืองอันเป็นที่รักจากเงื้อมมือของพวกมนุษย์จักรกลแสนชั่วร้าย