守护担托尔城的机械部队遇到危机，而带着机械豹克林顿赶来帮忙的正是主角大古大龙。大龙和自己亡父设计的巨大机器人高迪安合体，然后同利用巨型计算机的邪恶组织玛德库塔进行战斗。

The Earth had become a wasteland of deserts as the survivors work to rebuild communities. Daigo Otaki is a young orphan raised by his uncle. Becoming an adult, Daigo discovers that Victor City was in fact planned by his father who was a genius scientist. Daigo's sister Saori had been managing it. She pleaded with Daigo to take on the inheritance that Daigo's father left him, a super robot system known as Gordian. Daigo would join the Mechacon mechanic combat 18th regiment unit, an organization of law enforcers that defend Victor City against attacks from the Madokuta organization.

Protagonista è Daigo, un ragazzo molto estroverso figlio del dottor Otaki, geniale scienziato che dopo essere fisicamente morto prosegue la sua esistenza all'interno di un computer. La storia è ambientata a Victor City, una città futuristica il cui passato nasconde però un grande segreto; questa città viene improvvisamente attaccata dalla spietata razza aliena dei Madokter. Nonostante Victor City venga strenuamente difesa dalle sue forze militari, i Madokter sono numericamente soverchianti e soprattutto tecnologicamente superiori rispetto ai militari della città.

Proprio quando le forze nemiche stanno per prevalere, il dottor Otaki rivela l'esistenza di una segretissima generazione di robot totalmente innovativa composta da Protesser, Delinger e Garbin. Questi tre robot insieme formano Gordian, un potentissimo mecha progettato in modo da essere guidato da Daigo, il quale è dotato della capacità di comandare i tre robot anche telepaticamente.

天変地異によって一度文明が崩壊した地球。人々が復興させた都市ヴィクトール・タウンは、謎の組織マドクターに狙われていた。街を守る警備部隊「メカコン」に入隊した青年ダイゴ大滝の前に、突然姿を現した巨大ロボット。それは彼の父が開発した、プロテッサー、デリンガー、ガービンの三体からなる合体ロボット「ゴーディアン」であった。ゴーディアンを受け継いだダイゴは、街を、そして世界を守るためマドクターに戦いを挑む。

혜성 소코네스, 행성 우카페, 행성 스카르프의 이상접근에 의해 일어난 '빅 카타스트로피'는 지구에 천재지변을 일으켜 모든 문명이 파괴되어버린다. 다시 부흥하기 시작한 인류는 각지에 '타운'이라는 도시를 만들고 살지만, 그 삶도 그렇게 여의치는 않았다. 이러한 혼란을 틈타 도그마 대제라고 자칭하는 이가 비밀력사 '매닥터 군단'을 결성해 각 타운을 침공하기 시작한다. 미국 서부의 빅톨 타운을 지키는 메카니컬 컴뱃 부대 제18연대에 가입한 다이고는 아버지가 남겨준 고디안을 타고 매닥터 군단과 싸우지만, 그가 고디안의 파일럿이라는 사실은 빅톨 타운에는 비밀이다.