天変地異によって一度文明が崩壊した地球。人々が復興させた都市ヴィクトール・タウンは、謎の組織マドクターに狙われていた。街を守る警備部隊「メカコン」に入隊した青年ダイゴ大滝の前に、突然姿を現した巨大ロボット。それは彼の父が開発した、プロテッサー、デリンガー、ガービンの三体からなる合体ロボット「ゴーディアン」であった。ゴーディアンを受け継いだダイゴは、街を、そして世界を守るためマドクターに戦いを挑む。