宇宙历796年，帝国历487年初，莱因哈特一级大将率领着数量为两万艘的银河帝国军舰队，穿过伊谢尔伦回廊后对自由行星同盟发起了进攻。前来迎击的自由行星同盟军出动了数量为帝国军两倍的四万艘的舰队，并准备从三个方向进行包围帝国军舰队。梅尔卡兹大将等莱因哈特麾下的五名提督，提出了“撤退”的建议……。

　　自由行星同盟在亚斯提星城对银河帝国的远征舰队发起了迎击。第二、第四、第六这三个舰队为了包围帝国军而展开了分散进攻。确信这个布阵会带来胜利的同盟军上层部。但是，第二舰队的参谋·杨准将预测到了在包围网完成前有会被敌人逐个击破的可能，他向第二舰队司令官·华尔特中将提出了对应的作战方案……

　　莱因哈特的姐姐·安妮罗洁，受到皇帝的宠幸而在皇宫里生活着。与莱因哈特一同来到安妮罗洁所在公馆的吉尔菲艾斯，不禁想起了自己在小时候与两人相遇时的日子。然后，吉尔菲艾斯被与当时一样微笑着来迎接的安妮罗洁拜托道：“以后也拜托你守护我弟弟，在他踏上不归路时请正确地引导他。”

　　承担不起学费却又想深入学习的杨威利选择就读军官学校，没想到在毕业后竟然进入了自由行星同盟军。而后在“艾尔法西尔战役”中组织300万人的平民逃亡成功，被人们称为英雄。由于这个功绩而晋升为了少校的杨威利，听从了军官学校时代的前辈卡介伦少将的建议后，决定收养战争孤儿。

　　在亚斯提会战中败北后的自由行星同盟军舰队回到了首都行星·海尼森。在统合作战总部，一场悼念150万人战亡者的追悼会正在举行。面对和卡介伦所说的特留尼西特国防委员长为了夺得下届政权所作的那如同“政治秀”一样的典礼演讲，杨威利只得硬着头皮去参加。过程中，他与意想不到的人再会了。

　　聚集了拥有惊人记忆力的格林希尔中尉等人才的第十三舰队。由于杨威利的提案而作为作战部队而参与了作战的先寇布上校所率领的“蔷薇骑士团”，他们乘上俘获的帝国军巡洋舰，他们伪装成追赶着自由行星同盟军的帝国军，成功潜入了伊谢尔伦要塞。

　　潜入伊谢尔伦要塞后的先寇布等“蔷薇骑士团”精锐成功占据了司令室。他们还利用空调系统释放了催眠瓦斯使整个要塞陷入了无力化的状态，顺利地迎接了第十三舰队。不损一兵一将就将难攻不破的伊谢尔伦给攻下了的杨威利，被人们赞美为“魔术师杨”“奇迹的杨”。

　　15年来一直担任着帝国皇帝的财务尚书的卡斯特罗普公爵，长年来私吞公款等牟取私利，因为事故而死了。帝国的财务、司法省，虽然以没收卡斯特罗普公爵不正当储藏的财产为名派出了搜查人员，其子马克西米里安却拒绝了命令。“卡斯特罗普叛乱”便开始了。由于莱因哈特而受到命令的吉尔菲艾斯，开始对叛乱分子的讨伐。

　　根据最高议会的最终投票结果，自由行星同盟军决定向银河帝国领土发起进攻。同一时间，由于席特雷主席的挽留，杨威利没能从军队中辞退。而后在杨带着尤里安一起前往的餐厅，他们与格林希尔父女偶然相遇，并一起用餐。在回家路上，杨得知了挚友拉普的未婚妻·洁西卡要走上政治家的道路。

　　在自由行星同盟军统合作战总部，关于向银河帝国领土发起大规模远征的作战联席会议正在举行。面对作战参谋·霍克准将提出的作战计划，比克古中将和杨中将指出了该计划中的深入帝国领土所导致的兵力分散的危险性以及补给不足的缺陷……另一边，被委任为了迎击军指挥的莱因哈特，确定了将同盟军引到帝国领土深处，并一举将其歼灭的计划。

　　入侵到了帝国领土内的自由行星同盟远征舰队，由于帝国军的焦土作战而陷入了严峻的粮食不足的状况。虽然第五舰队司令官比克古提督向罗波斯总司令官提出了杨所提议的撤退方案，但是总司令部根本不理解前线的状况，不允许撤退。同一时间帝国军这边，担任着迎击部队指挥的莱因哈特，对吉尔菲艾斯下达了击溃同盟军向前线派出的补给舰队的命令。帝国军的反击开始了！