2035年。価値観が多様化し、高校へ行く事が当たり前ではなくなった時代。年々進む少子化のせいで廃校に追い込まれる学校も少なくなく、光香の通う“私立聖桜学園”もその危機に立たされていた。そんな学校に一人の転校生が現れる。天宮学美。通称・まなび。「まっすぐGO！」が座右の銘の彼女は、なんと転校初日に生徒会長に立候補して……!?

4日後に姉妹校の愛洸学園生徒会長訪問を控えて、学美と光香は生徒会室の大掃除を始める。ところが、あまりの荷物の多さに作業は進まないどころか、散らかっていく一方で……。様子を見に来たクラスメイトの芽生は、整頓のためには秩序が必要だと説教。芽生の指示で片付いた生徒会室を見て、学美は、掃除だけじゃなくリフォームもしようと提案するのだった。

聖桜生徒会主催で、学園対抗ドッジボール大会と生徒会懇親会を開催。ところが、懇親会で「今日は楽しくおしゃべりする日」にしたいと提案した学美に対し、他校の役員がもっと実のある話をしたいと反発。困った学美たちを見て、愛洸学園の角沢多佳子生徒会長が、学園祭の話をしましょうと彼女たちを助けるけれど…。すっかり落ち込んだ学美は、翌日、愛洸学園を訪ねるのだった。

生徒みんなに学園祭のアイディアを出してもらおうと学美は考え、宣伝用プロモを制作する事に。早速、芽生が中心になって、“ガーッと寄ってバーンとなって、ぎゅぎゅ～ん”って感じのプロモを作り始めるけれど…。学美の「芽生ちゃんが生徒会にいてくれたらなぁ」という一言で、芽生の顔色が変わって…。翌日から芽生は、生徒会どころか学校にも来なくなってしまうのだった。

おたふく風邪にかかってしまった学美。学美が入院する間、光香は芽生と二人で生徒会の仕事をこなすはめに…。芽生と初めて二人っきりになった光香は、彼女と何を話したらいいのか分からず、一言も会話せずに初日を終了。光香は、「この先1週間もどうしたらいいのか分からない」と、むつきに助けを求めるが、あんたの方から歩み寄れと諭され…。話しがムリなら手紙で、と思い付くが…

期末試験も残すところ後1日。それが終われば夏休み。学園祭の準備も着々と進む中、光香は、むつきが出場したソフトボール部の県大連が終わっている事に気付く。結果について何も言わないむつき。その試合はむつきのエラーで敗退していた。「気付いてあげればよかった…」 自分が苦しかった時、むつきはいつも側にいてくれたのに…。その夜、光香は勉強道具を抱え、むつきの家を訪問するのだった。

聖桜学園が愛洸学園に吸収合併される事に!! それに伴って、学園祭も中止に…!? 「一揆だ！ 一揆だ！」 「うぉぉぉぉ 打ち壊しだぁぁぁ！」 突然の通告にいきり立つ学美たち。大騒ぎする彼女たちに芽生は、署名運動をしようと提案する。学園祭の復活を嘆願する署名。初日、署名は順調に集まるが、あっという間に生徒たちの熱は冷めて……。落胆する学美の前に、さらなる問題がふりかかる。

聖桜学園と愛洸学園の合併計画は着々と進み、新しい制服も発表された。その裏で、学美たちの署名活動は難航していた。みんなの興味をもう一度学園祭に向けさせようと、学美たちは何度も会議を重ねるが、むつきや芽生も次第に生徒会室に顔を出さなくなり…。そこへ追い打ちをかけるように、新校歌の映像が校内ネットで流される。だが、その時、ここのところ生徒会に来てなかった桃葉が…

生徒会室の上にある古い大時計の改修工事が始まった。学美はそれに乗じて、大時計の妖精のフリをし、署名を集めようとする。ところが、その事が本物の妖精の逆鱗に触れたのか、その夜、大時計が爆発！ 生徒会室が全焼してしまう。新しい生徒会室として下嶋先生が探し出してきた場所は、30年間も使われていなかった古～い元学生寮。何か出そうな雰囲気に、学美たちは思わず逃げ出すが…

「はっじまるよ～!!」 第82回聖桜学園祭の開催が決定した。約1カ月間の準備期間を経て、学園祭前日、なんとか準備が完了。学美たちは、みんなが帰った夜の学校にそっと忍び込む。 「私ね、ずっと知りたかったんだ。学美ちゃんにはこの世界がどんなふうに見えているのかなって」 お祭り前のわくわくした空気を感じながら、光香は学美に打ち明ける。 「でも…今なら見えるよ。私にも見える…」

あの学園祭から1年半。学美たちは卒業式を迎えていた。生徒会役員を後輩に引き継ぎ、それぞれの進路も決定するが…。みんなで反省会をしていた時、突然、光香が泣き出してしまう。学美に刺激されて自分の進路を決めた光香だったが、彼女の心にはまだ迷いがあった。そんな光香に学美は言う。 「終わりじゃない。始まりなんだ。だから行かなくちゃ！」 すべてはこれから始まる、私たちの物語……！