须藤友三是在搜查一科有“鬼须藤”之称的杰出刑警，却在某案件中头部中弹受了伤，被搜查一科当成破烂儿一样丢到了“总务科动植管理组”。因为负责在一段时间内保护嫌犯或失踪者留下的宠物，所以该部门通称“警视厅生物组”。那里除了巡查薄圭子、事务员田丸弘子和接待员三笠弥生之外，还有个偶尔来生物组和弥生聊天的前刑警二出川昭吉。须藤从搜查一科管理员鬼头勉手中拿到调动通知书，感到很失望。这时，过去的搭档巡查部长石松和夫跟他打招呼，石松误以为须藤是回一科复职的。须藤直言相告：自己已被调到总务科。弘子催须藤快点去案发现场。须藤在现场遇到了前同事日塔始、石松和樱井薰。他们正劝说站在公寓楼上的犯人投降。日塔注意到须藤也在，便指点他说生物组负责的案件现场在离公寓很近的路边。结果，须藤在那里看到圭子正穿着连体工作服窥视排水管。原来，圭子正试图救出被困在排水管中的小猫。须藤没想到救只猫也需要出动警察，十分不解。而圭子说这正是他们的职责所在。回到生物组，须藤满眼是被养起来的猫狗或者小鸟。圭子把饲料交给须藤。她作为动物饲养专家，负责照顾与案件有关的被保护动物。这时，石松来托他们照顾某遗弃尸体安的嫌疑人的宠物。听了案件的大致情况后，须藤和圭子来到嫌疑人住的塔式公寓，发现公寓人并排放着五个巨大的鸟笼，里面有一百只小鸟。须藤在屋子里踱步，总觉得哪里不对劲儿。

　　大牌食品集团的会长藤原溺死在自家的企鹅饲养室内，第一发现人是他的妻子亚纪子。警方判断藤原是在照料企鹅时失足滑倒，头部受重击后落入池中。为了保护藤原家的企鹅，须藤与圭子造访藤原家。圭子看了藤原遗体的照片后，觉得藤原不是在照料企鹅，她对须藤说此案不是意外事故而是他杀。如果藤原是被人杀害的，那么在死亡推断时间内呆在宅子里的亚纪子、藤原秘书久慈、亚纪子的哥哥青木就成了嫌疑人。圭子在饲养室毗邻的后院发现了工作服，工作服的尺寸很大，不是藤原的。那件工作沾染了企鹅的气味，所以圭子推测穿工作服的人在替藤原照料企鹅。这时，须藤叫住了在暗中观察他们的久慈。久慈说他是想给企鹅喂饲料。但是，圭子靠近久慈时闻到了奇怪的气味。回到总务科，须藤、圭子仔细整理了从石松处得到的案件情报，发现久慈曾多次被藤原责骂。弘子怀疑久慈因此怀恨杀了藤原。而须藤则另有想法。

　　一个叫山胁的男人投海自尽，他留下的宠物蛇被交给须藤了圭子照顾。须藤、圭子以及喜欢蛇类的弥生三人来到山胁家。山胁的屋里垃圾堆积成山，在房间深处的宠物室内他们找到二条蛇。圭子与弥生因看到珍稀品种的蛇而欢喜，须藤则正相反，他很害怕蛇。通过宠物室的环境和蛇的状态，圭子分析出山胁非常喜欢蛇。她觉得如此热爱蛇的人居然自杀，是非常奇怪的。须藤把圭子的想法告诉了石松。石松也分享了自己调查到的线索。山胁被认为是6月15日自杀的，遗体于19日被发现。然而，邻剧作证说17日见过山胁。第二天，须藤、圭子再次来到山胁家，他们在浴室帘子上发现了血迹。须藤推测也许是有人杀了山胁，为伪装成自杀，把尸体运到海边。这时，须藤看见圭子找到的便笺，在第一页上用铅笔涂抹，结果一些字迹浮现了出来。与此同时，石松、日塔、樱井正在追查十年前发生的强盗杀人案。就在该案的追诉期只剩下三天时，在从吃霸王餐案件的现场采集的指纹中，警方发现了与十年前的案件嫌疑人相同的指纹。这时，石松接到须藤的电话。

　　圭子指出须藤对过去的记忆模糊不清，让须藤很受震动。他担心知道此事的人越来越多，到时候自己再无法当刑警。悲伤之余他决心辞职。这时，石松打来电话称圭子成了杀人案的第一发现人。须藤赶到现场，圭子说熟人五反田找她咨询松鼠猴的事，为此她来到五反田的公寓，结果发现五反田的恋人名子死了。警方查明名子是被人用哑铃击打后脑致死。房间里很热，在现场调查的日塔为了降温，寻找空调遥控器，结果在地板上捡到一个遥控器，而且上面有血迹。经检查，凶器哑铃上有五反田的指纹，而且五反田曾打算和名子分手。所以，五反田成为了案件的重要嫌疑人。第二天，日塔来到生物系说五反田屋里的松鼠猴变得非常狂暴。须藤和圭子到现场一看，和猴子作战警察已精疲力尽。四十万也因被猴子咬伤进了医院。猴子兴奋地在屋里乱蹿，但圭子捉住了它并让它平静下来。而且，圭子问它吃什么饲料好时，它也会用叫声回答。圭子注意到猴笼的门被人动了手脚。

　　生物股接到电话说在杀人现场有来路不明的动物。据说那动物发出恶魔一样的叫声，谁也没办法制服它。须藤、圭子连忙赶到现场——被害人梶田的家。一到现场，只见日塔和樱井站在一个用布包着的笼子面前，旁边是失魂落魄的石松。须藤一看到石松的脸，突然感到一阵头疼，但一看到圭子头痛就止住了。这种现象与他看到鲷鱼烧时的反应一样。须藤请求石松离开现场。樱井告须藤，梶田是头部被重击身亡，遗体是邻居发现的。除了那个大笼子之外，整个房间也很乱。按日塔的指示，圭子静静地取下盖着笼子的布，只见里面有个长达30厘米的灰鹦鹉。圭子检查过后，发现鸟的状态还算不错，但是这种鹦鹉被称为最聪明的鸟，智商极高，可能因为目击了主人被害的经过而受惊所以有不肯吃食的问题。然后，一个曾与梶田发生过争执的叫伊势的男人出现在警方视野中。灰鹦鹉原本是伊势养的，因为他公司经营出现困难，所以把鸟寄养在梶田家。而警方查明梶田向人借了巨款。所以，警方推测伊势与梶田因为借钱的事发生争执。然而，伊势全盘否认。另一方面，照顾灰鹦鹉的圭子有了新发现。

　　孤身住在老房子里的高龄男性川田被人勒死了。发现遗体的是他的朋友户村。户村说自己是应川田之邀到他家观赏水虎鱼的。为了保护水虎鱼，须藤和圭子来到川田的住宅。日塔指挥他们把掉进水槽里的某样东西捞起来。圭子捞起来一看，那东西是户村工作的快递公司的徽章。石松说户村与川田曾因石虎鱼发生争执，而且周边的防盗录像也拍下了户村往川田家扔石头的画面。案发前两周，有人在川田家附近的公园池塘内放生了危险的石虎鱼，而此前区政府收到投诉说公园里的孩子太吵了，还引发了一场乱子。随着案件调查的深入，一切似乎都指向川田是投诉和在公园放生石虎鱼的始作俑者，但须藤对此有些怀疑。圭子看了川田家的水槽，发现一种叫红腹石虎鱼的鱼状态不佳，这种鱼适于入门级石虎鱼养殖者饲养。圭子告诉须藤，水槽和设备都是新的，但作为饲养石虎鱼的老手，川田应该不会是打算开始养红腹石虎鱼。二人到附近销售石虎鱼的宠物商店打听。店主草野很了解川田。而且，动物知识丰富的草野与圭子情投意合，他还邀请圭子出去约会。

　　箮理官鬼头告诉须藤圭子可能被调离生物系。须藤和石松谈及此事，很快，弘子、二出川和弥生也都听说了。须藤叮嘱他们不要找圭子问东问西，而弘子等人则纠结于问还是不问。这时，石松带来新的案件。一个叫涩谷的会计师在自家书房里被杀，其妻敦子是第一发现人。嫌疑人是涩谷的邻居、翻译家藤田。涩谷曾投诉说藤田家养的灰林鸮的叫声和拍打翅膀的声音扰民，二人发生过冲突。敦子为令二人和解，曾举行过商谈，但涩谷和藤田的关系却越发恶化。举行商谈的时候，藤田的朋友、饲养鸱枭的友冢也在场。调查结果是在藤田家搜出了有涩谷的血迹和藤田的指纹的凶器。藤田拒不认罪。须藤与圭子一到藤田家，巡查四十万就欢天喜地跑来迎接。经四十万确认，藤田的房间里有两只体长约50厘米的猫头鹰。圭子发现被放在室内饲养的猫头鹰正饿着肚子，便给它喂食。然后，圭子环视室内，注意到一个地球仪因被放置在鸟笼的栖木下而沾上了粪便，不禁产生了疑问。

　　生物系举行慰安旅行，除了须藤、圭子、弘子，石松也参加了。一行人到达位于深山的温泉旅馆，发现四十万也在。一问才知道旅馆的女老板的女儿弓子遇到强盗才赶来的，而四十万是来支援因腰扭伤不能工作的当地派出所警察的。女老板将生物系一行人迎入旅馆，圭子被办公室里的刺猬吸引住了。女老板说那是弓子的宠物，不过现在弓子住院，她又不懂得如何饲养刺猬，所以很烦恼。圭子马上带着须藤一起照料刺猬，她发现刺猬的肚皮上有小小的伤痕。女老板也不知这伤从何来，圭子便和须藤、四十万一起去看望弓子。弓子被人打伤头部，卧床休息。她说刺猬和自己不太亲近，喂活食的事是由旅馆的员工Assaakura来做的。回到旅馆后，圭子问Assaakura是不是给刺猬喂过食以及他自己是不是也喜欢甜食。她听Assaakura说有个叫栗原的人很喜欢刺猬，但他的妻子却讨厌刺猬。这时已经是晚上六点半了，理清头绪的圭子从Assaakura那里打听到了栗原的住址，然后和须藤一起急急忙忙地找上门去。

　　须藤与圭子在四十万的带领下，来到警察医院的病房中，见到精神抖擞的鬼头管理官。之前警方宣布鬼头被人袭击受重伤乃是欺骗敌人的烟幕弹。所谓敌人就是表面上是宗教团体实际上是诈骗集团的“玻璃钟”。鬼头给须藤等人看了一张照片，照片上的人是那个危险集团的创立者、无差别犯罪的教唆者庄里。圭子见到照片后，忽然记起来她在生物组慰劳旅行时乘坐的巴士上以及石松被马蜂蜇到的餐馆中见过庄野。实际上，五年前，庄野是某案件的嫌疑人，曾经被警方连续审讯数日。结果，查明他与案件无关，但是，在他受审期间他经营的养蜂场遇台风袭击，蜜蜂全都死了。而当年负责调查、审讯庄野的人是鬼头。为了找到庄野的下落，须藤和圭子来到庄野的养蜂场。但那里已经没养蜂场的踪迹，只剩下一间破旧的小屋。小屋方向传来狗叫，圭子觉得也许是有被遗弃的小狗，于是向小屋走去。就在须藤想阻止她时，眼前的空气像被什么东西撕裂了一样，须藤见势不好，急忙掩护圭子趴倒在地。很快旁边发生了爆炸。须藤环顾四周，发现正在树荫下狙击他们的庄野和其他信徒。察觉到危险的须藤急忙跑进小屋暂避。