Emily, momentaneamente sospesa dall'FBI, è costantemente all'erta e sospettosa nei confronti di tutti. Nick sta lavorando autonomamente ad un caso ed ha un'informatrice.

Emily rintraccia l'informatrice di Nick, una ragazza di nome Kai, grazie al suo aiuto scopre dove si trova Nick, ma arriva tardi.

Nick viene drogato e tenuto prigioniero in una cella. Emily rifiuta l'idea che Nick sia morto nell'esplosione e pur di ritrovarlo riesce a contattare ed incontrare Dawkins.

Prima di morire Kai consegna ad Emily i file cercati da Dawkins. Nick continua ad essere drogato e torturato psicologicamente, ma non parla.

Emily è in volo con Dawkins verso l'Europa. Nick ha delle visioni, affiorano i suoi punti deboli, ma continua a resistere. Cal viene mandato in Europa per cercare con discrezione Nick ed Emily.

Emily e Cal collaborano nella ricerca di Nick e nel corso del viaggio tra i due si crea un forte sentimento.

Emily propone di restituire i file rubati da Kai in cambio di Nick, e chiede le prove che sia vivo.

Nick riesce a far scappare molti profughi. Emily dopo essere stata torturata riesce a fuggire e a raggiungere Elliot, una delle menti del sistema.

Emily e Nick tornati a Boston incontrano Flynn. Crown ha forti dubbi che Webb possa non essere stata la talpa. Dal telefono di Dawkins si trovano delle telefonate con Gunnarsen.