Emily vive los últimos días de su suspensión del FBI mientras intenta aceptar las consecuencias de sus acciones durante las dos temporadas anteriores. Emily desconfía de todo el mundo y ve amenazas por todas partes, por eso está más vigilante y al acecho que nunca.

Tras los terribles sucesos y a contrarreloj, Emily debe encontrar y salvar a Nick con la ayuda de Kai, su misterioso informador. Tras descubrir dónde está, Emily se da cuenta de que hay una conspiración mucho mayor y deberá enfrentarse a la posibilidad de que Nick haya sido asesinado.

Desorientado y drogado para no poder moverse, Nick despierta confinado en un lugar oscuro. Mientras, a pesar de no tener ninguna prueba de vida, Emily se niega a aceptar que Nick esté muerto y hace un trato para recuperarlo, pero entonces descubre que se trata de una trampa de Dawkins y de que todo el mundo corre peligro.

Ante la negativa del FBI a su petición de que busquen a Nick, Emily pone en marcha un arriesgado plan que la lleva a encontrarse cara a cara con el hombre que puede llevarla hasta Nick. Mientras, en algún lugar de Europa, Nick está siendo drogado y torturado psicológicamente, lo que saca a la luz la culpa e inseguridades que tiene como agente del FBI, marido y padre.

Nick sigue siendo torturado, pero encuentra una oportunidad para escapar de sus captores. Cal y Emily se unen para rescatar a Nick e intiman durante el camino. Pero cuando llegan a la misteriosa localización, a pesar de encontrar pruebas relacionadas con el caso de Nick en Boston, no encuentran ni rastro de Nick.

Emily hace un último intento de negociar los archivos robados por Nick y exige pruebas de que está vivo, sin saber que Nick ha escapado de sus secuestradores durante una emocionante persecución. Nick se pone en contacto con el FBI, y Emily toma la valiente decisión de hacer que Cal se enfrente a su pasado.

Emily y Nick idean un plan para infiltrarse en el campo de refugiados, y Cal se hace pasar por un vigilante de Meridian con la esperanza de encontrar a Armstrong y entregarlo a la justicia. Mientras tanto, Crown y Gunnarsen se acercan al topo de Meridian y un visitante inesperado llega a la granja.

Nick intenta liberar a los refugiados y Cal se enfrenta, por fin, a Armstrong. Gunnarsen y Crown se disponen a detener al director adjunto Webb, pero hacen un descubrimiento que podría ser letal. Mientras, Emily intenta llegar hasta el fondo de la operación de Elliot y no tiene miedo de hacer lo que haga falta para proteger a su familia.

Emily y Nick se reúnen por fin con Flynn en Boston, pero el arma biológica de Elliot todavía es una amenaza. Emily recurre a medidas drásticas y toma una decisión muy peligrosa para mantener segura a su familia.