FBI-agente Emily Byrne keert na zes jaar gevangengehouden te zijn terug naar haar gezin. Al die tijd dacht iedereen dat ze vermoord was door de seriemoordenaar Conrad Harlow. Ze kan zich niet herinneren wie haar heeft ontvoerd. Het onderzoek naar haar ontvoering zet het leven van haar dierbaren compleet op zijn kop. Al snel komt Emily zelf onder verdenking te staan.

De vermeende seriemoordenaar Conrad Harlow komt op vrije voeten, terwijl Emily nog steeds geen flauw idee heeft wie haar heeft ontvoerd. Ze probeert haar leven weer een beetje op de rit te krijgen, maar dan meldt zich een getuige die haar beschuldigt van betrokkenheid. Samen met haar ex-man, FBI-agent Nick Durand, doet ze er alles aan om de waarheid te achterhalen.

Als Emily's hoofdverdachte wordt vermoord, wijst alles erop dat Emily de dader is. Rechercheur Tommy Gibbs en zijn collega's van de politie van Boston werken aan een zaak tegen Emily. Emily en Nick proberen erachter te komen welke FBI-agent de getuige heeft gedwongen om te liegen. Emily vraagt zich af of deze agent haar ontvoerder zou kunnen zijn.

Tommy en Nick vinden een vermoorde FBI-agent. Het heeft er alle schijn van dat Emily de dader is en de jacht op haar neemt in alle hevigheid toe. Emily probeert de aanwijzing van Adam Radford te doorgronden en doet er alles aan om op vrije voeten te blijven.

Emily weet op het nippertje aan de autoriteiten te ontkomen en keert terug naar Boston. Ze onderzoekt een nieuwe aanwijzing en stuit op verontrustend bewijsmateriaal. Hierdoor komt een dierbare als dader in beeld. En juist die persoon zou haar kunnen helpen de aanwijzing te ontcijferen.

Jack redt Emily en ze vinden een verrassende aanwijzing die met haar jeugd heeft te maken. Emily ontdekt geheimen uit haar kindertijd, en een jeugdvriend, Charles, komt in beeld. Tommy arresteert Jack, omdat hij Emily heeft geholpen. Alice zoekt de confrontatie met Nick, waardoor ze zichzelf én Flynn in gevaar brengt.

Alice en Flynn worden gevangengenomen door een mysterieus persoon. Nick denkt dat Emily hierachter zit en gaat wanhopig naar hen op zoek. Jack is op borgtocht vrijgelaten dankzij een nieuwsgierige journalist die uit is op een exclusief verhaal. Emily probeert antwoorden van Charles te krijgen, maar slaat op de vlucht als Nick haar op de hielen zit.

Emily heeft een aanwijzing van Charles gekregen. Ze hoopt dat ze hierdoor de waarheid kan achterhalen en de dader kan ontmaskeren. Lukt het Tommy en Nick om Emily op te pakken, zodat ze hun klopjacht eindelijk kunnen staken?

Tommy doet een ontdekking die een ander licht werpt op de zaak. Emily komt oog in oog te staan met haar folteraar en belandt in een ijzingwekkend kat-en-muisspel. Ze moet schokkende feiten over zichzelf onder ogen zien, om de mensen van wie ze houdt te kunnen redden.