Dopo che per anni si era creduto che l'agente dell'FBI Emily Byrne fosse stata una possibile vittima del serial killer Conrad Harlow, lei torna miracolosamente a casa dalla sua famiglia. Emily deve fare i conti con i misteri della sua prigionia e con il fatto che la vita di tutti i suoi conoscenti è proseguita senza di lei.

Il presunto assassino di Emily, Conrad Harlow, viene rilasciato. Emily non ha ancora compreso i motivi del rapimento e i misteri legati al periodo di prigionia. Mentre prova a rifarsi una vita, salta fuori un testimone che rafforza i sospetti su Emily. Lei nega ed è convinta che il testimone stia mentendo, probabilmente indotto dall'FBI a dichiarare falsa testimonianza.

Con l'omicidio del testimone, tutte le prove sembrano ricadere su Emily. Tommy Gibbs e il capo della polizia di Boston accusano Emily, mentre lei e Nick vanno alla ricerca dell'agente dell'FBI che ha indotto il testimone a mentire. Emily sospetta che lo stesso agente è anche coinvolto nel suo rapimento.

Le prove a carico di Emily non possono essere ignorate dall'FBI e dalla polizia di Boston, e le viene chiesto di costituirsi. Nel frattempo vecchi ricordi riaffiorano tra Emily e Nick. Emily decide di allontanarsi da Nick e provare a risolvere definitivamente i misteri che le hanno rovinato la vita.

La caccia a Emily si intensifica quando uno degli agenti dell'FBI viene assassinato, inducendo Nick a mettere in discussione tutto su Emily e sul suo ritorno.

Dopo essere riuscita a sfuggire miracolosamente alle autorità, Emily ritorna a Boston e scopre che l'unica persona a poterla aiutare potrebbe essere proprio quella che vuole distruggerla.

Supportata da nuove informazioni relative al suo rapimento, l'indagine di Emily la riconduce alla sua infanzia, mentre Nick affronta un'altra tragedia.

Mentre Emily si avvicina alla risoluzione del mistero del suo rapimento, Nick non si dà pace, cercando Alice e Flynn. Le loro indagini li distruggeranno?

Con Nick e Tommy alle calcagna, Emily ottiene un indizio fondamentale da Jack che la riporta dove tutto è iniziato.

Il passato e il presente di Emily collidono in una drammatica resa dei conti. Riuscirà a salvare Alice e Flynn e a dimostrare finalmente la sua innocenza?

Emily Birne non riesce a dare un senso alla sua prigionia e al suo burrascoso passato. Nel frattempo, un feroce attacco terroristico colpisce il cuore di Boston portando l'agente speciale Nick Durand e l'FBI a lavorare al caso.

Mentre Nick cerca l'attentatore del Federal Annex, Emily incontra una misteriosa figura del suo passato, il cui arrivo minaccia la sua fragile guarigione.

Scossa da una perdita sconvolgente, Emily deve tornare all'FBI per avere delle risposte.

Mentre la caccia all'uomo di Nick nei confronti dell'attentatore del Federal Annex si intensifica, Emily e Cal danno la caccia al killer del Fentanyl.

Con la furia del killer del Fentanyl che si inasprisce, Emily e Cal temono che la prossima vittima sia qualcuno che non possono permettersi di perdere.

Emily e Cal vanno in Moldavia per rintracciare il killer del Fentanyl - un compito che si rivela persino più pericoloso del previsto.

Mentre Emily e Cal si addentrano nella Moldavia rurale, Nick resta in patria ad affrontare con difficoltà un'enorme bugia.

Emily fa ritorno a Boston e il suo dolore lascia il posto alla motivazione dopo aver scoperto un indizio che collega Rex Wolfe al mistero del suo rapimento.

Emily scopre che Rex Wolfe lavorava per qualcuno connesso sia al suo passato che al suo presente. Scopre di poter fare chiedere aiuto a Nick, ma come riuscirà a risolvere il rompicapo? Emily adotta misure estreme quando capisce che la minaccia è vicina.

Le indagini di Emily arrivano a un punto morto, ma lei non smette di sospettare e segue gli ultimi resti degli indizi, per un finale di stagione straziante.

Emily, momentaneamente sospesa dall'FBI, è costantemente all'erta e sospettosa nei confronti di tutti. Nick sta lavorando autonomamente ad un caso ed ha un'informatrice.

Emily rintraccia l'informatrice di Nick, una ragazza di nome Kai, grazie al suo aiuto scopre dove si trova Nick, ma arriva tardi.

Nick viene drogato e tenuto prigioniero in una cella. Emily rifiuta l'idea che Nick sia morto nell'esplosione e pur di ritrovarlo riesce a contattare ed incontrare Dawkins.

Prima di morire Kai consegna ad Emily i file cercati da Dawkins. Nick continua ad essere drogato e torturato psicologicamente, ma non parla.

Emily è in volo con Dawkins verso l'Europa. Nick ha delle visioni, affiorano i suoi punti deboli, ma continua a resistere. Cal viene mandato in Europa per cercare con discrezione Nick ed Emily.

Emily e Cal collaborano nella ricerca di Nick e nel corso del viaggio tra i due si crea un forte sentimento.

Emily propone di restituire i file rubati da Kai in cambio di Nick, e chiede le prove che sia vivo.

Emily con un'azione rocambolesca libera Nick, prima di ripartire verso Boston Nick convince Emily ad aiutare i profughi catturati da Meridian.

Nick riesce a far scappare molti profughi. Emily dopo essere stata torturata riesce a fuggire e a raggiungere Elliot, una delle menti del sistema.

Emily e Nick tornati a Boston incontrano Flynn. Crown ha forti dubbi che Webb possa non essere stata la talpa. Dal telefono di Dawkins si trovano delle telefonate con Gunnarsen.