우주세기 0083년. 호주의 지구연방군 토링턴 기지로 향하는 한 척의 강습 상륙함이 있었다. 그 상륙함 알비온에 실려 있던 2대의 시제품 건담. 토링턴 기지에 소속된 테스트 파일럿 중 한 명, 코우 우라키는 그 위용에 눈을 빼앗긴다.

한편, 애너하임 일렉트로닉스의 시스템 엔지니어, 니나 퍼플톤은 건담 시작 2호기가 핵 장비임을 간파한 코우의 관찰력에 혀를 내두른다. 그러나 핵을 장전한 직후 2호기는 지온을 자칭하는 남자에게 강탈당하고 만다. 그와 동시에 갑작스런 공격이 토링턴 기지를 습격한다.

눈앞에서 빼앗긴 2호기를 멈추기 위해, 코우는 시작 1호기에 탑승한다. 기지에서 도망치려는 2호기의 앞을 가로막는 코우의 1호기. 2 기의 건담의 대치는 새로운 전투의 개막이었다.

1호기의 콕핏 안에서 코우는 첫 실전에 위축되어 있었다. 한편, 2호기를 탈취한 사내는 여유로운 표정으로 코우의 시야에서 벗어난다. 2호기를 놓친 코우일행은 쉴 틈도 없이 추격에 들어간다.

일단 지온의 회수정을 포착한 코우 일행이었지만, 2호기는 추격을 피해 또다시 도망친다. 코우는 그곳에서 처음으로 2호기를 빼앗은 남자의 이름을 알게 된다. 남자의 이름은 애너벨 가토. '솔로몬의 악몽'이란 이름으로 공포의 대상이 된 지온의 에이스 파일럿이었다.

압도적인 힘을 가진 적을 앞에 두고 당황하는 코우를, 지휘관 사우스 버닝은 강력한 메시지로 격려한다. 짙은 안개가 뒤덮은 공간에서 사투를 펼치는 코우의 1호기와 가토의 2호기. 하지만 가토는 코우일행의 필사적인 공격을 거들떠보지도 않고, 안개 속으로 사라졌다.

적을 놓친 아쉬움에 무념의 눈물을 흘리는 코우. 코우 일행을 쫓아 사태를 지켜본 니나는 그의 뒷모습에 이상한 감정을 품는 것이었다.

지온 잔당의 습격으로 토링턴 기지는 괴멸적인 파격을 입었다. 황량한 기지에 멈춰 선 코우는 무력감을 맛보고 있었다. 하지만 니나는 첫 전투에서 1호기의 성능을 끌어올린 코우에게 범상치않은 재능을 느낀다.

그러던 중 알비온은 2호기의 추격임무가 결정되고 새로운 파일럿이 보충된다. 그 파일럿 중 한명 베르나르도 몬시아는 가토와 싸워 살아남았다는 코우의 실력을 믿을 수 없었다. 한편 코우는 2호기 탈환의 임무가 자신의 손에서 떠난다는 것을 알고 알비온으로 지원하려 한다. 그런 코우에게 시비를 거는 몬시아. 두 사람은 1호기 파일럿의 자리를 걸고 MS로 싸우게 된다.

베테랑 파일럿의 기량에 압도당하는 코우였지만 어떻게든 몬시아에게 승리했다. 알비온의 함장 에이퍼 시냅스는 코우의 재능을 높이 사 1호기의 파일럿으로 맞이한다. 코우는 친근한 기지를 뒤로하고 2호기 탈환의 임무에 나선다.

2호기를 쫓는 알비온은 아프리카의 대지로 간다. 그러나 출격 후 일주일이 지나도 가토의 그림자조차 찾을 수 없자 승무원의 스트레스는 극에 달한다. 문제가 끊이지 않는 알비온 함내에선 시냅스조차 감정을 감추지 못하고 있었다.

한편, 지온 잔당이 숨은 킨버라이트 광산 기지에서는 가토와 2호기를 맞이하여 사기가 솟구쳐 있었다. 2호기를 HLV로 우주로 쏘아 올릴 준비를 착착 진행 중인 가토. 그때 알비온에서 애너하임 직원, 닉 오빌이 지온의 스파이임이 판명난다.

시냅스는 일부러 오빌을 놓아줘 지온의 잠복 장소를 알아내려고 한다. 킨버라이트 지온 잔당은 HLV 발사 시간을 벌기 위해 알비온을 습격한다. 코우 일행의 필사적인 공격도 허무하게 가토와 2호기는 우주로 도망친다.

2호기 추격 임무의 무대는 우주로 움직이고 옮겨가고 있었다. 알비온은 아군 함과 합류해 가토가 도망친 암초 주역을 수색하려 한다. 그 선내에서는 지상용인 1호기에 집착하는 코우와 그런 코우를 화난 니나 사이에 사소한 엇갈림이 일어나고 있었다. 코우가 1호기의 조종사임을 감정적으로 부정해 버리는 니나. 어려운 니나의 말에, 코우는 완강해진다.

한편 가시 정원에 귀환한 가토를 기다리는 건 발호하는 시마 가라하우였다. 가시 정원에 접근하는 알비온에게 공격을 거는 시마 함대. 그 전투 중, 데라즈 플리트의 궐기를 선언하는 에규 데라즈의 연설이 울려퍼진다.

니나의 제지를 듣지 않고 1 호기로 출격한 코우였지만, 시마가 조종하는 겔구그 M 앞에 1호기는 대파한다. 부숴져가는 1 호기를 보고 니나는 마침내 코우를 좋아하는 자신의 마음을 깨닫는다.

알비온은 보급과 1호기의 우주사양 환장을 위해 달의 폰 브라운에 기항했다. 니나는 상처받은 코우의 마음을 달래기 위해 필사적으로 1호기의 환장을 위해 일한다. 한편, 오랜만에 상륙 허가에 들뜬 알비온의 승무원들. 그러나 코우는 혼자 1호기를 대파시킨 충격에 빠져있었다.

갈 곳 없이 폰 브라운의 거리를 방황하던 코우는 최하층에서 고물상을 운영하는 케리 레즈너에게 주워진다. 흔들리는 자신의 마음을 정리하기 위해 케리와 함께 그의 모빌 아머을 수리하려는 코우. 그러나 시마와 접촉하는 케리의 모습을 목격하고, 그가 지온의 파일럿이었던 것을 알아챈다.

갈 곳을 잃은 코우의 옆에 그를 걱정하던 니나가 도착한다. 그때 코우는 자신의 마음 속에 피어오르고 있는 것이 있다는 걸 느낀다. 그 마음에 해답을 내기 위해, 코우는 케리의 곁으로 돌아간다. 밤을 새워 모빌 아머의 수리를 계속하는 두 사람. 그리고 케리에게 작별을 고한 코우는 수리가 완료된 1호기 풀버니언의 콕핏에 앉는다.

알비온으로 돌아가 풀버니언의 시험을 계속하는 코우. 그 모습을 보며, 니나는 만족한다. 코우와 1호기를 지원하기 위해 다시 알비온에 타려는 니나 였지만, 애너하임 사는 그것을 허가하려고 하지 않았다. 게다가 코우와의 엇갈림이 그녀의 마음을 알비온에서 멀어지게 하고 있었다.

한편, 데라즈 플리트에 참가하려고했던 케리는 파일럿으로서의 자신을 필요로 하지 않는다는 것을 안다. 자신의 재기를 걸고 건담과의 승부에 임하는 케리. 케리의 행동에 당황하면서도 출격하는 코우. 두 사람은 달 표면을 무대로 치열한 전투를 펼친다. 그때, 니나가 두 사람 앞에 모습을 드러낸다. 싸움을 멈추려는 니나였지만 전투에 휘말려 버린다. 그 광경을 목격한, 코우는 분노하여 케리를 격파한다.

케리는 후회없이 빛 속으로 사라졌다. 그리고 코우는 목숨을 구한 니나에게 곁에 있었으면 좋겠다고 말한다. 그 말에 대한 대답으로 니나는 코우의 가슴으로 뛰어든다.

폰 브라운을 떠난 알비온은 콘페이토에서 열리는 관함식에 대비해 초계 임무에 종사하고 있었다. 그러던 중, 코우는 처음으로 모의전에서 버닝에게 승리한다. 버닝은 제자의 성장을 기뻐하면서도 자신의 기량이 떨어졌음을 통감하고 있었다.

한편, 작전 준비를 진행하는 가토는 불온한 움직임을 보이는 시마에 대해 경계심을 강화한다. 그 무렵, 시마 함대는 연방의 전함과 밀회지점을 향하고 있었다. 그 목적은 관함식의 관열기함 버밍엄과의 접촉. 버닝의 활약으로 알비온의 MS 부대는 시마 함대를 격퇴했다. 그 전투 중, 버닝은 데라즈 플리트의 작전 개요를 입수한다. 그들이 '별의 부스러기'라고 부르는 작전의 전모를 알고 경악하는 버닝.

그러나 다음 순간, 전투에서 손상된 그의 기체는 폭발하고 버닝은 돌아오지 않는 사람이 되고 만다. 정신적인 지주를 잃은 알비온을 무거운 공기가 감싼다. 그들의 슬픔은 아랑곳없이 여러 사람들의 의도를 낳는 관함식 날이 다가오고 있었다.

가토가 쏜 핵에 의해 연방 함대는 괴멸적인 타격을 받았다. 콘페이토에서 대피하는 가토의 2호기를 굴욕감에 휩싸인 코우의 풀버니언이 추격한다. 치열한 일기토를 펼치는 두 사람. 그 대결은 무승부의 형태로 막을 내렸다. 섬광이되어 솔로몬의 바다 속으로 사라지는 2 기의 건담. 그 광경을 앞두고, 니나는 울며 쓰러진다.

무사히 알비온으로 돌아온 코우였지만 콘페이토의 핵 공격이 '별의 부스러기기'의 끝이라고는 생각하고 있지 않았다. 한편 니나는 코우가 더이상 전투에 몸을 던지는 것을 두려워한다. 코우는 그 이유를 알지 못했다. 같은 시간, 수송 중의 콜로니를 시마 함대가 습격한다. 콜로니의 거울을 파괴하여 코스를 바꾸고 달에 콜로니 낙하를 실행하는 시마.

콜로니 격돌의 방전으로 빛이 채워지는 주역에서 시마의 조롱이 울려 퍼진다. 그 조롱을 배경으로 알비온은 건담 시작 3호기를 받기 위하여 라비앙 로즈로 항로를 정했다.

콜로니 낙하를 눈앞에 두고도 여전히 연방 정상은 사태를 냉랭하게 사태를 방관하고 있었다. 한편, 라비앙 로즈에 도착한 알비온을 기다리고 있던 것은, 데라즈 함대 추격임무의 취소통보였다. 그 때 콜로니에 다가온 콘페이토의 추격 함대의 선봉은 가토의 노이에 질에 의해 격파당한다. 초조해하는 코우일행을 거들떠보지도 않고, 콜로니는 달로 접근한다.

건담 시작 3호기의 개발에 참여한 루세트 오데비는 연방군에 의한 3호기 개발 동결에 불만을 품고, 코우에게 3호기를 맡기고자 한다. 또한 데라즈 함대는 애너하임과의 밀약을 통해 콜로니의 추진제를 점화하고 달에서 그대로 직전에 그 코스를 지구로 바꾸었다. 격변하는 상황에 코우는 니나의 반대를 무릅쓰고 3호기를 탈 결의를 굳힌다. 그러나 코우의 행동을 저지하려고 하는 나카하 나카토 소령의 흉탄에 루세트는 쓰러진다.

3호기를 니나에게 맡기고 숨을 거두는 루세트. 니나는 3년 전 가토의 관계와 맞설 각오를 해야 했다. 니나의 결의는 3호기에 생명을 불어넣어, 코우는 3호기를 몰고 마지막 전투에 임하려 하고 있었다.

콜로니의 지구낙하를 저지할 수 있는 최종 방위 라인, 저지 한계점. 그 시간까지 앞으로 10시간이 남아 있었다. 코우의 3호기는 콜로니로 갈 돌파구를 열기 위해, 가토의 노이에 질과와 사투를 벌인다.

그 무렵, 데라즈 함대의 기함 그와덴의 함교는 시마에 의해 점거되어 있었다. 데라즈를 배반하고 연방군에게 붙으려는 시마. 한편, 코우 일행의 분전도 허무하게, 콜로니는 저지 한계점을 넘는다. 그 순간, 데라즈 함대의 전투 중지를 알리는 통신이 전장에 흐른다. 연방군은 시마의 배신을 이용하여 솔라 시스템Ⅱ로 콜로니를 파괴하려고 한다.

데라즈는 눈앞에 있는 지구와 콜로니에 눈을 주고, 별의 부스러기 완수를 가토의 손에 맡긴다. 목숨을 건 데라즈의 결의에 가토도 결의를 굳힌다. 이해할 수 없는 남자들의 행동에 시마는 데라즈를 향한 총의 방아쇠를 당긴다. 음모가 소용돌이치는 우주에, 가토의 절규가 울려 퍼졌다.

솔라 시스템 Ⅱ를 방어하는 연방 함대와 시마 함대를 가토의 의지의 맹공이 덮친다. 한편 코우는 버닝과 케리의 죽음을 헛되게 하는 시마의 행동을 목격하고, 무념의 분노에 몸을 떨었다.

코우,가토가 격전을 치르는 동안 콜로니를 향해 조사하는 솔라 시스템 Ⅱ. 그러나 콜로니는 멈추지 않고 지구로 낙하한다. 가토는 콜로니의 최종 궤도 수정을 위해 콜로니 내부로 향한다. 니나 역시 홀로 콜로니를 향하고 있었다. 목적을 잃고 격노하는 시마를 격추하고 콜로니 내부로 진입하는 코우. 그곳에서 코우는 가토를 쏘고 니나는 가토를 감싼다. 코우의 제지를 뿌리 치고 가토와 함께 사라지는 니나.

코우는 홀로 남겨진 채로 멍하게 서있는다. 하지만 가토는 니나를 거절하고 결판을 짓기 위해 코우를 기다린다. 두 사람의 싸움은 솔라 시스템 Ⅱ에 의해 방해당하고 가토는 코우 앞에서 자취를 감춘다. 연방 추격 함대에 마지막 공격을 거는 가토. 그의 생명이 사라져가는 것을, 니나는 지켜볼 수 밖에 없었다.

전쟁 후, 코우는 오클리 기지에 서 있었다. 거기엔 사랑하는 사람과의 재회를 진심으로 기뻐하는 니나의 모습이 있었다.