In Ôzu, einer Stadt am Rand des Abyss, lebt Riko, eine Höhlentaucherin in Ausbildung. Während eines Tauchausflugs entdeckt sie den bewusstlosen Roboterjungen Reg.

Die Kinder versuchen, mehr über Regs Herkunft herauszufinden, und übergeben ihn Jiruo, um ihn vor Üblerem zu bewahren. Riko darf den Brief ihrer Mutter Lyza lesen.

Im Brief steht ein Satz, woraufhin Riko die gefährliche Reise zum Grund des Abyss unternehmen will. Reg, der mehr über seine Herkunft herausfinden möchte, begleitet sie.

Riko und Reg sind im Wald der Versuchung in der zweiten Tiefenschicht angekommen. Als Riko von einem Totenkläger entführt wird, feuert Reg seinen Einäscherer ab.

Als Riko und Reg im Camp der Suchenden in der zweiten Tiefenschicht ankommen, nimmt die Weißpfeife Ozen sie in Empfang, die Riko mitteilt, dass Lyza tot sei.

Ozen hat irgendetwas gegen Riko. Da schreitet Reg ein, und zwischen Reg und Ozen bricht ein Kampf aus, in den alle Beteiligten hineingezogen werden.

Riko und Reg absolvieren erfolgreich ihr Überlebenstraining. Bevor Ozen die beiden weiterschickt, gibt sie Riko Lyzas Waffe, eine Axt, die sie gefunden hat.

Riko und Reg klettern die große Kluft durch ein Höhlennetzwerk hinunter, um den fliegenden Jägern auszuweichen. Dabei realisiert Riko, wie wichtig ihr Reg ist.

Riko und Reg setzen ihre Reise den Kelch der Riesen hinab fort. Aber je weiter sie kommen, desto mehr spüren sie eine Präsenz, die sich um sie herum zu bewegen scheint.

Nanachi bringt Reg und die schwer verletzte Riko in sein Versteck, wo eine weitere Kreatur ist. Beide waren einmal Menschen, wurden aber durch einen Fluch verändert.

Zurück in Orth wird Kiyui an seinem Geburtstag krank. Im Abgrund trainiert Nanachi Reg. Letzterer schafft es, ein Monster abzuwehren. Nanachi bittet Reg, Mitty zu töten.

Reg erlöst Mitty. Nachdem sie einen Ballon mit einer Nachricht zur Oberfläche geschickt haben, brechen alle drei auf, um die vierte Schicht zu verlassen.