トルキエ将国と一触即発の状態にあるバルトライン帝国。その大臣が両国の国境近くで暗殺された。バルトライン帝国は、現場にあった凶器から、暗殺の首謀者をトルキエに属する人間であると主張し、責任者の提供がなければ宣戦布告と見なすと通告する。理不尽な二つの選択に迫られたトルキエ。そんな中、この暗殺に違和感を感じ、どちらの結末も回避すべく、行動するマフムートだったが…

トルキエ将国第1州の要衝・砦の町（ヒサール）でイブラヒム総督（バリ）とアラバ族の結託による反乱が勃発する。親友・イブラヒムが反乱を起こすはずがないと主張するマフムートに対し、ザガノスは、反乱の制圧及び町の奪還を即座に決定する。作戦に納得がいかないマフムートは、反乱の裏を探るため一人でヒサールに向かおうとするが…

シャラと共に砦の町（ヒサール）に潜入したマフムート。ヒサールの住民は、アラバ族とルイの私兵・ロットウルムに捕らわれていた。住民を救出し、反乱を収めようとするマフムートは、ロットウルムの指揮官をおびき出す。だが人質を盾に反撃を封じられ、マフムートは追い詰められる。逆転するにはシャラに託した作戦の成功しかないが…！？

砦の町（ヒサール）の一件で将軍（パシャ）から降格したマフムートは、カリルの言葉から自身の未熟さを知り、将軍を名乗るに相応しい人間となることを決意する。後日、再建された故郷の村を訪れた彼は、ザガノスが作り上げた密偵網『目と耳（ギョズ・クラック）』の長官であるスレイマンと出会う。スレイマンも同じ村の出身と知り驚くマフムート。だが密偵網の壊滅を狙うロットウルムが彼らを襲う！

スレイマンの助言を受け、外の世界を見てまわることにしたマフムートは、燈台の都（ポイニキア）を訪れた。水の社殿で耳役（クラック）・キュロスと出会った直後、警吏によって副市長コンスタンティノスの元へと案内されたマフムートは、ポイニキアがバルトライン帝国から港の一部を割譲するように要求されていることを知る。港の割譲か帝国への徹底抗戦かポイニキア内で議会が行われることになり…

燈台の都（ポイニキア）とバルトライン帝国の戦争は15日目を迎え、膠着状態が続いていた。ポイニキアと同盟を結ぶ海の都（ヴェネディック）共和国からの援軍なしにポイニキアの勝利を決定づけることはできない――そう考えたマフムートはキュロスの助けを借りてヴェネディックへ向かうことを決意する。一方、帝国兵に対して完璧な守りを固めていたポイニキアの大城壁に降伏の旗を掲げた一隻の船が現れる。

港に侵入した帝国艦を迎撃したマフムート達。しかし、その艦は水晶の崖からの進軍を隠すためのおとりだった。レレデリク率いる帝国部隊の侵攻を許した燈台の都（ポイニキア）は、バルトライン帝国への降伏を決める。ポイニキアから脱出したマフムートとキュロスは、沖合で海の都（ヴェネディック）艦隊と遭遇し…。

船団長（カピタン）ブレガに海の都（ヴェネディック）共和国に案内されたマフムートは、元首（ドージェ）ルチオに謁見する。ポイニキアとの二国間同盟を裏切った理由を問いつめるマフムート。しかし、ルチオの返答は、ヴェネディックは同盟の条文に反する行為はしていないという内容だった。ルチオとの謁見後、ヴェネディックを知るために耳役（クラック）を探すマフムートだったが、アビリガから声をかけられ、この町にクラックはいないと聞かされる。

バラバンにより紅の宮殿で軟禁状態になっていたマフムート達は、妨害にあいながらも宮殿から脱出する。しかし、宮殿の外にはロットウルムが待ち伏せていた。戦闘の末、ロットウルムの襲撃を退けるマフムートだったが、その背後にはムズラクの騎兵隊が迫っていた。必死の逃走を続けるも、もはや逃げきれないと思ったその時…。

クルチュ将国の将太子（プレンス）であるオルハンの結婚式に集まった将王（スルタン）達を暗殺する計画を立てたマフムート。その計画はトルキエ内に伝わり、トルキエからの式典の出席者として十三人の将軍（パシャ）の一人であるサルジャ将軍（パシャ）が選ばれる。しかし、四将国の将王（スルタン）達に信頼をおいていたサルジャは、その計画をバラバンに漏らしてしまい…。

将軍会議（ディワーン）から届いた一通の伝書によってマフムートに下された命令——。それは、ムズラク、ブチャク、バルタの三将国の軍勢をクルチュに留め置き、その隙にトルキエ軍が三将国の首都を制圧するという作戦だった。三将国の大軍が目前に迫るなか、トルキエからの援軍を期待できない危機的状況にマフムートは、一つの策を実行にうつす。

地形を活かしたマフムートの策によって、三将国軍とその総指揮をとるバラバンを分断し、クルチュ軍は三将国軍の動きを一時的に止めることに成功した。しかし、バラバンの不在にしびれを切らしたウズンは独断でクルチュ軍へ攻撃を開始する。戦力差によって徐々に押し込まれ、クルチュ軍の陣形が崩れかけたその時、金色の装備をしたアイシェ率いる騎兵が現れ…。

将軍（パシャ）に復帰すると同時に外事局初代局長に就任したマフムートは、トルキエの経済力をもってバルトラインに先制攻撃を行うため、東方交易の一大拠点である銀色の都（アルギュロス）へ向かう。しかし、町を取り仕切る三大商人・ラフモノフはトルキエ将国に肩入れすることを嫌い、マフムートの申し入れを拒絶する。そんななか、父親の手形を引き継いだばかりの少女、ニキに出会い、マフムートはある計画を持ちかける。

マフムートが銀色の都（アルギュロス）で始めた商売をきっかけに、ヴェネディックとバルトラインは敵対することとなった。さらに反帝国の勢力を拡大するため、マフムートたちは400年間鎖国を貫く北のウラド王国へと向かう。しかし、国王ジグモンド３世は、どの国家にも与さず生きてきたことを誇り、マフムートの目的はこの国では果たせないと告げる。

ウラド王国と同盟を結ぶことに成功したマフムート。その一方で、海の都（ヴェネディック）共和国では厄介な事態が発生していた。央海（セントロ）の十一都市国家間で結ばれた「帝国の艦隊への海賊行為を黙認する」という密約を、島の都（リゾラーニ）共和国が破ったのだ。この状況に危機感を覚えたヴェネディックの元首（ドージェ）ルチオは、リゾラーニの真意を確かめるためブレガを派遣するが――

バルトライン帝国による岩の都（スコグリオ）公国への侵略によって、「ルメリアナ大戦」の幕が切って落とされた。トルキエは帝国による西央海（セントロ）諸国の侵略を阻止するため陸路から遠征軍を送ることを決める。そこで、マフムートは西央海への道中にある“ルメリアナの心臓地方（クオーレ・ディ・ルメリアナ）”の小国家群に、トルキエ軍の領内通過の許可をもらうべく交渉に向かうのだが…

花の都（フローレンス）共和国の大統領（ゴンファロニエレ）・カテリーナを中心とした“ルメリアナの心臓地方（クオーレ・ディ・ルメリアナ）”の34の都市国家の元首たちは、中立の立場を堅持するクオーレ同盟を発足し、トルキエ軍の領内通過を拒否した。しかし、岩の都（スコグリオ）公国陥落の報せが届き、事態は一変する。

”ルメリアナの心臓地方（クオーレ・ディ・ルメリアナ）”に続いて、タウロ市の領内通過許可を得たマフムートは、周辺諸国の協力も得て、西央海（セントロ）の玄関口である天上の都（シエロ）共和国へたどり着く。マフムートは、そこでシエロの国家元首である院長（ディレクトル）・カルバハルとその秘書であるカサンドラと出会う。

奇策に失敗し、天上の都（シエロ）共和国を帝国軍に取り囲まれてしまったマフムート達は、全ての門扉を閉じ、籠城作戦をとった。籠城による膠着状態が続き、両陣営の我慢比べが行われる中、ピノーは、シエロ付近で野営をしていたカリル率いるトルキエ軍の兵糧に狙いを定める。一方、カリルは帝国軍とは戦わずに逃げ切る策を選ぶが…

カリル率いるトルキエ軍に勝利したピノー率いる帝国軍は、兵糧を奪い、天上の都（シエロ）共和国場外での包囲戦を続行する。一方、籠城を続けるシエロでは食料が尽き、要請した海の都（ヴェネディック）の救援も届かず、市民の不満が募っていた。両軍の膠着状態を破るため、シエロを脱出したマフムートはクルト、アフメットらと共に帝国軍への反撃を試みる。

大潮の夜に囁き（ムルムリョ）盆地に川ができることを見越して、トルキエ軍の包囲作戦をたてたココシュカ。しかし、その策を見抜いていたマフムートは、牡牛団（エル・トーロ）、剣の都（エスパーダ）などの反帝同盟に加わった各国の軍を待ち伏せさせ、逆に帝国軍を包囲する。決戦の地を定めた両軍の戦いの火蓋が切って落とされる。

マフムートの作戦によって、戦いを優位に進める反帝同盟軍。しかし、ピノー率いる帝国軍は、囁き（ムリュムリョ）盆地の戦場を放棄し、反撃の拠点とするため剣の都（エスパーダ）に狙いを定めた。一方その頃、天上の都（シエロ）共和国に残ったキュロスたちは、マフムートの勝利を信じ、帝国軍への降伏を訴える反院長（ディレクトル）派によって拘束されたカルバハルの捜索を続けるが…。

ピノー率いる帝国軍との戦いは決着し、マフムートは金色の町（アルトゥン）に戻った。大円蓋の会議場（クッベ・アルトゥ）で開かれた将軍会議（ディワーン）では、今後の帝国の侵略への対応、戦で疲弊した天上の都（シエロ）共和国の復興の協議が行われる。トルキエ将国とバルトライン帝国の戦線はいったん膠着したかにみえたが、次なる戦いに向けて時局は静かに動き出していた――。